两年的期限过去了，事实证明，医生的预言失效了，霍金仍然顽强地活着，病情的恶化程度也渐渐缓慢下来，他的生命战胜了命运。
霍金的妻子简·怀尔德在自传《飞向极限》中写到霍金当时的情况：
“18个月前，按照医生的判断，霍金存活的概率是微乎其微的，但是他胜过了悲观的预言，他不仅活了下来，而且还回到了科学研究的第一线，为一个深奥的假设建立理论：在颠倒的宇宙中，想象的粒子是如何在虚时间里运动的。这个宇宙并不真实存在，它只存在于理论物理学家的头脑中。”
但是，霍金虽然在预言的两年之后活了下来，身体状况却还是在恶化当中。到了60年代后期，病情的恶化程度严重了起来，随时要面临生命危险。二十几岁的年纪，正是追寻梦想的时候，然而霍金却被死神笼罩着，无可奈何地等待着将要到来的死亡，这是非常痛苦的事情。
面对霍金的不治之症，最为痛心的莫过于霍金的父母弗兰克和伊莎贝尔了。弗兰克作为资深的医学学者，为了霍金的病症，一直以来都在尽力研究ALS，虽然没有什么明确的进展，但是总有一些延缓和抑制的结果——他研究出了一种用维生素和类胆固醇调配而成的药方，用来延缓病情恶化的速度。霍金也相信父亲可以医好他的病，所以也一直在坚持服药，直到1968年霍金26岁的时候，父亲去世。
霍金的肌肉在一点一点萎缩，语言能力也在逐渐丧失，通常他的家人或者密友才能听懂他的话，他和外人交流一般是需要翻译的。霍金也渐渐失去了写字能力，于是他就发明了一种代替的视觉性方法，在脑海中形成不同的心智图案和心智方程，然后用这些元素在心中思考物理问题。这样的思考过程，被物理学者维尔纳·以色列誉为：有如莫扎特，只凭借想象就写出一整首极具特色的交响乐曲。
后来，霍金无法依靠手杖自己行动了，但是他仍然倔强地不愿意接受任何帮助。简说：“对于霍金的言行，有些人称其为‘固执’，有些人称其为‘决断’，但在我看来，更多时候，他是既果断又固执。”霍金希望自己在他人眼里的定义是科学家，是科普作家，但他更希望自己被视为正常人。直到60年代末，霍金才同意坐上轮椅。病情在恶化，但内心却越来越坚强，尽管他是个病人，但是在家人、朋友、导师西阿马和同学们的眼中，霍金仍然是一个面带微笑，永不屈服的年轻人。此时此刻，对霍金最为贴切的评价就是：面对肌萎缩性侧索硬化症，霍金只有肉体是屈服的，他的精神将永远都不会屈服。
霍金虽然是一个幽默又很受欢迎的人，但他所遭遇的疾病和他对科学研究毫不客气的态度，总是令同事敬而远之。他时常会驱动轮椅肆无忌惮地横穿马路，似乎认为自己有优先的通过权。
霍金的疾病导致他的身体很脆弱，外界一些轻微的刺激，对他来说都有可能是致命的伤害。1976年春天，冷暖交接的天气总让人感到不舒服，霍金的家人吃过早饭，都不同程度地感到喉咙有种干痒的感觉，同时还伴有轻微疼痛，屋子里似乎还弥漫着煤气的刺鼻味道。家人察觉到了事态的严重性，连忙打开窗户通风，又到厨房对所有的煤气设施做了全面的检查，然后补充大量水分，这才使得大家逃过一劫。
原本以为大家已经化险为夷，但到了第二天，霍金开始发高烧，似乎昨天的刺激积聚到今天，开始发作了。家人打算马上送霍金去医院，或许是久病之人对医院都有一种排斥心理，霍金拒绝去医院，依照他的说法，他并不相信医生。
结果，霍金连呼吸都变得非常困难，每呼吸一次都会剧烈地咳嗽，连水都喝不下。然而他还是拒绝去医院，简担心他的身体，不忍心看到他这样硬撑，于是就请来了家庭医生。家庭医生建议霍金服用止咳药物，但是他却认为药物只会压迫身体的自然反应，没有人比他更懂得自己的身体状况。
到了晚上，霍金的脸色变得苍白，呼吸越来越困难，一位名叫斯旺的家庭医生看到霍金的状况，急忙叫来了救护车，把霍金送进了医院。
到达医院的时候，霍金已经昏迷，医生对他进行了抢救。简焦急地等在病房之外，经过一番抢救，医生确诊霍金此次是急性胸腔感染。第二天，霍金的症状减轻了，两天之后就出院了。但这次的突发疾病，令他耗费了不少元气，他看上去更加虚弱了。
霍金被禁锢在轮椅上，他只有三根手指、两只眼睛结合面部的肌肉可以活动。肌肉萎缩的过程中，他的身体开始严重变形，头只能倾向右边，肩膀也处在右高左低的状态下，吃饭的时候，要非常努力地抬起头来。看书的时候，需要依赖一种翻书的机器，若是活页文献，则需要让人将每一页摊放在一张很大的办公桌上，然后霍金驱动电动轮椅开始缓慢阅读。
“渐冻症”就这样折磨着霍金，让他原本的样子在恶化当中面目全非。换作常人，似乎会感到生无可恋，但霍金不一样，此刻的他有了自己神往的事业，有着永不服输、敢于向命运挑战的勇气。他告诉自己不能倒下，自己的生命价值还远远没有发挥出来，身体成为什么样并不重要，重要的是自己还有一个清醒而睿智的大脑，就让这体积微小的大脑去承载浩瀚无垠的宇宙吧。