霍金曾在自己70周岁生日宴会上坦言：“女人完全是个谜。”到底女人是个谜，还是霍金不懂女人呢？
2007年，霍金和伊莱恩在分居一段时间之后离婚，这段长达11年的陪伴也走到了尽头。而霍金这段婚姻终结的原因，比起第一段婚姻更加扑朔迷离。
作为一个男人，霍金渴望女人的陪伴，但他似乎无法真正了解女人，也许这不能怪他，因为他的精力似乎都用来研究宇宙了。对于伊莱恩，霍金体会到了一种依赖，并且享受那份关怀，这当然也可以称为爱情。但令霍金没有想到的是，这次的婚姻使他自己掉进了“婚姻的黑洞”。
霍金和伊莱恩的婚姻是不被祝福的，在婚礼现场，霍金的子女无一人出席，这令霍金有些失落。或许，这段婚姻从一开始就是错的。
2000年，霍金开始频繁受伤，先是一些轻微的外伤，后来竟然发展到了手腕骨折的地步。同事们大为惊异，询问原因的时候，霍金只回答说是从轮椅上摔了下来。
而仅仅过了一年，霍金险些命丧阳光下。一名女护理看到霍金暴晒在院中，他双眼紧闭，皱着眉头，一副很痛苦的表情，护理试着跟他说话，想把他推到阴凉的地方去，霍金却没有答话，她这才发现霍金已经陷入了昏迷，于是连忙报警，霍金这才幸免于难。但此次的事件总给人的感觉是有人故意为之。
2004年，霍金再次感染了肺炎，住院期间，医生惊奇地发现霍金身上有很多不明伤痕，他脸上有一些淤青的痕迹，嘴唇上也有一处明显的刀伤，而且手腕再次骨折。对于这些令人震惊的情况，警方开始介入调查，而霍金却很不悦地指责，这是侵犯他的私生活。但是作为霍金的女儿，露西却无意中发现霍金的呼吸器也被人做了手脚，这是明显的“意图谋杀”！看来，事情已经到了非常严重的地步。
露西报警之后，警察对霍金身边的护理进行了一一盘查，发现她们的供词中，大都把矛头隐隐地指向了霍金的妻子——伊莱恩。在一位护理的证词当中，提到伊莱恩曾经故意把霍金的手卡到轮椅的轮子上，这足够令霍金的手腕骨折；而霍金脸上的刀口极有可能是伊莱恩替霍金刮脸时留下的，这显然不是不小心——首先霍金不会乱动，再者那伤口足有3英寸（1英寸=2.54厘米）；而另一件事让所有人都捏了一把汗，霍金曾经示意这位护理看他在电脑上打出的一行字，上面写着：我不想与伊莱恩单独待在一起。
这所有的一切，似乎把伊莱恩推到了“虐待霍金”的风口浪尖上。一时之间，各种关注接踵而至，各样猜忌也纷至沓来。面对世界各界的重大反响，霍金还是一如既往的沉默，他只是一味地否认妻子虐待自己的说法，并且谴责各界对于这件事的报道。警方面对霍金的不配合，也无法进一步深入调查，霍金身边的人包括儿女，也都缄口不言。这场“虐待风波”在真实却无法被证实的情况下发展成了一个谜团，霍金不想与任何人谈论这件事，此刻的他，似乎又变得孤独了，或许，他注定是一个孤独者。
对于普通人来说，婚姻的离合是极其普通的事情，但对于霍金，对于一位备受世界瞩目的科学家来说，这些“私生活”却是世人关注的焦点，也令他很困扰。世人应当理解，他之所以保持沉默，是因为一个人的自尊——霍金是一个高傲的人，他从不愿意承认自己是一个残疾人，他曾多次举办或参与帮助残疾人的慈善活动，但又总是尽力把自己与残疾人区分开来，这似乎有些矛盾，但却是霍金那高傲的性格使然。
在这场风波中，世人希望霍金给出一个明确的原因。关心也好，好奇也罢，只是世人没有想过，让霍金说出真相就等于让他承认自己生活无法自理，承认自己在11年的婚姻生活中备受家庭暴力。对一位享誉全球并有着高傲自尊的科学家来说，这是一件非常残忍的事情。所以，请多一分理解，少一分好奇，何况还是一些不值得高兴的事情。
面对重病之下的痛苦遭遇，霍金没有抱怨，也没有申诉，而是选择默默接受，然后慢慢忘记。这是一位伟人的心胸，与这位饱经风霜的人物相比，我们实在是幸运太多了，霍金能够做到这样的坦然和淡然，足以被称为“伟人”。
2006年，剑桥郡法院接到了霍金的离婚申请，10月19日，霍金与他的第二任妻子在剑桥的家中就离婚事宜展开谈判。霍金的婚姻生活总能在世界掀起不小的波澜，这个消息也令世界震惊。但是对于霍金的邻居，这似乎并没有什么奇怪的，因为据他们所言，霍金与伊莱恩已经分居达数月之久，离婚不过是早晚的事。
第二天，64岁的霍金与55岁的伊莱恩办理了离婚手续，二人正式分道扬镳。霍金与伊莱恩是协议离婚，这是两人商议的结果，并无其他人介入。对于离婚的原因，社会各界也是众说纷纭。对于霍金来说，这似乎已经不重要了，既然无法在一起，那就放开手让彼此自由吧。
霍金的第二段婚姻也以失败而告终了，离婚之后，他与一位管家生活在一起，生活起居也依赖于剑桥大学为其提供的护理团。
霍金的儿女都已经长大成人，晚年的霍金开始渴望儿女承欢膝下的日子。他开始和简以及孩子们进行来往，经常会到简的家中参加家庭聚会，有时也会来到孩子们的家中。简和孩子们似乎和霍金又回到了从前，这也令霍金感到欣慰和温暖。
25年风雨同舟的情谊，不会因为一朝一夕的分离而消失殆尽，就像一句话所说：往往失去了才会懂得珍惜。只是不知道，霍金能不能分出一些精力去了解女人，了解曾经深爱他的妻子。