宣统元年（1909），孙家鼐已经83岁，年迈体衰，百病缠身。他曾连续两次奏请开缺，宣统帝都不批准，还特意赏他三两百年老参，让其补养身体。十月十七日（11月29日），大约是在光绪皇帝驾崩一周年之际，孙家鼐也寻着他走过的黄泉路，乘鹤西去，在天堂里与弟子团聚。
孙家鼐逝世后，朝野人士给予他充分的评价。邮传部长、学者杨士琦为孙家鼐撰写了挽联，对其为人、学养、品格都做了生动概括：
事上也敬，行已也恭，杖于朝，杖于乡，允矣君子；
和而不同，群而不党，能为师，能为长，所谓大臣。
署理直隶总督张镇芳是孙家鼐门生。他的挽联是：
寿州相国寿者相，天子师傅天下师。
协办大学士荣庆的挽联是：
侍几杖十年，自愧菲才陪末座；
共晨夕百日，每从深处见真儒。
《清史稿·列传二百三十》在《孙家鼐传》中写道：
二十年，中日事起，朝议主战，家鼐力言衅不可启。二十四年，以吏部尚书协办大学士，命为管学大臣。时方议变法，废科举，兴学校，设报编书，皆特交核覆，家鼐一裁以正。尝疏谓：“国家广集卿士以资议政，听言固不厌求详，然执两用中，精择审处，尤赖圣知。”其所建议，类能持大体。及议废立，家鼐独持不可，旋以病乞罢。
二十六年，乘舆西狩，召赴行在，起礼部尚书。还京，拜体仁阁大学士。历转东阁、文渊阁，晋武英殿。充学务大臣，裁度规章，折衷中外，严定宗旨，一以敦行实学为主，学风为之一靖。议改官制，命与庆亲王奕劻、军机大臣瞿鸿礻几总司核定。御史赵启霖劾奕劻及其子贝子载振受贿纳优，命醇亲王载沣与家鼐往按，启霖坐污衊亲贵褫职，而载振寻亦乞罢兼官。资政院立，命贝子溥伦及家鼐为总裁，一持正议不阿。时诏诸臣轮班进讲，家鼐撰尚书四子书讲义以进。
二十九年十一月丙午，谕曰：“兴学育才，当务之急。据张之洞同管学大臣会订学章所称，学堂、科举合为一途，俾士皆实学，学皆实用。着自丙午科始，乡、会中额，及各省学额，逐科递减。俟各省学堂办齐有效，科举学额分别停止，以后均归学堂考取。”丁未，改管学大臣为学务大臣，以孙家鼐任之。
三十四年二月，以乡举重逢，赏太子太傅。历蒙赐“寿”，颁赏御书及诸珍品，赐紫缰，紫禁城内坐二人暖轮，恩遇优渥。
家鼐简约敛退，生平无疾言遽色。虽贵，与诸生钧礼。闭门斋居，杂宾远迹，推避权势若怯。尝督湖北学政，典山西试，再典顺天试，总裁会试，屡充阅卷大臣，独无所私。拔一卷廁二甲，同列意不可，即屏退之，其让不喜竞类此。器量尤广，庚子，外人请惩祸首戮大臣，编修刘廷琛谓失国体，责宰辅不能争，家鼐揖而引过。其后诏举御史，家鼐独保廷琛，谓曩以大义见责，知忠鲠必不负国，世皆称之。
侄女婿、进士、著名收藏家龚心铭在孙家鼐逝世的当年，就出资影印了《太傅孙文正公手书遗折稿》。龚心铭在《后记》中深情地写道：“心铭忝附馆甥护侍左右，每于燕问稍稍窥见一二”，“公每有建白，动关大计，不求人知，亦罕有知者。……戊戌变法，公实主其议，而惟以正人心、遏乱萌为宗旨。盖公之于学无问中外、新旧，要在放之而准、措之而安，初不为一身声誉计。故其思深处远有如此者。”⑷
孙家鼐死后，宣统皇帝授予其“文正”谥号，使他梦想成真，成为像司马光那样著作等身、德被苍生、流芳百世、桃李满天下的圣贤。
“谥号”关乎一个官员一生的是非功过、最终评价。“谥，行之迹也。”“谥者，别尊卑，彰有德也。”自宋代以后，“文正”便是朝廷对文官的最高谥号，宋代只有司马光、范仲淹等3人获赠，明代仅有2人。清代的文官谥号中，也是“文正”最高，其后文+格式，依次是贞、成、忠、献、端、定、简、懿、肃、毅、宪、庄、敬、裕、节、义、靖、穆、昭、恪、恭、襄、清、修、康、洁、敏、达、通、介、安、烈、和、僖、荣、愍、思。只有为人臣者道德功业极其出众，才能经过严格的程序，先由内阁草拟，再由皇帝亲赐。“生晋太傅，死谥文正”，“文正”是千百年来千百万个文官人生追求的最高境界。
在清朝近三百年的历史上，只有汤斌、刘统勋、朱珪、曹振镛、杜受田、曾国藩、李鸿藻、孙家鼐等8人谥号“文正”。孙家鼐是清朝，也是中国历史上最后一个获得谥号“文正”殊荣的人。
吃水不忘掘井人。1980年，全国人大常委会副委员长、著名教育家许德珩应邀为《北京大学校史1898—1949年》作序，他明确指出：
北京大学，从它的前身京师大学堂成立时算起，至今已有八十二年的历史，在我国可以称得上是历史最悠久的大学之一。北大的前身京师大学堂，一开始成立，就是我国的最高学府，也是我国最高教育行政机关。因此，一般人都把北京大学看做是我国高等学校中的一名老大哥。事实上，北大不仅历史悠久，规模宏大，而且有着许多不平凡的经历，使它在中国近代史上占有一席不可忽视的地位。
京师大学堂本身就是戊戌变法运动的产物，是维新派克服了顽固守旧势力的重重阻挠和反对才创立起来的。⑸
1998年，是北大创办百年华诞，北大教授、著名哲学家汤一介主编、出版了《北大校长与中国文化》一书，进一步地强调：
孙家鼐是清末一位重臣，他学识渊博，政绩斐然，有生之年一直得到皇帝的重用。作为一个学者，他对于中学有深厚的素养，对西学也有一定的了解；作为一位官吏，他对于当时清廷的种种腐败现象深恶痛绝，希望通过变法来重整中国久远的文明之雄风。……由于他在政界与学术界的威望，他一手筹办了中国第一所综合性的大学，这在中国文化史和教育史上有不可磨灭的贡献。⑹
注释：
⑴“羹梅”一词出自《尚书·说命下》：“若作和羹，尔惟盐梅。”盐味咸，梅味酸，都是上好调味品。以“羹梅”作为书院的名字，就是希望书院能够培养出宰辅那样的国家栋梁之才。
⑵恽毓鼎：《恽毓鼎澄斋日记》，浙江古籍出版社，2004年版，第133页。
⑶容闳：《西学东渐记》，中州古籍出版社，1998年版，第180页。
⑷龚心铭编：《太傅孙文正公手书遗折稿》，宣统元年（1909年）出版，线装本，第16页。
⑸许德珩：《序》，萧超然等：《北京大学校史1898-1949年》，北京大学出版社，1988年版，第1页。
⑹汤一介主编：《北大校长与中国文化》，北京大学出版社，1998年版，第19—25页。