八月十一日（9月26日），清廷以光绪皇帝名义下了第一道“复旧诏”：詹事府、通政司、大理寺等照常设立；时务官报无裨治体，徒惑人心，即行裁撤；各省祠庙毋庸改为学堂。
八月十四日（9月29日），清廷宣布康有为、谭嗣同等“前日竟有纠约乱党，谋围颐和园，劫制皇太后，陷害朕躬之事，幸经觉察，立破奸谋。又闻该乱党私立保国会，言保中国，不保大清，其悖逆情形，实堪发指”等罪状。由于袁世凯的告密，使“戊戌事变”的事态进一步扩大，搜捕、迫害进一步加剧。
八月二十四日（10月9日），清廷宣布“天津、上海、汉口各处，仍复报馆林立，肆口逞说，妄造谣言，惑世诬民，罔知顾忌”，予以禁止，“其中主笔之人，率皆斯文败类，不顾廉耻，即饬地方官严行访拿，从重惩治，以息邪说而靖人心。”并明白宣示：“嗣后乡试、会试及岁考、科考等，悉照旧制，仍以四书文、试帖、经文、策问等项分别考试。经济特科易滋流弊，并著即行停罢，……典试诸臣及应试士子，务当屏弃浮华，力崇正学，毋负朝廷作育人才之至意。”
八月二十六日（10月11日），太后下达“懿旨”，禁止所有民间社团，“其设会房屋，封禁入官。”
九月十六日（10月30日），慈禧宣布同意大臣奏请，武科恢复旧制。“八股取士，其可笑极矣。至于武试用刀弓石，尤为可笑，实以武事为儿戏耳。”（梁启超语）
复辟气氛日益猖狂，一时间，京师内外风声鹤唳，人人谈“西学”而色变。九月十八日（11月2日）的《国闻报》报道，刑部主事张元济被革职后，其创办的通艺学堂“无人接办”，师生“风流云散，不知去向”。更有趣的是以下这段话：
……闻近月以来，凡都中士大夫有谈及西学新法者，同寮之中均闻而却避。盖恐人指之为康党，以致罗于法网。故自同文馆以外，竟无人再敢言声光化电之学，念爱皮西提之音。
在萧瑟的秋风中，京师大学堂像一棵刚刚破土的幼苗，随时都可能夭折。消息灵通的《北华捷报》不无担忧地指出：
除了京师大学堂的地位仍生死未卜外，戊戌政变前所倡议要建立的所有其他学校都被搁置，而其组织者也被无限期解聘。还有报道说，按照皇帝在八月颁布的谕令将被撤销的各行省大量的地方衙门，也很有可能被慈禧太后重新恢复。后者正在竭尽全力地恢复旧的秩序。