康熙皇帝在十五年十月派遣工部尚书冀如锡、户部侍郎伊桑阿前往江南省(今江苏、安徽)淮安、扬州视察河工，行前特别叮嘱：“河工经费浩繁，一直未见成效，沿河百姓甚受其困。这次你们前去，务必实心相视，将河上利害情形体勘详明。各处堤岸应如何修筑，务为一劳永逸之计，不得苟且塞责。如勘视不审，后复有事，你们要负责任。”这道谕旨，提出的务为一劳永逸的方针，体现了康熙皇帝全面整治河道的坚定决心和指导思想。一劳永逸旨在虑及久远，力争根治，避免短期行为、草率从事；是积极的、负责的方针。
治河方针确定后，康熙皇帝立即着手各项准备工作。康熙十五年十二月，他命江南淮、扬所属沿河地方栽植柳树，以备河工需用。次年二月，经吏部议准，慎选河员，并实行久任制，规定：嗣后凡河工道员缺额，由总督保题曾任河职、尽心河务者；其未任河职，才品优长，亦可题请。至于现任河员，果能尽心河务，应升授其他职务者，可以以升衔题留原任；升转时，仍照所升之职升用。同月，因原河道总督王光裕无治河之才，康熙皇帝将其解职；经吏部尚书明珠推荐，升任安徽巡抚靳辅为河道总督，并派遣吏部侍郎折尔肯、副都御史金焦，前去会同新任总河察审河务。
靳辅，字紫垣，汉军镶黄旗人。顺治九年(1652),考授国史馆编修。顺治十五年(1658),改内阁中书，迁兵部员外郎。康熙初年，自郎中四迁至内阁学士。康熙十年(1671),授安徽巡抚，政绩优著。康熙十五年，因其实心任事，加兵部尚书衔。不久，又升濯河道总督。可见，康熙皇帝把实现一劳永逸的治河方针寄托在靳辅身上。
靳辅感激康熙皇帝知遇隆恩，孜孜图报，康熙十六年(1677)三月受命，四月初六即赶赴宿迁总河行署就任。总河行署原在山东济宁，后又移驻淮安清江浦。河工行署的一再迁徙，标志治河重心已从单纯保证漕运，转向全面治理。他莅任之初，除随时向幕宾陈潢请教之外，并遍历河干，广咨博询，进行为期两个多月的实地考察。无论绅士、兵民以及工匠夫役人等，凡有一言可取、一事可行者，莫不虚心接受采纳。他研究了我国历代治河的利弊、得失，主张继承明代河臣潘季驯筑堤束水、以水攻沙的理论，并结合实际灵活运用。他体会康熙皇帝“务为一劳永逸之计”的谕旨，在《河道敝坏已极疏》中，批驳了只知保运、不求治黄的错误做法，提出了统筹全局，将河道运道一体，彻首尾而合治的指导方针，并将治河应行事宜分拟《经理河工八疏》,呈交康熙皇帝审批。
《八疏》每疏一事，提出五项工程和三项保证措施。五项工程是：一、挑清江浦以下，历云梯关，至海口一带河身的土，以筑两岸之堤；二、挑洪泽湖下流，高家堰以西，至清口引水河两道：三、加高帮阔七里墩、武家墩、高家堰、高良涧至周桥闸，残缺单薄堤工，构筑坦坡；四、筑古沟、翟家坝一带堤工，并堵塞黄淮各处决口；五、闭通济闸坝，深挑运河，堵塞清水潭等处决口，以通漕船。其三项保证措施是：一、钱粮浩繁，须预为筹划，以济工需；二、请裁并河工冗员，以调贤员，赴工地帮助办事；三、请设巡河官兵，共六营五千八百六十名，配置浚船二百九十六只，以经常维修、保护堤坝。各项工程初步估算需银二百万余两，后逐步增至二百五十余万两。需用人夫数量也很大，仅第一项工程每日即需十二万人，加上其他各处工程每日约需二十万。
康熙十六年(1677)七月十九日，议政王、大臣等遵旨议奏：因用财力人力太大，建议先酌量修筑紧要之处，待事平之日再照靳辅大修方案修治。对此，康熙皇帝未允，令靳辅继续论证。靳辅经反复筹维，再三勘阅，于同年十二月再上《敬陈经理河工八疏》。此疏对前一方案稍做调整，主要是挑浚黄河人夫，因以独轮车代替肩挑，并将工期由二百日延至四百日，故可从原拟每日十二万减至三万人。洪泽湖下流、高家堰以西至清口的引水河，原拟二道，因年内已经挑浚挖深、疏通一道，故再挑一道即可。原二疏、三疏、四疏所列各项工程仍坚持原案，靳辅坚持说：这些急宜修筑，断难议缓。个别工程还有所补充。如清江浦以下历云梯关至海口挑浚黄河工程，在原定遥堤之内，加筑缕堤和格堤。以缕堤束水，以遥堤、格堤防冲决。并以同样方法修筑清江浦以上至徐州黄河两岸河堤。
靳辅的治河方案彻底贯彻一劳永逸、全面修治的方针，因此，得到康熙皇帝的大力支持。康熙十七年(1678)正月，经议政王大臣等议复，康熙皇帝批准实行，支给正项钱粮二百五十余万两，限定三年告竣。自此，清初大规模的治河工程全面展开，并逐步取得成效。
三年完成治河工程大者六项：一、导黄入海工程。疏浚黄河下游河身，增筑两岸堤坝，使淤塞十年的海口开始通流，为其他各项治河工程的顺利开展创造了有利条件。二、改移清口工程。封闭原新庄闸运口(清口),另辟七里闸为运口(南运口，也称清口),使运口与黄淮交会之处隔远，防止黄水内灌，利于清水外流，减轻运河淤垫。三、高家堰工程。高家堰位于洪泽湖与高邮、宝应诸湖之间，其最大功能是挽湖束水、捍淮敌黄，同时也是运河的屏障。靳辅将诸决口尽行堵塞，自清口至周桥九十里旧堤全都增筑高厚，周桥至翟坝三十里创建新堤。仍留减永坝六处，以备旱时蓄水济运；涝时泄水保堤。并于堤外帮筑坦坡，坡长为堤高的八倍，在其上种草植树，护堤效果极佳。四、清水潭工程。清水潭逼近高邮湖，地势洼，受害尤重，最难修治。靳辅先堵塞高家堰各处决口，令淮水尽出清口，刹其上流水势；并挑山阳、清河、高邮、宝应、江都五州县运河，塞决口三十二，疏其下流水路，然后专力图治清水潭。靳辅吸取了前人在决口下埽填土，随下随流的教训，采用避深就浅，在决口上下退离五六十丈为偃月形，抱决口两端而筑之的方法，筑成一道西堤，长九百二十一丈五尺，一道东堤，长六百零五丈，更挑一道绕西越河，八百四十丈。靳辅上奏康熙皇帝：七州县田亩尽行涸出，运艘、民船永可安澜。对此，康熙皇帝非常高兴，特命名新河曰永安河，新堤曰永安堤。五、归仁堤工程。将旧堤加高培厚；挑一条引河，并用其土筑一道大坝，以抵挡睢水，及永垌、邸家、白鹿诸湖的水，使其不能侵淮，而由小河口、白洋河两处流入黄河，助黄刷沙。六、皂河工程。皂河是靳辅在骆马湖旁另开的运河，长四十里，上接迦河，下达黄河，行驶安全，便于挽运；又从皂河向东，经龙冈，岔路口到张家庄二十里，挑新河三千余丈，并移运口于张家庄，以防黄水倒灌。靳辅在治河过程中也遇到过很多困难。主要是又发生了两次大水，河道一再决口。先是杨家庄决口，至康熙二十年年底刚刚闭合龙门，第二年正月，再度溃决，经奋力抢修月余，才得以重新筑塞。不料宿迁徐家湾险工又漫决百余丈，即刻督夫抢修，于三月中旬堵塞。这时，他一面勘察各工，督令缮修，一面疏请钦差阅视河工，其疏刚刚奏入，又有肖家渡民堤坐陷，决口九十余丈。这些问题的出现，本不足为怪，但有人却试图借机全盘否定靳辅的治河功绩。
(1682)五月初八，康熙皇帝根据靳辅要求，遣户部尚书伊桑阿、左副都御史宋文运等四人前往江南勘阅河工。尚未出发，候补布政使崔维雅奏呈所辑《河防刍议》《两河治略》两书，并条议二十四款，对几年来的治河成就一概予以否定，主张拆毁所有工程。康熙皇帝命勘阅河工大臣带领崔维雅，会同总河靳辅认真研讨上奏。行前，康熙皇帝将伊桑阿等召至御座前，叮嘱说治河不在空言，而在实行，不可不慎重其事。你们前去务必与靳辅公同商酌，加意看验，不要各执己见。凡所议事宜，必须逐一上奏。
尽管康熙皇帝告诫勿存偏见，但勘阅河工户部尚书伊桑阿等人，还是用挑剔的目光看验黄河两岸堤工，并归仁堤、高家堰、运河、皂河等处工程。然后回到徐州，以崔维雅条陈二十四款质问靳辅。靳辅毫不气馁，逐条回答、批驳，有理有据，使伊桑阿等人感到若照崔维雅的主张，拆掉另筑，也难保其必能成功，因而无法定论。十月，伊桑阿等人向康熙皇帝奏报：现在肖家渡决口九十余丈，宿迁、沭阳等处田地淹没，黄河不归故道。本年粮艘虽已北上，将来运道仍不保靠。至于所建工程，多有不坚固、不合格之处，与一劳永逸之言大不相符，应将该督并监修各官，从重治罪，其不坚固、不合格等处，责令赔修。与此同时，靳辅也上疏申辩说：河道全局已成十之八九，只有杨家庄以下一百四五十里河身未经大通，肖家渡新决口未经堵塞。肖家渡虽有决口，而海口大辟，下流疏通，河道腹心之患已除。堵塞此口，其事实易，断不宜有所更张，致前功尽毁而酿后患。
康熙皇帝初阅崔维雅条奏二十四款，感到似有可取，及见靳辅回奏，又觉得崔维雅所奏事宜，甚属难行。他既想继续任用靳辅，令其完成治河任务；又不能不正视河工出现的失误，未能如期完成的事实。因此决定将靳辅革职，戴罪督修；修筑各官革职，戴罪监修，限令尽快堵塞肖家渡决口。但考虑河工关系重大，所需钱粮浩繁，若责令赔修，恐贻误工程，仍准动用钱粮，勿得借端科派，扰累小民。崔维雅的条奏二十四款，遭到彻底否决。
康熙二十二年(1683)七月，大工次第告竣。康熙皇帝高兴地对工部官员说：今河流得归故道，甚为可喜。以后更要严谨，勿致疏防，方为尽善。事实使他认可了靳辅，同年十二月，命复靳辅河道总督职。次年七月，奉差福建广东展界的内阁学士席柱遵旨回奏：“曾见靳辅颜色憔悴，河道颇好，漕运无阻。”康熙皇帝听后感慨地说：“今河工已成，水归故道，有益于漕运和商民。假使轻易改用他人，必至贻悔。”
靳辅治河贯彻了一劳永逸的方针，但若完全实现一劳永逸的目标，尚任重道远。问题不断地出现和发生，从主事的皇帝到治河官员要做的事还很多。为此，康熙皇帝曾六次南巡。