康熙皇帝在位期间，外来文化主要是西方文化，包括宗教、天文、地理、数学、哲学等。它们通过西方传教士传入中国。这些文化的内容是庞杂的，有科学的理论、技术，也有荒诞、唯心和殖民主义学说。西方传教士在中国的活动情况是复杂的，他们来中国的任务是传教，从事中西方文化的交流，使中国人耳目一新，在中国做过有益的工作，但同时也有暗中窃取情报危害中国的利益。
如何对待来自西方的这些文化和传教士?明末清初，人们对待这一问题的回答是众说纷纭、莫衷一是的。有全盘肯定、主张学习的；有一概否定、反对学习的。有盲目崇拜的；有顽固排外的。清初，崇外派代表人物钦天监历科官员李祖白等人，盲目推崇西学，贬低中国文化传统，与西方传教士合作，歪曲历史，兜售中国人类与文化西来说。排外派代表人物为新安卫官生、后任钦大监监正的杨光先。这一派视西学一无是处，主张严行闭关锁国，宁可使中国落后，也不愿学西人之长。
康熙皇帝即位时，全国天主教徒已有约二十万人，比明末增加五万多，正是西学传入、崇外派与排外派激烈争夺的波涛汹涌之际。康熙皇帝经过审慎的研究和抉择，对外来文化采取了既不盲目排斥、也不盲目推崇的态度，学习其先进的科学技术，摈弃其谬论；利用传教士的技艺，诚恳支持传教士从事有益于中国文化发展的学术交流，限制他们的传教活动，强调必须遵守“利玛窦的规矩”。
康熙皇帝首先正确处理了以杨光先为首的排外派与西方传教士汤若望、南怀仁等的矛盾。他们之间的矛盾，主要围绕着天文历法。汤若望等人以地圆说为理论指导，采用了中国赤道座标，放弃了欧洲使用的落后的黄道座标，使用望远镜观测天象，并运用近代数学、几何学、力学等科学知识实际运算，因而其理论、方法先进，推算比较精确。杨光先等使用赤道座标是正确的，但坚持中国传统的“天圆地方”说，理论上是落后的，又缺乏近代数学、几何学等知识，推算差误较多，不肯取西方天文历法之长补己之短，盲目排外。除天文历法外，又有宇宙观上天与上帝之争。杨光先以宇宙起于二元说，反对传教士“上帝造物说”。
还有关于中国人类与文化起源问题的争论。康熙三年(1664)年初，汤若望的助手、传教士安文思、利类思和中国教徒、钦天监历科官员李祖白合著《天学传概》一书，以李祖白的名义刊行。书中捏造谎言，宣扬中国人类和文化皆来自西方。中国人的自尊心受到严重伤害，杨光先写《不得已》,对其进行了义正词严的反驳，指出中国的人类和文化形成与西方没有渊源关系，而有自己的悠久历史和文化典籍，大清天下接三皇五帝正统，清朝皇帝接周公、孔子道统。杨光先以维护中国文化传统和中国尊严为己任，表现了爱国精神。但同时他又全盘否定西方文化，因噎废食，宣布宁可使中夏无好历法，不可使中夏有西洋人。可以看出，这个矛盾和斗争很复杂，学术问题与政治问题交织在一起。顺治皇帝统治时期，清政府任用汤若望主持钦天监，钦天监官员大部分是天主教徒。清政府对他们之间的斗争及杨光先的上书均不予理睬。四大臣辅政时期，《天学传概》一书出笼，杨光先向汤若望等发起猛烈进攻，得到辅政大臣支持。康熙三年(1664)十月，礼部将《天学传概》一书作者及有关人员，包括汤若望、南怀仁、李祖白等逮捕入狱，最后，将李祖白等五人处斩，汤若望被革职。杨光先取代汤若望为钦天监监正。同时，顽固守旧的辅臣也支持杨光先废时宪历(新历法),复用大统历(旧历法),混淆政治与学术问题，因政治问题将先进的科学技术也抛弃了，以行政命令处理科学技术问题。但科学技术问题不因行政命令而获得解决，旧历法的错误依然存在。
康熙皇帝亲政时，面对着这一复杂的矛盾与斗争，首先虚心学习，通过辩论和实际测验明辨了是非，为新旧历法之争作出了公正的结论。之后，他毅然决定复用时宪历，并不顾旧势力的阻挠，任用南怀仁主持钦天监的工作。根据南怀仁等的请求，康熙皇帝为已死的汤若望、李祖白等平反昭雪，但“聚会散发《天学传概》及铜象等物，仍行禁止”。南怀仁等呈告杨光先依附鳌拜，捏词陷人等重大罪状，要求将杨光先拟斩，妻子流徙宁古塔。康熙因杨光先阻挠新历，“职司监正，历日差错不能修理，左袒吴明炬，妄以九十六刻推算，乃西洋之法，必不可用”,予以革职，但不轻易视其为鳌拜党羽，不予处死，妻子亦免流徙。康熙皇帝对这一事件的处理，最成功之处是从千头万绪之中把学术和政治问题区分开。虽然他明知双方的争议混杂着政治内容，又有辅臣鳌拜参与其中，但他对西方传教士，是用其科学技术专长，不因其是外国人及其在政治方面有不利于中国的言行，而一概否定和弃之不用；也不因急用其科技专长，而在政治上作无原则让步。对杨光先，惩罚其在历法工作上因顽固愚昧而造成的错误，不从政治上一概否定，不因曾得到辅臣支持就将其打入鳌拜集团；也不因为他批判传教士的“中国人类、文化西来说”有功而原谅他天文历法工作上的错误。这样处理学术与政治问题，应该说是科学的、成功的。这件事处理过后，康熙皇帝在领导科技文化工作中贯彻了中西文化相结合的原则。
康熙非常注意招聘西方各种专门人才来中国工作，任用南怀仁之后，他又根据南怀仁推荐，先后聘任居住澳门的葡萄牙人闵明我、徐日升，比利时人安多等，到钦天监和皇宫任职，“自是钦天监用西洋人，累进为监正、监副，相继不绝”。南怀仁在康熙二十七年(1688)正月去世。不久，经南怀仁在世时倡导而决定来华的法国传教士白晋、张诚、刘应、洪约翰等来京。康熙三十六年(1697),康熙皇帝命白晋回欧洲招聘科技人员。康熙三十八年(1699),马约瑟、雷孝思、巴多明等随白晋来华。康熙四十四年(1705),罗马教皇遣使到中国，康熙皇帝以答拜名义派沙国安去罗马，要求教皇派人随沙国安来中国工作。康熙五十四年(1715),康熙皇帝授意传教士德里格、马国贤致书教皇，要他选择精通“天文、律吕、算法、画工、内科、外科几人来中国以效力”。康熙五十年(1711),九名技艺人才随教皇来华使节至中国。这些来华人员受到康熙皇帝的任用和优厚待遇。
康熙皇帝任用西方传教士，旨在吸收西学之长，发展中国的文化科技事业。如：令南怀仁主持天文历法工作并制造兵器；令白晋训练、组织中国测绘人员；命徐日升等参与编辑大型天文、历法、乐理丛书。诸如《历象考成》《数理精蕴》等书的编著，就有西方学者参加。来华工作的西方教士，或任钦天监官员，或在内阁担任翻译，或在内府充当医生、画师，或为皇上、皇子讲授天文、地理、数学、音乐、人体解剖、拉丁文等方面的知识。西方传教士在中国出版了不少介绍西方文化的书籍，从明万历十二
年(1584)到康熙六十一年(1722),一百多年的时间里，传教士在中国撰写、翻译的介绍西方文化的书籍约四百多种。其中绝大部分是关于宗教神学方面的。只有大约百分之十五的著作是属于天文、地理、数学、物理、医药等西方科学文化方面的著作。后者大部分是在朝廷供职的教士所著。传教士还把中国文史哲等方面的著作，如《诗经》《通鉴纲目》《烈女传》等，传回他们自己的国家，因而又促进了中西方文化的交流。
康熙皇帝也曾用传教士参加中国的某些外事活动。如中俄边境谈判，签订《中俄尼布楚条约》时，曾用徐日升和张诚担任中国代表团的翻译。还令闵明我等去俄国、法国、意大利，就清政府的某些外交政策进行磋商。康熙皇帝让西方传教士参与中国外事活动固然是由于当时中国缺乏精通外语和熟习外国情况的外事人员而采取的临时措施，但从总结历史教训的角度，还是应当看到，康熙皇帝让这些外国人介入中国外交活动和长住宫中，是缺乏应有的警惕。传教士为了寻求一条经俄国而贯通欧洲与中国的道路，以便于罗马教廷向东方派传教士，因此，沙俄尼果赖使团至中国时，南怀仁却利用在清廷供职之便，给尼果赖使团提供了许多关于清廷和康熙皇帝本人正在策划中的对俄谈判策略的情报及康熙的一张机密地图，并为尼果赖出谋划策。中俄谈判签订《中俄尼布楚条约》时，徐日升和张诚向戈洛文递送了关于中国内部情况的情报和一幅中国全图。他们希望沙皇能给他们以方便。这种活动对中国的危害是难以估量的。康熙皇帝认为，“所用西洋人真实而诚恳可信”,故派徐日升担任中国使团翻译。康熙五十九年(1720)十一月十八日，康熙皇帝在乾清宫西暖阁召见西洋人苏霖等十八人时说，“尔西洋人自利玛窦到中国，二百余年，并无贪**邪乱，无非修道，平安无事，未犯中国法度”。这或许是出于礼貌而恭维，或因不了解西方传教士的暗中活动所致。不论如何，“平安无事，未犯中国法度”之说都与事实不符。
西方传教士为传播西洋天主教来到中国。对这一点，康熙皇帝当然十分清楚。但他要吸收的西方文化却不包括宗教。西方传教士千方百计地向康熙皇帝进讲天主教教理，“其不如东风过耳者几希”。他对臣民说，天主教与中国教化“原不相容”“唯西教士能通晓科学，故国家起用彼等”。由于利玛窦的规矩，天主教与中国传统文化、习俗没有发生冲突，康熙皇帝承认传教士有信仰宗教的自由，出巡时曾亲临教堂赏赐。康熙八年(1669),公布天主教禁令，禁止其在各省建立天主教堂和传教。处理历法之争时，他曾下谕旨：“其天主教，除南怀仁等照常自行外，恐直隶各省复立堂入教，仍着严行晓谕严止”。那时，康熙皇帝禁止中国人信天主教。直到康熙三十一年(1692),他经过多年观察，觉得天主教对中国并无危害，才允许中国人信天主教。他下令不许拆毁天主教堂，与佛教等一视同仁。康熙四十四年
(1705),罗马教皇十一世派遣使者多罗至中国，干涉天主教中国教民尊孔祭祖，把中国习俗视为异端，干涉中国内政。这样就同中国传统文化、习俗发生冲突，并干扰清朝的正常统治秩序。康熙皇帝为此谕多罗：近日西洋来人很杂，“如今尔来之际”,“将定例先明白晓谕，命后来之人谨守法度，不能少违方好。以后，自西洋来者，再不回去的人许他内地居住。若今年来明年去的人，不可叫他许住。此等人，譬如立于大门之前，论人屋内之事，众人何以服之，况且多事”。立这个规矩本身，就是对多罗的批评和限制，多罗于次年离京。
之后，康熙下令规定，凡在华传教士，需领票(执照),并表示永住中国，才许留住；不遵守利玛窦规矩者驱逐出境；领过票长住中国的，如中国人一样受到保护。自康熙四十五年(1706)十二月起，发票。康熙四十六
年(1707),明确实行禁教政策。康熙四十七年(1708),进行核查，凡不领票的解送澳门，驱逐出境。康熙皇帝对天主教由容许到限制，由限制到禁止，其原因除罗马教皇否定了利玛窦规矩并干涉中国内政外，还由于有的传教士卷入了储位纷争。但康熙皇帝禁天主教与驱逐“乱法”的传教士时，仍留用“会技艺”的西洋人，对在中国从事科技工作或安分居住的传教士们仍保持友好关系。
总之，康熙皇帝排除封建守旧势力的阻挠和封建传统观念的干扰，吸收西方先进的科学文化，促进了中西方文化交流和中国科学文化的发展。他既不盲目排外，也不盲目崇外；在学习西方先进的科学文化同时，对西方荒诞不经的哲学和宗教理论弃而不取；一方面与西方人士进行文化友好往来；另一方面保持自己国家的政治独立，不受干扰，对西方早期殖民主义进行了卓有成效的抵制与斗争。