光绪二十五年十二月二十四日（1900年1月24日），清廷正式宣布封端郡王载漪之子溥儁为大阿哥（皇太子），继承穆宗毅皇帝（同治）为子。光绪的皇位基本上是名存实亡。
身为朝廷重臣，孙家鼐从慈禧的做派和亲贵的人品学问中，已经看出了清朝政府的腐朽和没落，意识到其灭亡是不可避免的（高阳语）。但是，由于多年受忠君报国思想的禁锢，他仍冀希望于光绪皇帝早日亲政，以力挽狂澜，实现中华民族的伟大复兴。知子莫如父，知徒莫如师。他从光绪皇帝的品德、学问、能力等方面综合考虑，深信只要假以时日，光绪皇帝肯定能大有作为。可是，他前脚离开京城，后脚就传来溥儁被立为大阿哥的坏消息。此后，孙家鼐一直担忧着光绪皇帝的生命安危。在孙家花园，每逢初一、十五，他都要在弟子们的参扶下，爬上八公山白塔寺，遥望北方，为光绪皇帝烧香祈福。
孙家鼐隐居八公山，各地的朋友也很想念他，时常鸿雁传书，向他问好。一天，他接到一个远方朋友的来信，深情地回了一首《致友人》：
一隔平山十四秋，尺笺展读思悠悠；
我因疾病辞微禄，君为贫躯动远游。
三晋关河萦客梦，八公草木起乡愁；
明年京兆槐黄日，戴尔蓬赢家上头。
1900年春夏之交，又不时传来了义和团在山东、天津、北京等地聚义闹事的消息。义和团运动像火山一样，是中国百姓对列强侵华行径愤怒的总爆发，但是，因为义气用事，缺乏理智，不讲策略，肆意滋事，盲目排外，这样做，不但不能抵御外悔，反而授人以柄，把战火引了进来。为此，孙家鼐忧心忡忡，更加牵挂光绪皇帝的安危。老友月庄先生专程到孙家花园来看他，谈到内忧外患的时局，孙家鼐唏嘘不已，眼泪汪汪。月庄先生在孙家花园住了几天。临离别时，孙家鼐送了他一副对联，作为纪念：
葵藿有心惟向日；
竹松晚节惯经霜。
他以葵藿向日表示对光绪皇帝的无限忠诚，以竹松惯于经霜来比喻自己坚贞的晚节。既是赠人，又是自勉。
七月二十日（1900年8月14日），八国联军攻入北京，烧杀抢掠，天怒人怨；次日凌晨，慈禧化装成乡下老太婆，将珍妃推入井内杀害，然后裹挟着光绪皇帝，仓皇逃出紫禁城，向西安方向逃跑……。消息传到八公山，孙家鼐再也坐不住了。他感到，国难当前，自己岂能再闭门读书？他决定再度出山，到河北赵州，等候皇上的召唤。“旋值六飞西狩，不忍君父之难而自偷安，乃奔诣行在供职。”⑶
当时，侄子孙传栻正在赵州担任知州。亲友们闻讯后，纷纷前来探望他，并劝他改变主意，但他不听；弟子们担心他年老体弱，经不起路上的鞍马劳顿，就跪地求他不要远行，他也不应。他似乎已经预感到，此次离家，可能就是自己与家乡的诀别。从小，他就听说过茅仙洞是江淮一大名胜，却一直没有机会前去游览。为了弥补这个遗憾，出发之前，他带领家人和众弟子专门去游览了一次茅仙洞。
茅仙洞位于凤台县城南六七里的三峰山半腰间，面朝淮河，峭壁高有数百米，形势十分险要。据《凤台县志》记载：“茅仙洞系西汉成帝年间所建，距今已有两千多年的历史。”茅仙洞的洞口直径不到两米，进洞20米，尚可容纳一人，再往里走，洞深壁黑，寒气逼人，至今还没有探明其真实的深度。茅仙洞上建有三仙阁，供奉着茅盈三兄弟的塑像。孙家鼐站在三仙阁极目远眺，千里江淮收眼底，万家忧患入梦来。他深情地对弟子们**心扉：
有人说，当朝政局，我是举足轻重的。这是那些不知道朝廷决策内幕的人的猜测。事实上，我的言行影响不了多少政局，稍有不慎，倒是很可能危及皇上的安危。我年纪大了，黄土已经埋到了脖颈子上，一死何足惜？但皇上春秋正富，我总不能为了一己虚名而给皇上带来实祸啊！⑷
然后，他掏出翡翠嘴烟袋，点燃后，边吸边想，劲风吹过，但见他银胡抖抖，烟雾飘飘。面对即将离开的家乡，他口占了七绝一首：
茅仙古洞几千秋，淮水滔滔仍自流。
风景一时观不尽，不知何日再重游。
注释：
⑴孟堃：《古寿春漫话》，黄山书社，2002年版，第101页。
⑵1913年1月，中华民国临时大总统袁世凯颁布划一现行各省地方行政官厅组织令》、《划一现行各道地方行政官厅组织令》和《划一现行各县地方行政官厅组织令》，随后，全国普遍废府州，实行省、道、县三级制。寿州因此更名为寿县。
⑶梁启超：《孙文正公饰终之典》，《饮冰室合集》（第六卷），中华书局，1989年版，第111页。
⑷译文转引自张建伟著《世纪晚钟》，作家出版社，1999年版，第254-255页。