光绪二十五年三月二十七日（1899年5月7日），大雨倾盆。管学大臣的办公室内，孙家鼐正在与许景澄、丁韪良一起研究课程调整。他知道，课程设置的科学合理，则学生学以致用，事半功倍。他很赞赏同乡吴汝纶的见解：“人无兼材，中西势难并进，学堂自以西学为主。他处名为西学，仍欲以中学为重，又欲以宋贤义理为宗，皆谬见也。”现在，京师大学堂立足初稳，各种攻击稍微平息，他便开始着手改进课程设置。经过一番讨论，三人形成了共识：《京师大学堂章程》原设计普通学为十门功课，按日分课教授。但门类太多，中等水平以下的很难兼顾。拟每门各立子目，仿专经之例，多寡听人自认。至理学可并入经学为一门。诸子文学皆不必专立一门，子书有关政治经学者附入专门，听其择读。调整之后，不动声色地使西学的分量得以加强。