就在三个人深入讨论的时候，传旨太监侯公公推门进来：“懿旨到！”
孙家鼐、许景澄慌忙跪下，丁韪良也站起身来聆听。
侯公公说道：“奉太后懿旨，著管学大臣孙家鼐据实复奏。”
孙家鼐接过懿旨，回答：“臣孙家鼐领旨。祝太后万岁万岁万万岁。”
孙家鼐站起身来，展开懿旨，不由得愣了一下。原来，是陕西道监察御史吴鸿甲的一道奏折：“大学堂靡费过甚，请饬归并删除……据称，京师大学堂原议招学生五百人，今合仕学、中学、小学一百三十余人，而延定教习，添设分教，并此外办事诸人，名目繁多，岁糜巨款，徒为调剂私人之薮。学生功课不分难易，统以分数核等第，至天文、地舆、兵法、算学等经世之务，开办半年，尚且苟安。体操一事，竟有强肄致伤者，其于学生几于束缚而驰骤之，章程多未妥善……”
“侯公公，请上座。”待侯公公坐好，孙家鼐等人围在他的身旁坐下。
“侯公公，太后可有口谕？”孙家鼐问。
“太后对这件事很重视，也很生气。她说，大学堂之设，原以培植人材，备国家任使。孙家鼐职司总理，自应悉心经画，俾入堂肄业者，鼓舞奋兴，期收实效。乃开办以来，时滋物议，是办法未得指归，更何以激扬士类，殊失朝廷实事求是之意。太后命你按照原奏所指各节，破除情面，认真整顿，并将提调以下各员，分别删除归并，其岁支薪水，仍严行核减，以节虚糜。至堂中一切功课，尤须妥定章程，毋得铺张敷衍，徒饰具文，至负委任，仍将整顿情形，据实复奏。”
“谢太后懿旨。请公公回去代我禀告，容臣对吴御史提出的问题做一下调查研究，克日复奏太后。”
“孙师傅，那好，没什么事我就先回宫了，老佛爷还在等着奴才的回话呢。”孙家鼐和许景澄一左一右，一直把侯公公送到门外，看着他钻进了轿子，才又回到办公室。
“真是欲加之罪何患无辞呀。”孙家鼐长叹了一口气，问道：“二位看看，有何高见？”
许景澄仔细地看了一遍吴御史的“告状信”，往丁韪良手里一塞，说：“吴鸿甲简直是一派胡言。现在大学堂注册的住校学生为170人，走读学生48人，共计218人。有一个算一个。他却说实际招生人数只有130人。原计划是要招收500人，可是学生宿舍住不下，新宿舍还没盖好，招进来住在哪里？住进吴府，他干不干？”
丁韪良也是一个劲地摇头。他说：“吴御史说什么大学堂人浮于事，提调的薪俸要高于京官六七倍；提调管教不当，礼拜天还要学生背课文。这真有些自相矛盾。据我所知，京师大学堂西文教习的薪俸比在日本教书要低不少。当年北洋海军的水手，每个月的薪俸是四五十两，而现在中文教习的薪俸只有30两，并不高啊。即使是与同文馆的教习相比，薪水也不算高。没有好收入，真正的人才谁愿意来这个清水衙门教书？礼拜天休息是洋人的习惯。前边刚说人浮于事，后面又说礼拜天不休息加班上课，这不是自己打自己的嘴巴吗？”
“还有这条，‘体育课教授徒手体操，让学生擎托跳越，犹如优伶卖艺者，有失体统，且造成学生受伤，纯属胡闹。’”许景澄颇为激动地说：“锻炼身体何罪之有？吴御史指责我们胡闹，我看他简直就是胡说！”
孙家鼐静静地听着两个副手的议论，吧嗒吧嗒地抽着翡翠嘴旱烟袋。半晌，他才抬起头来，吐了一口烟，说：“树愈静而风不止啊。吴御史告刁状，居心险恶。我们应当认真对待啊。我们在明处，反对派在暗处，所以，我们的一举一动都要慎之又慎，别让他们抓住了什么稻草为好。”孙家鼐又抽了一口烟，对丁韪良说：“冠西啊，我现在也不是太托底。这大学堂只有二三百人的规模，叫京师大学堂是不是会被人视为言过其实啊？”
“孙大人，你的担心很有道理，我也听过这样的议论。”丁韪良说：“不过，我记得有中国有一句话说得好，万事开头难。据我所知，牛津大学、剑桥大学创建时，都没有固定校舍，学生上课要到处打游击；哈佛大学开办的第一学期，只招收了六七个学生，教材只有《圣经》一本。而我们京师大学堂虽然才开学，但是，我们的校园规模、学生数量、管理章程，都像模像样。而且，我们的课程设置借鉴了牛津、哈佛和东京帝大的经验，连西教习的学袍、礼帽都是牛津大学的样式，所以，京师大学堂的起点很高，这是很了不起的成绩。”
就这样，你一言我一语，三个人针对吴鸿甲提出的责难，研究出了一个答辩方案。四月一日（5月10日），孙家鼐郑重地向慈禧做了回奏。慈禧看后，觉得证据确着，论述充分，但又不愿意让后党分子吴鸿甲颜面上过于难堪，于是降下懿旨，“各打五十大板”：
“寻奏，查奏定章程，以各省中学堂未能遍立，当于大学堂中寓小学、中学之意，并非降格相就。去冬甄别考取学生五百余人，现时传到者二百十八人，皆有册可稽，并不止传到一百三十人。习西学者百人之数，教习职员人数，皆比原定章程有减无增，薪水拟俟本年四月以后，酌量减发。课程皆按定章办理，体操并不相强。办事诸人亦无日出新法束缚之事，不敢过刻以拂人情，亦不敢过宽以坏士习。惟认真整理，以仰副朝廷作人之意。”
随后，孙家鼐也做出了必要让步，汉人教习、提调的月薪从30两减为25两。
五月十二日（6月27日），《北华捷报》以有些调侃的语气报道说：
通常发自天津“有关关闭京师大学堂的报道”，就像驴子拉磨那样，又转了一圈，传到了我们这里。与此同时，可以容纳160多个学生的楼群正迅速接近完工。西文图书馆的第一批藏书即将在偌大的“藏书楼”摆上书架。我们希望这只是一个良好的开端，而这批图书收藏终将从“藏书楼”顶上向大学堂的所有成员，乃至整个京师的居民，放射出“甜蜜和光明”。