1965年11月10日，上海《文汇报》发表姚文元的文章批判吴晗《海瑞罢官》，揭开“**”序幕，随后红卫兵运动风起云涌，席卷了神州大地。目盲足膑但心灵极其敏感的陈寅恪预感到自己即将大难临头，难逃罗网。于是写下《丙午春分作》，道出了自己末日来临的心境：
洋菊有情含泪重，木棉无力斗身轻。
雨晴多变朝昏异，昼夜均分岁序更。
白日黄鸡思往梦，青天碧海负来生。
鄣羞茹苦成何事，怅望千秋意未平。
果不其然，1966年7月，在大鸣、大放、大字报、大辩论的“四大”声浪中，中山大学的“革命者”闻风而动，开始造起反来。霎时，整个校园内鸡飞狗跳，大字报铺天盖地。陈寅恪也由原来的“走资派”“资产阶级反动学术权威”，变成“牛鬼蛇神”“封建余孽”“死不改悔的走资派”，同时被指斥为大肆挥霍国家财产的“罪魁祸首”。
面对来势凶猛的征讨攻伐和加在自己头上的一连串罪名，有一天，陈寅恪突然问助手黄萱“反动”二字如何解释，黄萱无以回答。对此，黄萱回忆说：“可见当时所谓的‘革命行动’，连博通今古的陈先生，也莫名其妙，何况他人！这怎能不使国内的爱国知识分子为之一哭！”只是，对陈寅恪来说，能“为之一哭”已是极大的幸运，很快，他将连一哭的机会和能力都不具备了。
在神州鼎沸，子夜唯闻唱鬼歌的阵阵呼啸声中，陈寅恪的三位女儿被发配到外地劳动改造，跟随陈寅恪多年的助手黄萱被造反派赶走，一直照顾陈寅恪夫妇的护士被撤除，陈寅恪工资停发，个人存款被冻结，并以中山大学“特号反动权威”之罪被批斗。可怜两位老人一个目盲足髌，一个体弱多病，因生活无着，只得写“申请书”上呈学校党委，请求恩赐。
这份被保留下来的“申请书”大意有二：一是陈寅恪心脏病加重，为维持残弱的病体，在粗食已经难进，只能进流食的情况下，请求用自己被冻结的一点儿积蓄，每日购买四支牛奶以维持生命。二是请求保留一位老工友，“协助厨房工作，协助扶持断腿人坐椅上大便。唐筼táng yún力小头晕，有时扶不住，几乎两人都跌倒在地。一位工友工资二十五元，饭费十五元，可否每月在唐筼活期存款折中取四十元为老工友开支。”。
意想不到的是，尽管陈寅恪夫妇只是想用自己的一点儿存款维持残生，但还是没能得到批准。
尽管“申请书”未得到批准，但陈寅恪夫妇还是没有上吊、投湖或像他们的晚辈人物汪篯一样抱着毒药瓶当烈酒痛饮一番，然后以头撞墙，了结此生。陈寅恪作为历史文化的承载者和“托命之人”，自然知道自己的分量和生存的意义，他还要继续顽强地活下去。
据中山大学留存的有关“密级”材料显示，早在1959年，陈寅恪就与校方有过数次严重冲突，在致校方的抗议信中有“走或死皆不甘心”之语。1963年，陈寅恪更向家人表示：他死后要把骨灰撒到珠江黄埔港外，以免别人利用他的死开追悼会。
“**”爆发后，中山大学编写的一份“形势报告”中称：“反动学术权威陈寅恪，对于蒋家王朝的覆灭，‘对于亡国、共产党是不甘心的’。他声称‘不吃中国面粉’，‘不为五斗米折腰’。他狂叫‘兴亡遗恨尚如新’。他还说，‘死了以后，骨灰也要抛在大海里，不留在大陆’。……他要至死不变，就让他带着花岗岩脑袋见上帝去吧。”
陈寅恪是否真的说过这些话，在什么状况和心境下向谁说过，“形势报告”没有表明，后人难以确切地得知。但造反派让他“带着花岗岩脑袋见上帝”的决心已经下定。
造反派按既定方针加大了对陈寅恪的折磨与攻伐力度，陈家居住的校园内东南区一号楼很快被大字报覆盖，远远望去如同一口巨大的黑白棺材兀立于树木丛生的校园一隅，望之令人恐惧惊悚。
在皮带飞扬、棍棒森森与阵阵口号声中，一张张大字报很快由楼外糊到了室内，门脸、衣柜、床头，直至糊到了陈寅恪的衣服和头上。陈寅恪的躯体霎时被白纸黑墨所包裹，难辨人形。对此，唐筼以无限的感伤之情发出了“人还没死，已先开吊了”的哀怨。
造反派们见陈家虽已“开吊”，但人还活着，为做到名副其实，索性进行抄家与劫掠财物的大规模行动。凡屋内可拿之物，大至落地收音机，小至茶杯瓷瓶，无所不拿，无所不夺，拿不走的盆盆罐罐便摔碎砸烂。不到一天工夫，家中完整的日用品**然无存。有几个造反头目在翻箱倒柜中发现了唐筼先祖遗留的一点儿纪念性首饰，开始哄抢起来。唐筼见状，想到这是先祖遗留下来的东西，意义重大，不可轻失，所以以孱弱之躯冲上前去制止。造反的头目们转过身来，一顿乱拳将唐筼打倒在地，将饰物抢劫一空。
尽管此前陈寅恪以悲愤决绝的态度告诉回家探望双亲的女儿小彭“我将来死后，一本书也不送给中大”，但他后半生积攒的书籍全部被造反派查封，手稿被掠。陈寅恪历尽千难万险，经过十几年战火侥幸保存下来的20余封祖父往来手札亦被劫走。
最后的结局是，陈寅恪所有藏书全部落入中山大学与中大造反派某些人之手，甚至连当年陈寅恪为撰写《柳如是别传》向蒋天枢借阅的珍贵抄本《有学外集》12册，也被劫去。
经过几次“战斗洗礼”，陈家财物尽失。造反者们眼见已无油水可捞，而陈寅恪还躺在**哼哼唧唧地喘着气息，为达到尽快让他“带着花岗岩脑袋见上帝”的目标，造反派头目心生一计，命人把陈寅恪抬到学校大礼堂“斗鬼台”让革命群众揭发批斗。唐筼见状上前阻止，又被打倒在地。后来多亏陈寅恪的学生刘节教授及时赶到并冒死劝阻，以自己代替老师挨斗的条件换得陈寅恪没有被强行抬走。而站在“斗鬼台”上的刘节，被造反派用最新发明的“喷气式”批斗方法羞辱折磨一番后，问其有何感想，刘节慨然答道：“我能代表老师挨批斗，感到很光荣！”这句足够“有种”的话语给了造反派们意想不到的震慑。最后，对方只是给刘节一顿耳光外加拳脚作为教训了事，没有再坚持把陈寅恪抬到“斗鬼台”当众批斗。
免登“斗鬼台”的陈寅恪，最终也并未免掉坠入死亡之谷的悲惨命运。为验证“陈寅恪是否有惊人的记忆力和渊博的学识”，造反派将他拖下床来，强迫他下跪背诵《毛主席语录》，倘若不肯背诵或有一句背错，便遭到一顿“徒有虚名”“装神弄鬼”的辱骂，外加一顿铜头腰带和棍棒敲头的频繁点击。
未过几天，造反派们又心生奇计，将高音喇叭搬进室内，绑到了陈寅恪的**。每当“革命者”呼声响起，整个陈宅如狂飙突至，风雷激**。陈寅恪夫妇未闻几声，即感天旋地转，双双心脏病复发，口吐白沫，倒身不起，世间发生的一切就全然不知了……
1969年春节后，陈寅恪一家被扫地出门，此时陈寅恪病体已经衰弱到喝一点儿汤水之类的“流食”都非常的困难，偶尔有亲友躲过造反派的监视偷偷登门拜望，他躺在病榻上说不出话，也哭不出声，只是眼角不断有浑浊的泪水流出，望者无不凄然。身处困厄绝望的陈寅恪自知自己和妻子将不久于人世，悲凉无助中，夫妻相对而泣。奄奄一息的陈寅恪怜夫人之悲苦，叹命运之困厄，天道不还，心怀无尽的怨愤与痛楚，留下了生命中最后一曲挽歌《挽晓莹》：
涕泣对牛衣，卌载都成肠断史。
废残难豹隐，九泉稍待眼枯人。
1969年5月5日下午6点三刻，躺在**气脉已竭的陈寅恪，再次被迫向当权者做“口头交代”。陈寅恪有“我现在譬如在死囚牢”之语，终至泪尽泣血，口不能言方休。延至10月7日晨5时30分，心力衰竭的陈寅恪于凄风苦雨中溘然长逝。一个月后的11月21日，唐筼因伤感太甚，刺激太深，加之环境极度恶劣，遂于病中撒手人寰，追随陈寅恪而去。
泰山其颓，梁木其坏，哲人其萎。三百年乃得一见的史学大师就此远去。
“先生之著述，或有时而不章。先生之学说，或有时而可商。惟此独立之精神，自由之思想，历千万祀，与天壤而同久，共三光而永光。”——这是陈寅恪为沉湖而死的王国维撰写的纪念碑文，更是自己一生追求和坚守的永恒信念。