1953年陈寅恪的学生、时任复旦大学教授的蒋天枢，给陈寅恪寄来一部长篇弹词《再生缘》。此书乃清乾隆年间浙江钱塘才女陈端生所著的长篇弹词小说，所叙内容为尚书之女孟丽君与都督之子皇甫少华的故事。其中青年女子孟丽君乔扮男装，一波三折中状元做宰相，最后在各种阴谋与阳谋的合力夹击下左冲右突，还是难以冲出男性社会的桎梏与圈套。这本书陈端生只写到十七卷，未完成全稿即殒命，后由另一才女梁楚生与其夫许宗彦续作三卷终结，故后世流传的本子共二十卷。
此类弹词小说，因文字通俗，一向不登大雅之堂，文人学者对此颇为鄙视。这一好恶在陈寅恪青少年时期同样有所体现，但当他年岁渐长，经历了人生的悲欢离合之后，回首再看《再生缘》一书时，却有了不一样的感受。
他说：“偶至《再生缘》一书，深有感于其作者之身世，遂稍稍考证其本末，草成此文。承平豢养，无所用心，忖文章之得失，兴窈窕之哀思，聊作无益之事，以遣有涯之生云尔”。这是陈寅恪接触和决心考证《再生缘》的心曲。
自1953年9月起，病弱目盲的陈寅恪在授课之余，正式开始了《论再生缘》的研究与创作。其过程是先由黄萱诵读，陈寅恪逐句逐段琢磨思考，每需查找资料，便由黄萱连同陈寅恪的弟子们相助，而后在辨别材料真伪的基础上构思成文，口述于助手黄萱。对于这段经历，黄萱回忆说：“他的文章取材广阔，每篇都是经过一丝不苟地考虑、缜密精心地结构之后才口授给我笔录的。虽然这样郑重其事，还要屡经修改、补充。”如此循序渐进，一部六万多字的书稿竟花半年的时间才撰写完成。
1954年2月末，《论再生缘》几经修改终于定稿。过去的岁月，无论是在清华园还是颠沛流离于西南之地，陈寅恪每完成一部著作，都会请自己的夫人题写封面。《论再生缘》完成了，封面依然由唐筼题写。只是在当时的政治环境中，这部闪耀着“独立之精神，自由之思想”灵光的稀世珍品，当局不予正式出版，陈寅恪只能自己出资请人用蜡版刻印若干册，分送友人，以示志念。
此后，时年六十五岁的陈寅恪又强撑病体，开始撰写晚年最重要的一部大作《钱柳因缘诗释证稿》，也就是后来轰动海内外的皇皇大著《柳如是别传》。
对于撰写这部大著的缘起，陈寅恪曾提及是少年时在南昌居住期间，一日偶随父亲夜逛书肆，购得钱牧斋序文之《吴梅村集》，读后竟至入迷，经年不忘。后来陈寅恪对文学兴趣大增，并致力于钱谦益与柳如是因缘关系研究。
许多年后，陈寅恪于抗战逃死之际，在昆明偶得常熟白茆[máo]港钱氏故园中红豆一粒，再次勾起了对往事的回忆。倏忽二十年过去，渐入老境的陈寅恪在肉体与精神陷入无限痛楚之中时，藏置箧笥的一枚红豆，触及了蛰伏于心中的相思之泪与追述之门。由钱柳因缘继之想到了明末清初宁死不屈的一代奇女子柳如是，柳如是的光芒灼亮了陈寅恪的心胸，成了陈寅恪精神的寄托和心灵的慰藉，躁动于心中的情感岩浆由此**而出，洋洋八十余万言的皇皇大著就此开篇。
《柳如是别传》堪称陈寅恪晚年学术生涯中“发覆”的“典范”之作。对于这样一位“才学智侠”俱全的民间奇女子来说，其身世之所以不彰，正是因为“当时迂腐者”和“后世轻薄者”的讳饰诋诬与虚妄揣测，导致人事全非，声名湮没。因此，陈寅恪发出了“明清痛史新兼旧，好事何人共讨论”的感叹，立志“推寻衰柳枯兰意，刻画残山剩水情”。陈寅恪对著述结构和内容如此安排，除了柳如是本身“待发之覆”的材料很多，还包含了陈寅恪对柳如是的“情有独钟”，认为她是可以与自己在心灵深处对话交流的人。
在以往历史叙述的语境中，柳如是不过是明末清初一个倚门卖笑的烟花女子，钱牧斋更是卑鄙无耻的下流人物。1931年5月，傅斯年在钱谦益《牧斋有学集》封面上题了如下的几句话：“此老行事奇丑，斯文之耻辱，人伦之败类也。然卅载风流，数朝掌故，其书固不可删，存之益彰其丑焉。”从傅氏尖刻的言辞中，可见知识分子阶层对钱谦益的普遍态度。陈寅恪在对钱柳著述“发覆”之后，肯定了柳如是乃一位具有民族大义，有气节、有主见的忠烈才女。而柳如是被厚诬、封杀、讹传、扭曲的生命形态，十分类似于现代中国翻天覆地的历史进程中，中国文化自身的历史与命运。因而陈寅恪的发覆祛疑之功，透过为钱柳二人辩诬洗冤的表层，暗含为中国文化在现代的历史命运清洗烦冤、发覆祛疑的深意。
一个倚门卖笑的弱女子，在明清易鼎之际，竟比五尺男儿更看重家国、民族大义，秉持独立思考、拒绝歪曲自己的学术，以投世俗之好的凛然正气。这使身处那个年代里的陈寅恪心通意会，发思古之幽情，探文化之良知，求天道之转圜。正是这样的品质才促使一位目盲病弱的老人，在内化于史料的同时有了新的感悟和生命体验，才不惜于暮齿之年穷竭心力，为这个被士大夫轻蔑的奇女子立传，以彰显我民族“独立之精神，自由之思想”。
这部“痛哭古人，留赠来者”的大书，以其丰富的史料和精密的排比、考据，与穿插其间的天才感悟融为一体，浓缩了陈寅恪一生的学养和志趣，无疑是百年中国一位大学者奉献给人类的世纪杰作。
1962年6月10日，已是七十三岁高龄、双目失明的陈寅恪入浴时不慎滑倒于浴盆中，右腿股骨颈跌断，次日进中山医学院第二附院救治，因疼痛过度，三天昏迷不醒。医生虑其年纪偏大，若开刀手术其体质难以承受，经家属同意和醒来的陈寅恪本人认可，乃采取保守之物理疗法，但效果不佳，从此断肢再也没有复原。
目盲足髌的陈寅恪失去了活动能力，整日躺在**，或被抬放到一张矮脚藤椅上静坐，外界的光明与他已彻底绝缘，只有无尽的黑暗和孤独与他为伴。
在如此艰难时局与破碎心境中，陈寅恪立下了在撒手归天之前，完成最后一件因缘大事的雄心大愿，遂加快了《柳如是别传》的创作进度。在助手黄萱的协助下，他不惮辛苦，经之营之，钩稽沉隐，终于在1964年夏完成了这部长达八十余万言的皇皇巨著。
这部前后历经十年的心血之作，为中国历史传记文学开一崭新篇章，其中的甘苦与坚毅之精神，真有惊天地泣鬼神之气概。而这一“鸿篇巨制”的萌生问世，发轫于少年，志成于人生暮年，是陈寅恪所构建的托其心志、明其理想的又一心灵丰碑。正如日本东京大学教授池田温所言：“若非有无比坚毅之心力和不屈信念，焉能完成此大业！人类文化史数千载中，失明史家之能撰大著，其类殆罕；陈先生之业绩，称为20世纪中国史学界这一大奇迹无不可也！”
继《柳如是别传》之后，身处逆境且行将就木的陈寅恪倾尽残生，以蜡炬成灰、泪尽泣血之志，着手书写生命中的最后一部著述《寒柳堂记梦》，记述其三世家风及本身旧事，作为对这个世界最后的告别。
令他始料不及的是，未及定稿，“**”爆发，助手黄萱被赶走，自此陈寅恪夫妇身陷囹圄，开始了更加悲怆的人生历程。