傅斯年以优异的成绩进入了北京大学国文系，正当他沉浸在对古代文学的学习时，一场轰轰烈烈的文化运动正悄然兴起。
1915年9月，陈独秀在上海创办并岀版了《青年》杂志，后应读者的建议，更名为《新青年》，该杂志高举“民主”和“科学”两面大旗，引发了震**中国思想界、教育界的新文化运动。这场运动虽然起源于上海，但是由于北京大学的改革适逢其时，所以北京大学很快就成为了新文化运动的中心和重镇。
北京大学的改革是由蔡元培领导的。蔡元培是中国现代著名的民主主义革命家、教育家。民国初年，他担任教育总长，对全国教育进行了一些改革，但是由于袁世凯实行专制，妄图复辟帝制，蔡元培愤而辞职。直到袁世凯死后，蔡元培才出任北京大学校长。
1917年1月，蔡元培任职后提出“思想自由，兼容并包”的主张。为了打破北大旧有的官僚气息，他积极罗致具有新思想的人才。到任不到十天，便聘请陈独秀到北大任文科学长，并把《新青年》杂志也迁到了北京大学；随后他又聘请了李大钊、鲁迅兄弟、钱玄同、刘半农、胡适、李四光等充实北大的教师队伍，一时间北大人才济济，一跃成为中国新文化运动的中心。这种学术自由、提倡民主、科学的思想氛围也深深的影响了傅斯年，而胡适的出现更是直接将他从传统国学引向了新文化的阵营。
胡适，字适之，安徽绩溪人，生于1891年，比傅斯年大五岁，早年接受了严格的传统教育，后出国留学主攻哲学。1917年回国后，任教北京大学，教授中国哲学史。胡适的思想观点非常新颖，讲授方法也别具一格，别的教授都是从三皇五帝讲起，胡适却不走寻常路，抛开唐虞夏商，直接从周宣王讲起，这在学生中引起了很大的震动。一些思想守旧的人认为胡适讲授中国哲学史远不如当时的国学大师陈汉章，就想把他赶走，但是傅斯年认真旁听了几次课后却说：“这个人书虽然读得不多，但他走的这一条路是对的，你们不能闹。”
当时傅斯年在同学中是很有威信的，因为他的这句话，年轻的胡适逐渐在北大的讲坛上站稳了脚跟。
随着两人相处的日益亲密，傅斯年对胡适的才学人品也越发佩服，他们的关系虽然亦师亦友，但傅斯年对胡适始终执弟子礼。熟悉傅斯年的人都知道，在傅斯年面前，对他本人或思想进行指责或批判都可以，但是千万不能指责批判胡适，否则必遭怒斥。
在胡适的影响下，傅斯年对西方著作的阅读兴趣越发浓厚。好友罗家伦曾经讲过一件趣事，他说：“我和傅斯年有一件共同的嗜好，就是喜欢看外国书。因为第一次大战时外汇非常便宜，所以我们每人每月都向日本丸善株式会社买几本新书，而丸善又非常内行，知道我们的胃口，于是凡是新到了这类书，常常用向邮局付款提书的办法寄来，弄的我们几个人手上的零用钱都被他吸光了，有时眼见要看的书到了而无钱去取，只得唉声叹气。我们常是交换书看，因此增加了许多共同的兴趣和见解。”
1918年，新文化运动的熊熊烈火已成燎原之势，安静的校园一下子热闹极了。陈独秀到处宣传马列主义；蔡元培创办了“进德会”，旨在改良校园风气；李大钊创办了“少年中国学会”，想要将怀有满腔热血的有志青年聚集在一起，通过教育和实业改造中国。
这个时候，作为新文化主要阵地的《新青年》杂志也不甘落后，刊登了鲁迅的《狂人日记》。这是中国现代文学史上的第一篇白话小说，奠定了中国现代小说文学的基础，也让傅斯年萌发了破坏旧世界、旧秩序的想法。然而在对待中西文化的态度上，陈独秀、胡适、鲁迅等一干人马激烈的主张和做法，遭到了北京大学辜鸿铭、刘师培、陈汉章，以及章太炎的及门弟子黄侃等当世名儒的强烈反对与回击。
比如，当胡适鼓吹用白话文写文章“既明了又痛快”时，传统国学派的黄侃便反驳道：“胡适之口口声声说白话文好，我看未必，比如说胡适的老婆死了，要发电报通知胡博士回家奔丧，若用文言文，‘妻丧速归’即可；若用白话文，就要写‘你的太太死了，赶快回来呀！’十一个字，其电报费要比用文言文贵两倍多。既费钱又啰唆，多糟糕？”此言一出，引得哄堂大笑，黄老夫子便以胜利者的姿态摇头晃脑得意起来。
在这样的背景下，傅斯年与同学好友罗家伦等人一道，组织起校内第一个学生社团——新潮社，并计划以《新青年》为样板，推出一本面向在校大学生的杂志。因为傅斯年认为这些人层次相对较低，却正处于最容易吸收新思想的年纪，一旦获取崭新且庞大的能量，未来之路即不可预想。
这个想法虽然好，实践起来却很困难，因为组织团体，尤其是办杂志，要有资金、房子和简单的设备，而他们作为学生，赤手空拳，不知如何做起。幸好有胡适的帮助，最后新潮社得到了北大每月400块大洋的公款资助，才解决了燃眉之急。
1918年10月13日，傅斯年以总编辑的身份召开了第一次预备会，他接纳了罗家伦的建议，以《新潮》作为刊物的名字。因为罗家伦是英语专业，他指出“新潮”一词取自于英文的“文艺复兴”，可以寓意刊物的目标和主旨。
次年1月，《新潮》杂志一经问世，就受到新派人物，尤其是青年人的热烈欢迎。第1卷第1期，再版三次，销售到一万三千多册，其后销售量也常在一万五千册左右。
《新潮》杂志如此成功，傅斯年功不可没。因为他不仅是《新潮》杂志的总编辑，也是该刊的主要撰稿人。据统计，1919年他在《新潮》杂志上发表的文章和新诗，就有43篇之多，是他学生时代写作最多的一年。这些文章有对世界黑暗面的抨击，有对哲学科学的提倡，也有对封建伦理道德的谴责，任何一篇拿出来，都可称得上是经典之作。
值得一提的是，新潮社虽然是一个学生社团，但是从这里走出的许多人，比如傅斯年、罗家伦、杨振声、徐彦之、康白情、俞平伯等，都成了中国现代文化领域的重要人物。
反对新文化运动的当代大儒们，眼见敌方阵营实力大增，就想方设法与之抗衡。在黄侃亲自组织指挥下，学生张煊等人，很快弄出了一个称作《国故》的杂志，以维护传统文化为己任，与《新潮》对抗交锋。但《国故》始终处于劣势，难敌《新潮》巨浪冲击。
后来北大文科学生张国焘、易克嶷、许德珩等，又成立了一个名为“国民杂志社”的团体组织，创办《国民》杂志，摇摆于新旧两派之间。可惜这一鱼龙混杂、绿林草莽气味浓厚的团体，内部很快分化，产生了所谓的旧派、新派与走中间路线的调和派等乱七八糟、令人眼花缭乱的派别。
一时间，北大校园内泥沙俱下，各种文化思潮如乌云滚动中爆裂的雷电，相互碰撞、激**、交融。在一串串耀眼火花的闪亮蹿动中，终于引爆了20世纪黑暗中国的第一声惊雷。