傅斯年为了聘请顾颉刚得罪了鲁迅，这件事让顾颉刚非常感动，所以开始尽心尽力地协助傅斯年筹建历史语言研究所。
历史语言研究所简称“史语所”，是中央研究院最早成立的几个研究所之一。其实，中央研究院最初只设立了与国计民生有直接关系的理化实业、社会科学、地质、观象台等四个研究所，并没有设立史语所。但是，傅斯年认为既然是中央研究院，就应该有文史方面的学科加入，否则将有失偏颇，于是凭着与院长蔡元培的良好关系，开始对中央研究院的其他几位决策人物展开游说攻势，最终凭借特殊的魅力和超人的智慧加霸气，促使中央研究院又在广州中山大学的校内设立了“历史语言研究所”，并成为“历史语言研究所”的所长。
傅斯年得偿所愿，难免沾沾自喜，但让他没有想到的是，自己霸气十足的性格会断送了他与顾颉刚的友谊。
在史语所筹备的初期，顾颉刚一直念及他们的情分，所以尽量压制自己的脾气，对傅斯年言听计从，所以那时他们两人的关系还能相安无事。但是随着共事时间的增长，顾颉刚逐渐无法忍受傅斯年的独断独行和强势。
顾颉刚做事情喜欢按部就班，每次都要列出详细的计划表，然后按照流程一步一步去做。但傅斯年却不同，他时不时会冒出一些新的想法，而且为了自己的想法能实现，就要求顾颉刚配合自己改变计划，这就意味着顾颉刚的很多工作都要重头再来。
浪费的时间，让顾颉刚格外心疼，他甚至有些后悔离开厦门大学。在厦大时他能静心研究，还编写了《古史辨》一书，一经出版，立刻被推到了古史学界的最高点，连他的老师胡适都甘心位居他之下。学者们都称顾颉刚发起了国史学研究领域中的第二次革命，其身份地位都荣耀无比！
可现在，傅斯年安排的杂事占用了他全部的时间，而且傅斯年还对此不以为意，这种傲慢的态度让顾颉刚很不舒服，但也没到爆发的程度。就如同顾颉刚的女儿顾潮所说，傅斯年和顾颉刚的矛盾表面上没有特殊的标志性事件可以供后人评断，主要的原因是两人的性格都太过刚强。傅斯年博学多才，极具办事才干，但是脾气暴躁，霸气十足，在各个方面都想把顾颉刚压服，听从自己的调遣。而顾颉刚则倾心学问，生性倔强，不吃傅斯年那一套，他曾说过“我只能做自己愿意做的事情而不能听从任何人的指挥的”。于是两人的关系越来越僵，终于酿成了不能合作的局面。
这样的日子持续了一段时间，顾颉刚的忍耐到了极限，他受不了这种不按计划前进的生活，希望能回到安静读书、研究和写作的生活轨道上。恰在这时，他收到了燕京大学的聘书，便以学问做不下去，想换个环境为由，向中山大学校方提出了辞职。
傅斯年一看这番阵势，认为顾颉刚不识抬举，故意拆自己的台，给自己难堪，在气愤至极时说出了非常伤人的话，他对顾颉刚说“你若脱离中大，我便到处毁坏你，使得你无处去”，这句话说出口时，他们之间的情谊就彻底断裂了。
顾颉刚被傅斯年气得面色发白，心想你傅斯年虽然是学界大鳄，具有呼风唤雨的超凡天才，但霸气再大，能力再强，毕竟不能一手遮天。你不是如来佛，我也不是孙悟空，你越叫喊着让我无处可去，我偏要一个跟头跳出你的手掌心，找个去处给你看看。于是1929年2月，顾颉刚趁戴季陶、朱家骅不在学校的时候，带着自己的家眷悄然的离开了广州返回北平。
同年7月28日，顾颉刚正式向中山大学递交了辞职信，信中称：“在薪金上，地位上，我在燕大的待遇都不比中大低，但是我并不计较这些，我所在意的是生活的稳定及学问的进步。燕大既在北平乡间，甚为僻静，一星期只有三个小时的功课，不需要我担任任何事务，我可以依照六年前所定的计划，继续读书，研究学问。我做出辞职的决定并不是因为我更爱燕京大学，而是我更在乎自己的学业。”
自此，顾颉刚彻底脱离了中大，和傅斯年天南地北，虽然咫尺天涯，却互不提携，终生再也没有一起共事过。
大师是有大师的特点，或优或劣，难以评定是对是错。傅斯年一生中结识了许多志趣相投的好友，他们目标一致，情趣相仿，却也因为性格强势冲动而失去过一些曾经的知己。傅斯年因为敢“怼天怼地”的血性被称为“傅大炮”，从而在历史中留下不可磨灭的痕迹，但是在他名留青史时，却没有意识到没有人甘愿当“炮灰”，至少顾颉刚不愿意。
顾颉刚出走后，傅斯年开始独挑大梁，他以超人的办事才能，四处网罗人才，并把目光投向了清华国学研究院陈寅恪、赵元任两位导师身上。
此时，曾经盛极一时的清华国学研究院已如强弩之末，最后一届只招收了一名学生，加上原有的学生也不过16人。更雪上加霜的是，导师中的梁任公即将撒手归天，赵元任常去外地调查方言，讲师李济除了到外地做考古发掘，还经常赴欧美参加考古学术会议，研究院事务只能靠陈寅恪一人勉力支撑。
面对这种情况，傅斯年本以为能顺利地聘请到陈寅恪和赵元任，没想到却被拒绝了。因为傅斯年不允许研究人员兼职，而陈寅恪和赵元任却不能放弃自己的教学工作。
傅斯年考虑再三，决定破例。对他而言，小小的规矩与两位旷世奇才相比，实在不值一提。就这样，在傅斯年的再三邀请和让步下，陈寅恪和赵元任怀抱着对历史语言研究事业的挚爱与对未来的憧憬，很快作出回应，表示愿意接受傅斯年的邀请，分别出任中央研究院史语所下设的历史组和语言组主任。
历史没有记下傅斯年得知这一回音后的表情，但可以想象的是他一定感到很痛快，或许还为之深深地嘘了一口气。1928年11月14日，也就是历史语言研究所成立后三个星期，傅斯年曾致信陈寅恪说：“此研究所本是无中生有，凡办一事，先骑上虎背，自然成功。”字里行间，足以看出傅斯年沾沾自喜与偷着乐的神态意兴。
待搞定两位大师之后，心中窃喜的傅斯年没敢忽视另一个人的存在，这人便是清华国学研究院讲师李济。
李济与傅斯年年龄相仿，在哈佛就读三年后，成功地取得了哲学博士的头衔，荣返故里。回国后，李济接触到考古学和地质学，参加了不少考古工作，之后进入了清华大学，担任研究生导师。当他听说傅斯年登门拜访时，十分吃惊，因为他早在读书时就听说过傅斯年的大名，对傅斯年已经仰慕已久。
傅斯年见到李济后非常热情，他一把握住李济的手，宛若老友重逢一般，令李济心里暖洋洋的。随后傅斯年滔滔不绝地介绍了史语所的发展计划，还热情地带李济参观了史语所和图书馆，这份真诚打动了李济，最终他也答应加入史语所主持考古工作，并为此辞去了清华讲师和美国弗利尔艺术馆的职务。
自此，清华研究院残存的三位导师尽数归入傅斯年的麾下，傅斯年也凭借他们的名声和实力，很快就为史语所掘到了第一桶金。