傅斯年结束留学生涯，回到了阔别已久的祖国。原本，他是计划受聘于北京大学的，可惜世事难测，人算不如天算，这一年正是北洋军阀执政最黑暗的一年，各路军阀纵横中原，开始相互倾轧与混战。
1926年3月18日，北京高校学生因为日本军队派军舰炮击天津大沽口，所以纷纷组织起来向段祺瑞执政府请愿。当浩浩****的游行队伍来到执政府门口时，却遭到枪击和暴力殴打，当场死伤数百人，其中北大、北京女师大死伤最多，后来鲁迅那篇著名的文章《记念刘和珍君》，记述的就是此次事件中遇难的年仅二十二岁的刘和珍与杨德群等女师大学生。
惨案发生后，北洋军阀政府曾计划“扫除三个半学校”，分别是中俄大学、中法大学、北京女子师范大学、北京大学之一部，并拟定了一张通缉当时北京教育界、文学界包括鲁迅、李大钊等人在内的50多人的名单。
在巨大的压力下，鲁迅被迫离开北京到厦门大学任教，北大教授刘半农、马叙伦、高一涵、顾孟余等人，也先后离开北京另谋生路；至于那些不能离京的教授们则大多转到形势较为平稳的清华大学和燕京大学；或者暂时蛰伏下来，不再伸头露面。整个北大从一院到三院呈现出前所未有的凋零景象。
1926年4月，段祺瑞执政府倒台了，北京政权落入奉系军阀张作霖的手中，他下令封闭报馆，钳制舆论，捕杀报人。一时间，北京城风声鹤唳，人人自危。蒋梦麟、朱家骅、李大钊等北大名流纷纷出逃，胡适也感到了前所未有的压力，寻了一份英国庚款咨询委员会中国委员的差使，离开北京去了英国，算是体面地躲过了一劫。
胡适是北大的最后一根重要支柱，随着他的出走，再也没有人顾及傅斯年的死活与归国后的去向了。
好在吉人自有天相，1926年10月底，当傅斯年乘坐轮船穿过汪洋大海，摇摇晃晃地抵达香港时，一封来自中山大学的聘书悄然出现在他下榻的旅馆。
中山大学的前身是孙中山先生创办的广东大学。广东大学与黄埔军校并称为“文、武两校”，黄埔军校负责培养“武学”人才，即军职人员；广东大学则负责培养“文学”人才，即文职官员。当时，许多官员都出自这两所学校。可惜，广东大学建立不足一年，孙中山就病逝了，学校的氛围顿时变得混乱不堪，各种派系纷纷诞生，互相之间斗得不可开交。
后来，国民党右派势力逐步得势，将广东大学改名为中山大学，任命戴季陶为校长。戴季陶到校后，为了改变当时校内的混乱状态，决定聘请一些有名的学者到校任教。
他在全国范围内进行筛选，最后选定了朱家骅为地质系教授兼系主任，鲁迅为文科教授兼教务主任。在思量由谁担任文学院院长时，朱家骅向戴季陶推荐了傅斯年。
戴季陶对此深表赞同，他立刻给傅斯年下了聘书，请对方回国后到中山大学任职，主持国文和历史两系的日常事务。为了避免傅斯年被其他学校挖去，他还嘱咐朱家骅要亲自与傅斯年联系，以求让傅斯年能够感受到中山大学的诚意。
不得不说，戴季陶的决定十分明智，就在他们打算聘请傅斯年时，清华大学也正准备聘请傅斯年，结果晚了一步。
傅斯年来到中山大学后，与朱家骅一见如故，在学术见解与治校方略上，二人一拍即合。傅斯年以自己过人的胆识、才气与霸气，主动帮助朱家骅筹划校务，处理各类繁杂事宜。而朱家骅也视傅斯年为铁杆兄弟，放开手脚让他在中大校园内由着性子，尽情地“折腾”。
用朱家骅的话说，“孟真为人，磊落轩昂，自负才气不可一世，执笔为文，雄辞宏辩，如骏马之奔驰，箕踞放谈，怪巧瑰琦，常目空天下士。因此，有人目他为狂，也有说他是狷。狂也好，狷也好，正是他过人之处。”
英雄不问出处。本着重真才实学、不重学历背景的原则，傅斯年帮助朱家骅广纳人才。他采用了当年蔡元培“兼容并包”的方法，同时聘用现代科学知识丰富的“新派学者”和国学根基扎实的“耆旧宿儒”。
在傅斯年的努力劝说下，许多北方的学者纷纷南下，来到中山大学任教。吴梅、丁山、罗常培、杨振声、何思源、汪敬熙、商承祚等人都是在这一时期被傅斯年聘请到中山大学的。
中山大学由此声名鹊起，威望隆盛，令全国学界为之瞩目。然而令人扼腕叹息的是，这样的大好局面没有维持多久，就因为人事纷争而很快的走向衰微。
激烈的纷争首先在鲁迅与顾颉刚、傅斯年三人之间展开。
傅斯年刚到中山大学后不久，鲁迅就公开以五四运动时期的北大风气作为标准要求中大师生。在一次教务会议上，他主张让学生有研究、活动和组织的自由，并特地举出北京大学的事例作为榜样，让中大师生学习和效仿。但此时的中大不是北大，戴季陶、朱家骅等人，已经成了国民党的要人、官场上的重量级人物，自然不吃鲁迅那一套。朱家骅以强硬的姿态反击道：“这里是‘党校’，凡在这里做事的人，都应服从党国的决定……”
自此，鲁迅及其背后的支持者，与以朱家骅为代表的校方当局，围绕政治是非问题或明或暗地较起劲来，直至闹得不可收拾。
此时的傅斯年与鲁迅虽无师生之情、朋友之谊，但因在北大办《新潮》杂志时，曾得到过鲁迅的爱护与支持，所以他与鲁迅还能和平共处。但随着他聘请顾颉刚来中山大学任教，二人的矛盾终于引爆，炸开的裂痕再也没有弥合。
顾颉刚，字铭坚，江苏苏州人，是中国现代著名历史学家和民俗学家，1916年，与傅斯年一起考进北京大学，还被分配到同一个寝室居住。当年傅斯年去英国深造时，顾颉刚还专程到上海送行，可见俩人关系的亲密。
后来，顾颉刚到厦门大学任教，与鲁迅成为同事。两个人因为一些误会和学术观点的不同，关系日渐恶化，最后落到势同水火的地步。
因为顾颉刚长了一个红红的酒糟鼻，鲁迅在私人通信中，经常不厚道地以“红鼻”、“鼻”、“赤鼻”代称顾颉刚；甚至还把顾颉刚恶毒地比喻成“梅毒”，称“与鼻不两立，大似梅毒菌，真是倒楣之至”。
所以，当傅斯年在朱家骅的支持下，不顾鲁迅的反对，坚持要把顾颉刚聘为中大教授时，鲁迅的愤怒可想而知，他满含悲愤地辞去中山大学的教职，回到白云楼整理旧稿件。
顾颉刚留了下来，准备协助傅斯年创立历史语言研究所。然而，这俩人谁也没有料到，正是因为历史语言研究所，他们的友谊也逐渐出现了裂痕。