史语所往李庄迁移的时候，发生了一件令中国各界都为之震动的大事——蔡元培先生去世了。
其实，早在卢沟桥事变的前两年，蔡元培就饱受病痛的折磨，但是这位中国学界的领袖，依旧为民族的复兴奔走呼号。
傅斯年对蔡元培为文化教育献身的风格和胆识极其敬佩，他曾称赞蔡元培：“试想当年的情景，北京城中，只是些北洋军匪、安福贼徒，袁氏遗孽，具人形之识字者，寥寥可数，蔡先生一人在那里办北大，为国家种下读书爱国革命的种子，是何等大无畏的行事！”
此时抗战转入低潮，日军攻势凌厉，中国东部最精华的国土尽失，国际社会无一援手。国民政府几乎陷入了外无救兵、内无粮草的绝境。蔡元培的去世，也让中央研究院各研究所同人心头蒙上了一层挥之不去的阴影。
为防止中央研究院各个系统因为蔡元培先生的去世而在战火中瘫痪，选拔新的院长成为当务之急。
1940年3月中旬，评议会秘书翁文灏与中央研究院总干事任鸿隽、前总干事朱家骅、教育部长王世杰等人沟通后，呈报国民政府批准，召集散落在全国各地的评议员赴重庆开会，选举新一届的院长。
蒋梦麟、傅斯年、陈寅恪、陶孟和、李济、竺可桢、李四光、丁西林，以及西南联大教授周炳琳等接到通知，纷纷来到国民政府陪都（是指首都以外另设的副都）重庆。
鉴于复杂的政治人事关系，由谁来坐第一把交椅，傅斯年也不甚明了，但他心中的最佳人选是自己的恩师胡适。
推选程序尚未开始，整个氛围已如浓雾弥漫的山城重庆，令初来乍到者晕头转向，拿捏不稳。大幕遮掩下的评议行动，首先在翁文灏、朱家骅、王世杰、任鸿隽四人之中较起劲儿来。
这四人都是民国政坛中的儒林翘楚，朱家骅最年轻，学术资历相对较浅，但他是国民党权力中枢的中央常委和组织部长，官职以及在国民党内部的威望都在另外三人之上。
在普通百姓或部分学者看来，他们四人都是位高权重的党国大员，可谓高官厚禄，前程似锦，实在没必要再来争抢这个清水衙门的总管。傅斯年对此却颇有见地说：“中研院长看似是个闲职，没有什么权力可弄、油水可捞，但并不是所有的人都是这么想的。像翁、王、任、朱等四人当然另有算盘可打，一个显然的情结就是，国民党部长大员的高位可以方便捞钱获利，但并不为天下儒林所重，相反中研院院长不能捞钱弄权，却可以赚取部分名声，特别是作为学者从政的一族，骨子里或多或少地残存着读书人的情结，渴望天下人把自己看作一位大贤者、大儒式的高官，而不是以一只土鳖、老粗或满腿泥水兼烟袋油子味儿的军阀面目出现。面对这个国家最高研究机关的掌门人职位，几位儒生出身的高官自然不能不为之心动。按他们的想法，只要能坐上这把盟主的交椅，便可名动天下儒林公卿，达到鱼与熊掌兼得、名利双收之奇效。”
当众评议员从全国各地抵达重庆，即将进入正式选举程序时，作为中央研究院评议会秘书的翁文灏，却忽然接到一张“条子”，纸条是蒋介石侍从室二处主任陈布雷给他的，上面称蒋委员长希望顾孟余能当中研院院长。
翁文灏不敢怠慢，将“条子”的内容转达给傅斯年等人。众人一听，都很愤慨。向来有“大炮”之称的傅斯年在震怒中本想当场发作，但想到顾孟余是前辈学人，同时也是自己在北大时的师辈与中山大学时的上司，所以强按怒火答道：“我个人觉得孟余不错，但除了北大出身或任教的人，教育界认识他的人不多。”随后，傅斯年又对在场的汪敬熙说：“我可以投他一票，你呢？”
汪敬熙听罢将嘴一撇，颇为不屑地答曰：“我决不给他投票，他只是一个政客。”
傅斯年又对翁文灏、王世杰说道：“你看如何？”面对此情，翁王二人无言以对。
盛怒中的傅斯年仍余气未消，转身又对同时在场的段锡朋说道：“书诒，你算一下看，老顾能得多少票？”
汪敬熙、段锡朋二人都是五四运动时期与傅斯年在北大同时发起运动的一代名将，他们所看重的只有自己的老师胡适，其他人均不放在眼里。而顾孟余虽曾出任过北大教务长，但后来离开北大转向国民党内部中枢，从事政治活动，并与国民党高官大员甚至蒋介石本人，有着扯不断、理还乱的关系，与学术界人士的关系早已疏远冷淡。
段锡朋根据顾孟余的名望和人缘儿，粗算了一下，最多只能得8票。
这个插曲只是小范围内的非正式公布与商议，假如就此打住，倒也相安无事，但是“条子”的内容却不知道被谁捅了出去，立即引起其他评议员的盛怒。因为蒋介石的这种做法不但违反了中研院的选举条例，同时也是对学者们的侮辱，一时群情激昂，怒气顿生。
翁、王、任、朱四人一看众评议员的激愤之态，才知道这一班学者与纯粹的官场中人大不相同，于是撇开顾孟余，又开始为争抢这把交椅暗中钩心斗角起来。
3月21日晚上，翁文灏、任鸿隽联名出面请客，赴宴者30人。宴会上翁文灏、任鸿隽两人表面上不动声色，内心却自有打算。但让他们意想不到的是，前来参加的傅斯年、陈寅恪等人却不买账。
为了这次评议会，陈寅恪带病专程从昆明赶来参加，曾几次对众人表示“来重庆就是为了投胡先生一票”。在这次宴席上，陈寅恪大谈独立精神和思想自由，并表示中研院院长必须在外国学界有很高声望才能服众。显然是向在座者宣示，只有胡适才有资格来坐这把天下儒林盟主的交椅。
因为这个时候胡适已经以中国驻美大使的身份，在国外受领了至少30多顶博士或相关的名誉博士帽子戴在头上了。这个分量，就如同三国时代虎牢关前的吕布，是翁文灏与任鸿隽放在一起都无法匹敌的。所以陈寅恪的说法，得到了大多数入席者的赞同，而翁文灏与任鸿隽两位颇为尴尬。
宴席在沉闷、争吵的气氛中不欢而散。第二天，中央研究院第一届评议会第五次年会终于在重庆蒙蒙细雨中开幕，评议员对院长候选人正式进行了无记名方式投票，选出三名候选人。据统计，到场者共30人，
由王世杰担任会议主席，为避嫌，王世杰放弃投票。其结果是：翁文灏和朱家骅二人旗鼓相当，各得24票，胡适得20票，李四光6票，王世杰与任鸿隽各4票。
这一选举结果令陈寅恪等众评议员还算满意，一方面，学者们自认为顶住了上面的“条子”，显示了自由之思想、独立之精神的正气；另一方面，似乎“上面”没有再强行施压，或节外生枝故意制造麻烦。而学者们选出的翁文灏、朱家骅、胡适三人，也并不出当局意外。
胡适作为学术界的一种象征和符号，在傅斯年、陈寅恪等人的共同努力下入围中枢，但后来发生的事也证明这些儒生们把问题看得过于简单了。
选举的第二天，王世杰向蒋介石报告选举成果，当说到顾孟余没有被选中时，蒋介石笑了一下说：“他们既然要适之，就打电让他回来罢”。
蒋介石的反应令傅斯年始料不及，但也正是这一枝节的突现，使傅斯年对选举中的“条子事件”有了新的更合乎逻辑的分析推断。
按照傅斯年的推理：翁文灏此前恐怕说了假话，陈布雷是明确接受了蒋介石的旨意，而翁文灏与朱家骅二人又接受了陈布雷的指示，想要设法推举顾孟余当选，但由于傅斯年等众评议员们的强烈抵制没有成功。蒋介石交代的事没有办到，已经是严重失职，可没想到翁文灏与朱家骅却起了私心，反而萌生抛弃顾孟余而让自己当选的私心。这就让最高领袖蒋介石产生了一种愤怒与厌恶，而这种愤怒与厌恶又不好当场发作，因而蒋在得知选举结果后，只好当着王世杰的面“笑了一下”。
这一笑含着极度复杂的成分，除了对翁文灏与朱家骅人格的嘲讽，更有对评议员们所谓“自由、民主”等的无可奈何。这种愤怒、感叹、嘲讽与无可奈何的交织，便化作了尴尬的一丝苦笑和让胡适回国的口谕。
蒋介石这个颇有些意气用事的口谕，立即得到了时任行政院副院长孔祥熙的热烈响应，他早就想把胡适换掉了，据说孔祥熙一口气就向蒋介石推荐了四个可以代替胡适的人选，用情之急、之烈实属罕见。
形势急转直下，傅斯年终于意识到当初鼓动众儒生合力推选胡适是个“大失策”，他们的本意并非真正要让胡适回来做院长，而是为了表达学者们不屈的精神。
已回过味儿来的傅斯年担心胡适因此事件翻船之后，自己成了三国时盗书的蒋干，两边无功，反而有过，于是立刻以一个战略家的姿态积极组织人力进行绝地反击，以阻止孔祥熙等人的强势进攻。人们都说傅斯年在政治生活中只是一门不会拐弯的直筒子“大炮”，其实从此次事件中可看出他的聪明之处。
在傅斯年的努力下，蒋介石经过再三权衡，终于做出决定：胡适继续任大使不变，朱家骅代理中央研究院的院长。
朱家骅本是合法的三位院长候补人之一，结果阴错阳差地以暂代之名来充当天下儒林共主，心中颇为不快，又无力改变这一尴尬局面，只好屈就。
中央研究院院长人选确定后，傅斯年返回李庄，除了因为史语所的事务放心不下，主要原因是他的身体状况已糟糕到不容许他再代理中央研究院总干事一职了。