傅斯年坚持己见，不允许伪教员重返北大，这件事让他背负了很多的骂名。经过近一年的吵闹叫骂、阴谋与阳谋的交锋对垒，在风雨潇潇、翘首以待中三校复员之日终于到来了。
1946年5月4日，西南联大师生与特邀来宾在校图书馆前的广场上，举办了校史上最后一次结业典礼。唯一在昆明统揽全局的联大常委梅贻琦做了具有历史纪念意义的报告，北大、清华、南开三个学校的代表汤用彤、叶企孙、蔡维藩相继致辞。
会后，全体师生来到校舍后面的小山，树起了代表联大师生情感与精神寄托的纪念碑。按照传统的款式，纪念碑上的署名分别是：“文学院院长冯友兰撰文，中国文学系教授闻一多篆额，中国文学系主任罗庸书丹。”碑的背面刻着西南联大自抗战以来834名参军入伍学生的名单。
当冯友兰朗诵完纪念碑碑文后，揭幕仪式开始。历经八年的联大生活就此宣告结束。除师范学院继续留在昆明改称国立昆明师范学院外，其他师生分批北返平津。
就在联大学生北返平津一个月后，远在美国的胡适昂头挺胸，精神抖擞地健步登上客轮甲板，在太平洋激**的清风绿浪中，离开纽约回归祖国。
富有意味的是，当胡适乘坐的轮船在太平洋行驶了30天，终于在7月5日靠近上海这座离别近九年的城市时，迎接他的不是鲜花彩虹，而是狂风暴雨和如血的残阳。这本是一个大凶之兆，只是当时的胡适并没有意识到这个预兆对他来说意味着什么。
在此之前，傅斯年就向朱家骅建议，让德高望重的胡适回国主持北大事务，自己可以做他的开路先锋。只是当时胡适尚未归国，所以暂由傅斯年担任代理校长。此时，胡适一到北平，傅斯年立刻践行了当初的承诺，不但把胡适扶上了北大第一把交椅，还要按中国“扶上马，送一程”的老规矩，再送老师一程，至少在自己逗留北平的时间内，把一切敌对势力和半敌对势力**平铲除之后方可卸职。
傅斯年在给夫人俞大綵的信中说道：“大批伪教职员进来，这是暑假后北大开办的大障碍，但我决心扫**之，决不为北大留此劣根。”又说：“在这样的局面下，胡先生办远不如我，我在这几个月给他打平天下，他好办下去。”
正是由于这样的决心和实际行动，伪北大教职员与部分相关人员，才称傅斯年是胡适手下的一名好勇斗狠的恶劣打手。
相较去美国之前，此时的胡适已经大不相同了，他在美国大使任上期间的成就和攒聚的国际声望，尤其是一手把日本拖入太平洋战争的空前杰作，使他声名显著，为世界瞩目。
胡适一旦回国踏入北大校园，就如同潜龙出渊，虎入深山，再度啸傲士林，俯瞰政坛。历史的风云际会把胡适推向了一个新的高度，到了登峰造极的境界。
胡适的巨大影响使他不但成为中华大地上教育、文化、学术界的“帅”字号人物，而且一举成为政坛上象征性的盟主。在“帅”旗飘扬中，同样沉浸在虚幻迷惘中的各色人等从四面八方云集而来，于乱世苍茫中企图求得一方良药，以壮行色。而此时的胡适一扫九年来在美国所受的委屈，野心顿发，开始摇动令旗呼风唤雨。
按当时出任北大校长室秘书邓广铭的说法，头顶五彩光环、身佩盟主“帅印”的胡适，不但立志要把北大办好，也不以华北地区教育界的重镇自任，而是放眼于全中国的高等教育事业，以振兴中国的高等教育为己任。
不过，书生意气的胡适并没有意识到此时的北平已不再是1937年前的北平，此时的北大自然也不再是当年的北大了。在急剧动**的大时代，政治腐败，经济崩溃，教授与学生皆陷入生存困境中难以自拔。四顾茫然中，中共地下组织趁机发动学潮，展开与国民党政权的斗争。如果说抗战前中共潜伏于各大学的地下组织尚属零散、隐蔽，如今几乎已是公开的大规模的运动了。在滚滚学潮涌动中，胡适的大旗很快就淹没在一片浩瀚激**的洪流赤水之中。
此前傅斯年由重庆抵达北平，正式筹备北大复校事宜。21日，针对西南联大学潮吵闹不息与联大教授闻一多、吴晗等人的嚷嚷不止，傅斯年极为愤慨地发表了公开宣言，说：“关于学生运动，今日学生的水准，不够为未来之建国人才，希望能安心读书，专门做学问，学术绝对自由，但是不可以作为政治斗争的工具。”
这年7月底，复员的清华、北大、南开三校联合招考先修班学生，考生被录取后可自由选择学校与专业。根据国内情形，考试共分七个考区，分别为上海、北平、昆明、广州、重庆、武汉及天津。成绩公布后，七个考区的成绩以上海考生为最佳，昆明考生最差。对此，傅斯年对记者发表谈话，颇为感慨地说：“昆明区成绩最差，因高中学生从事政治活动，而疏忽功课所致。”因此“奉劝昆明同学今后为自己前途着想，努力学业，何必替人家做垫脚石”。
同年8月4日，精疲力竭的傅斯年在《经世日报》上发表了《漫谈办学》一文，提出政府与学校当局应当负起应有的责任，面对啼饥号寒的师生，政府必须提高他们的待遇，不要视他们如草芥。
傅斯年明确表示，在风起云涌的社会大动**中，各个学校都是面黄肌瘦的教员与衣食无着的学生，形同难民丐帮。在这样的情况下还希望他们不闹事生非，实在是不近情理的事儿。校长与教授一方，必须打起精神，拿出为青年、为人类的赤胆忠心。如若不然，学校是假的，不如不办，免得误人子弟。
傅斯年以教育界大佬的身份，为维护风雨飘摇的国民政府做着最后的努力。他以严肃的态度和鲜明的政治立场指出：“学校必须有合理的纪律。这些年来，学校纪律**然无存，不知多少青年为其所误，从风潮闹到极小的事，学生成了学校的统治者。这样的学校，只可以关门，因为学校本来是教育青年的，不是毁坏青年的。大凡学生闹事可分为两类，一、非政治性的，这类最为无聊，北大向无此风。二、政治性的风潮，政治性的必须要问是内动的还是外动的。去年年底我到昆明去处理学潮，在最紧张的时候，老友冯芝生笑着对我说：‘请看剃头者，人亦剃其头。’他说这话的意思是因为我曾经是五四运动的学生领袖，现在却请人不闹风潮，所以冯芝生觉得可笑。当时我对朋友说，五四与今天的学潮大不同。五四全是自动的，五四那天，上午我做主席，下午扛着大旗，直赴赵家楼，所以我深知其中的内幕，那内幕便是无内幕。现在可就不然了，延安广播一下，说要求美军撤退，过了几天，学生便要求美军撤退，请问这是‘为谁辛苦为谁忙？’我是很不愿意将这样的学生运动与五四相提并论的。我们不应该禁止青年作政治运动，但学校应该是个学校，应该有书可读。若弄得成了政治斗争的工具，岂不是失去了学校存在的意义？青年人多是不成年的人，利用他们，岂不是等于用童工？教员有他的职业的本分，就是好好教书。如果志不在此，别有所图，岂不是骗人？骗人者不可为人师。受骗者，应该先开导他，开导不成，必须绳之以纪律。现在的人都知道火烧赵家楼的那一幕，却忘了要保护学校，非常可惜。”
这是傅斯年首次坦率直白地向社会各界公开自己的政治观点，也是正式抽身北大的告别演说，其中包含着对这所风雨急骤的著名学府未来的焦心与忧虑。当然，日后的北大校园是江水滔滔，还是洪流滚滚，或者在汹涌澎湃的学潮与社会鼓**中走向复兴或是衰落，他这位被蒋廷黻所讥讽的“太上校长”就顾不得许多了。