傅斯年扳倒了孔祥熙和宋子文，想要改革政治，促使政权完善，但是依旧不能阻止蒋家王朝走向覆灭。
1948年9月12日，林彪指挥的东北野战军在辽宁省西部和沈阳、长春地区，对国民党军卫立煌部发起攻势，史称辽沈战役。此役东北野战军以伤亡6.9万人的代价，歼灭并俘获国民党兵力47万余人，并缴获了大批美制武器装备。国军元气大伤，踏上了衰亡败退之路。
11月6日，中共华东、中原野战军与地方武装共60余万人在以徐州为中心，东起海州、西至商丘、北至临城、南达淮河的广大区域内，向集结在这一地区的70万国民党军发起强大攻势，史称淮海战役。解放军攻势凌厉，兵锋所至，所向披靡，国民党政府首都南京岌岌可危。
11月13日，号称一代“文胆”的总统府国策顾问、首席秘书陈布雷，看到国民党政权日暮途穷、灭亡在即，而自己回天乏术，无力解决党国的危难，于痛苦悲愤中自杀身亡，以“尸谏”的古老形式表达了他对蒋介石的忠诚，以及对国民党政府前途命运的绝望。
此前，陈布雷曾多次向蒋介石苦谏，劝他“同共产党举行谈判，早日结束内战，国民党或许还能坐半个江山”。蒋介石却固执地认为即使谈判也保不住半壁江山，只有背水一战，成败在天了。
面对山河崩裂，摇摇欲坠的国民党政府，蒋介石困兽犹斗，在决心背水一战的同时，没有听天由命，而是采纳了历史地理学家出身的著名策士张其昀的建议，决定着手经营台湾，作为日后的退身之所和反攻大陆的基地。
在国民党军队大举败退台湾之前，根据蒋介石的密令，除了把价值约10亿美元的黄金和银圆秘密运送到台湾之外，科学教育界能搬迁的人、财、物尽量搬迁，先以台湾大学为基地，而后慢慢站稳脚跟，以达到求生存、图发展的目的。
因台湾大学原校长庄长恭履任半年就携眷悄然离职开溜，国民政府决定由傅斯年接任台大校长，着力经营关乎科学教育这一立国之本的重要基地。经朱家骅和傅斯年多次晤谈，傅斯年勉强从命，跳进了这一火坑。
1948年11月底，朱家骅奉命召开“中央研究院在京人员谈话会”，分别召集了在京的七个研究所的负责人及相关人员参加，出席会议的有傅斯年、李济、陶孟和、姜立夫、陈省身等，众人紧急商定了几条应对措施，包括立即停止各所的扩建工程，原备木料全部制成木箱以备搬迁之需；各所尽快征询同人意见，做好迁台准备；南京地区文物、图书、仪器、文卷等先行集中上海，由安全小组封存，伺机再南运台湾等。
与此同时，根据蒋介石的指令，在南京的故宫博物院、中央博物院筹备处、中央图书馆、中央研究院历史语言研究所等四家机构所藏的珍贵文物、图书和历史档案，全部装箱运往台湾。由教育部次长、中央博物院筹备处主任杭立武全权指挥调度。待一切准备就绪后，海军司令部派来“中鼎”号运输舰与一个连的官兵协助装运。此船共装运四家机构运来的古物和历史档案、标本、仪器等772箱，由李济担任押运官，全程负责运输、装卸事宜。
1948年12月21日，满载国之重宝的“中鼎”号军舰拔锚起程，由上海进入激流汹涌的台湾海峡，向陌生、神秘的基隆港驶去。
因前方战事吃紧，国民党海军一时无船可派，在运输第二批资料时，包租了一艘招商局的海沪轮，由于船舱较大，仅史语所的古物、资料就装载了934箱，其中“内阁大库”档案就多达311914卷。该船于1949年1月6日起航，仅三天就到达了基隆港。
第三批是海军部派来的一艘“昆仑”号运输舰，该舰船自1949年1月29日开出，直到2月22日才抵达基隆。至此，四家机构共4286箱古物、资料、珍贵图书、档案等全部运完，无一件损坏。仅南京故宫博物院运去的珍贵文物就多达2972箱，这批文物后来存放于台北的“故宫博物院”。
就在四家机构的古物、图书、档案等仓皇运台之时，朱家骅奉命动员中央研究院各所人员全部迁往台湾。但是令他颇为失望的是，大多数人员不愿随迁，仍要在南京、上海“静观待变”，只有傅斯年主持的史语所较为积极，但傅斯年同样处于“去留之间两徘徊”的境地。此时此刻，真要让他带领全所人员离开生于斯、长于斯的大陆，心中的彷徨痛苦可想而知。
据史语所研究人员陈槃回忆：自三十七年冬，首都告警，群情惶急，不知所以为计。一日，傅斯年召集同人会议，神情惨然地说：“史语所恐怕要结束了，我虽然想将史语所迁入适当地区，使国家学术中心得以维持不坠，然而我精力不济，宿疾未愈，已经不堪负重。所以今天召集大家商量，如果还有人愿意继续留在史语所工作，斯年愿意尽最大的努力，为其妥善安置。”
在座的诸位学者已经感到学术自由的环境受到威胁，何况史语所一直是他们的生命寄托，听了傅斯年的这番话之后，他们都表示愿意与史语所同进退，开始于惶恐纷乱中携妻带子紧急逃往台湾海峡那边的孤岛，只有夏鼐、郭宝钧、吴定良等少数人留了下来。在抗战胜利后中央研究院已建成的13个研究所中，除半个数学所赴台外，这是唯一一个“兵随将转”，被傅斯年较完整地一锅端到台湾的重量级学术机构。
只是当赴台人员心怀凄凉，在风高浪急的台湾海峡动**颠簸时，傅斯年没有同去，他留在了南京，与朱家骅、蒋经国、陈雪屏等人，在蒋介石的授意下，紧急磋商谋划“平津学术教育界知名人士抢救计划”细节办法，并拟定了“抢救人员”名单。名单包括四类：（一）各院校馆所行政负责人；（二）因政治关系必离者；（三）中央研究院院士；（四）在学术上有贡献并自愿南来者。这四类人员约60人，连同眷属共约300人，其中就包括他的恩师胡适。
1949年元旦，共产党通过新华社发表新年献词，提出“打过长江去，解放全中国”的响亮口号。国民党败局已定，蒋介石正式委任心腹干将陈诚为台湾省政府主席，倾全力经营台湾，为国民党撤退做准备。
当夜，南京城一片死寂，胡适与傅斯年共度岁末，师徒二人置酒对饮，相视凄然。思前想后，两位书生不禁潸然泪下。午夜的钟声响过，二人打起精神，重新抖起了文人的癫狂之态，一边喝酒，一边背诵陶渊明的《拟古》：
种桑长江边，三年望当采。枝条始欲茂，忽值山河改。柯叶自摧折，根株浮沧海。春蚕既无食，寒衣欲谁待。本不植高原，今日复何悔！
待把此诗吟过数遍，二人酒劲儿上来，这才眼角含泪倒在桌旁昏昏睡去。
1949年1月5日，新任台湾省主席的陈诚开始在台北主持政事，他上任后的第一件事就是致电傅斯年，希望他速来台湾，共负重任。
傅斯年接到电报，意识到自己决定何去何从的最后时刻到来了，在命运的重要转折关头，向来干练决断的傅斯年也忍不住犹豫起来。此前，随着陈布雷自杀身亡，傅斯年也产生了继之而去的念头。
据傅斯年的夫人俞大綵回忆说：“那时我的母亲患有严重的心脏病，需去香港就医，大姐要我与她同行随机照顾病母；但是我担心孟真旧病复发，不敢离开。就在我左右为难之际，孟真劝我说：‘你母亲病情严重，此行如有不测，你未能尽孝，将遗恨终生。你非去不可，不要顾虑我。’于是我略整行装，准备隔日启程，当夜孟真的弟弟孟博却赶来痛哭流涕，劝我不该离开孟真。他说：‘你难道不知道哥哥随身带着一大瓶安眠药，一旦共军攻入，他便服毒自尽么？那时，你将何以自处？’骨肉情深，感人肺腑，我们相对涕泣，我便放弃了广州之行。”
傅斯年之所以没有自杀，除了他的夫人细心看护外，与傅斯年本人在心中牵挂着史语所同人和他的故朋亲友亦有极大的关系，正是这一条若隐若现的锁链，最终拴住了他的心并延长了他的生命历程。