傅斯年在台湾大学的改革使一部分人为之叫好欢呼的同时，也触及了许多人的利益，令这些人极为不快和恼怒。当时台大师生及其反对国民党腐败无能、以权谋私等令人激愤的丑行，学潮一浪高过一浪，而傅斯年的对立面则借学潮运动趁机发难，有国民党政客在报纸上发表致傅斯年的公开信，指责台湾大学优容共产党，并指名道姓地说法学院院长萨孟武“参共亲共”，某某院长、系主任是“共产党分子或参共分子，他们把持院系，排除异己”，把各院系变成培植亲共势力的温床等。
其实，傅斯年对台大师生特别是台湾土著反蒋倒蒋活动一直深恶痛绝，对学生中有真凭实据的共产党人亦不宽容，每有发现均严惩不贷，其态度与他处理西南联大学潮时并无二致。
当时国共之战进入白热化，在社会各阶层极端混乱的情形下，有些学潮的发生可能有中共人员或职业学生暗中鼓动，有的或许是由其他一般事件引起的，因而当局与学校甄别起来极为困难。
史语所研究员芮逸夫，曾在致傅斯年的密信中说：“赤色学生的问题，确实需要特别注意。政府秘书长浦逖生对台大的看法，就是先求安定，再图发展。”
当傅斯年接管台大后，大体是按照浦逖生的路数走了下来，只是具体行动过程中的场面，要比浦逖生想象的激烈、惊悚、动人得多，而台大甚至整个台湾社会得以安静的时间也比预期短得多。当然，这个结果首先取决于军事上的保证。
对此，王世杰于傅斯年去世后很有感触地回忆说：1949年，大陆撤守，国民党政府迁移台湾，一时人心惶惶，都以为国民党政府的战斗力已失，没有希望了！当时从台北到新竹，甚至有反对蒋先生的标语出现，而“国防部”的次长，居然是一个“匪谍”。在此危急之秋，国民党政府能在台湾站稳脚跟，有两个重大事件不可不提。一是国民党军在金门前线古宁头之战和舟山群岛登步岛之战，双双告捷，解放军进攻势头被遏制，台湾军事情势乃得以稳定。这个稳定也令国民党军付出了伤亡惨重的代价。“当舟山的情势十分危急之时，面对共军即将大举进攻，当地军事指挥官于夜间电话请示，称在众寡悬殊，弹药不继，情势极端不利的情况下，国军将何以自处？究竟是抵抗还是不抵抗？”当时任国民党东南军政长官的陈诚愤然表示：“我们现在还有什么问的！还有什么选择！就只剩下台湾一省和东南沿海的几个小岛，而这些小岛正是台湾的屏障，倘若再守不住，通通完了，退此一步，就会死无葬身之地！还说什么抵抗不抵抗！”他拿起电话就说：“你们给我打至最后一人！如果有不听命令的，就军法处置！”国民党军在哀兵的情况下，在步登岛打了一场大胜仗，这一仗与古宁头之役，解除了台湾被围的军事危机。第二是在后方即台湾岛上，“由于左派共党学生渗透到各学校，鼓动风潮，造成社会不安。在金门和舟山两次军事胜利之后，陈辞修将军就采取行动，清除这些制造风潮的左派分子，他得到傅斯年的充分合作，从各学校搜捕了一千多名共党学生，用船遣往大陆。这些坏分子一去，台湾内部社会乃趋于安定。”
尽管傅斯年对左派特别是对潜伏于校园鼓动学潮的共产党分子极端厌恶与敌视，但他同时认为，如没有真凭实据，当局不能肆意进入校园在师生中搜查共产党，更坚决反对随意指责他人为共产党。
当年西南联大爆发学潮并闹出了人命，傅斯年在致俞大綵的信中说：“学校内部有好些事不像话”，“地方当局更是荒谬绝伦，李宗黄该杀，邱清泉该杀”等等，这便是他处事原则。
缘于这一指导思想，当傅斯年读了报上对台湾大学师生的指责后，既恼又怒，毫不顾忌地开骂起来，而后采取以牙还牙的战略进攻态势，在报上两次发表措辞强硬的檄文予以反击，文中疾呼：“学校不兼警察任务”，“我不是警察，也不兼办特工”。又说：“若当局有真凭实据说某人是共产党，我将依法查办，但是我办理这种事，绝不能含糊其词，血口喷人。”最后愤然声明道：“贪官污吏及其他既得利益阶级而把事情办坏了的，我不能引以为同志。”其声色俱厉与咄咄逼人的态势，令对方不得不暂时退却，伺机而动。
1949年4月，在解放军发起渡江战役的前夜，台岛暗流涌动，一股看不见的力量蓄势待发，欲与海峡对岸紧密配合，彻底击溃蒋家王朝。当时傅斯年执掌台大不到三个月，便发生了著名的“四六学潮”，警备司令部与当地警察于夜间冲进台大校园，大肆拘捕涉“匪谍”案的学生，有72名学生被捕获押走。
傅斯年是在睡梦中被电话叫醒的，他对当局不经法律程序径行闯入校园随意逮捕学生极度不满，匆匆带着秘书那廉君驱车赶往台湾警备司令部，当面与蒋介石迁台后最信任的得力干将，时任副总司令的彭孟缉中将交涉，当场提出三个条件：第一，速办速决；第二，军警不能开枪，避免流血事件；第三，被捕的学生先送法院，受冤者，尽速释放。
临走时，傅斯年再度对彭孟缉警告道：“我有一个请求，你今天晚上驱离学生时，不能流血，若有学生流血，我要跟你拼命！”向来不把其他国民党将领放在眼里的彭孟缉被傅斯年的凛然正气所震撼，又见傅斯年半挥着紧握的拳头，好似想借机揍他一顿的凶悍之相，遂不敢造次，立即双脚并立，挺直腰板和脖颈，如同在老校长蒋介石面前接受训谕一样高声答道：“若有人流血，我便自杀！”
傅斯年见对方态度还算诚恳，这才将握紧的拳头松开，冲彭孟缉友好地点点头，大手一挥，晃动肥胖的躯体大步走出警备司令部。
在傅斯年的努力下，没过多久，台大被捕的学生多数放回，而与台大共同闹事的师范学院不但有近百名学生被送进监狱，还有七名学生以“反革命”罪名被枪杀。事件过后，省立台湾师院受到了停课整顿，师生重新登记并接受军训、校园戒严等惩处。而国立台湾大学虽受到波及，但比师院要好得多，这都得益于傅斯年竭力庇护、斡旋之功。
许多年后，台湾师大师生还就这次事件与台大相比，并大骂当年的学校领导者软弱无能，活活葬送了学生的性命，实乃千古罪人，而对傅斯年则夸赞不绝，称他是真正的校长和顶天立地的大丈夫。
军警方面的交涉暂时告一段落，学校师生的安抚工作必须立即进行。傅斯年返校后召开行政会议，向各位主管与各会负责人报告接洽交涉经过，并迅速刊登布告说明情况。随后三天，每天发一布告，向师生们通告事情的进展，并希望大家能体谅学校当前的困境，维持镇定，照常上课。
由于傅斯年在营救学生中的大义凛然，多数无罪与无辜者被释放，风潮迅速平息，校园恢复正常状态。自此，大规模学潮不复再现，但仍有师生涉案被捕事件发生，傅斯年总是一如既往地挺身而出，或亲自到侦讯部门交涉，或函请军警当局释放无辜的教师与学生。许多蒙冤入狱而得到傅斯年关照并成功营救的师生，感动地流下了热泪，并表示对校长的恩情“至死不忘”。
1950年新生入学考试，国文卷由傅斯年亲自命题，其中最重要的一题摘自《孟子·滕文公下》中一段：
居天下之广居，立天下之正位，行天下之大道。得志，与民由之；不得志，独行其道。富贵不能**，贫贱不能移，威武不能屈，此之谓大丈夫。
此题可视作傅斯年赴台后“虽千万人吾往矣”的心志独白，也是对台大学生在精神层面上的殷切寄望。
这年的1月，风浪再起，校内外传言傅斯年即将辞职，一时人心浮动，还有人趁机插足捣乱。针对这一有害台大前途和本人形象的暗流，傅斯年于1月23日撰写了《致台大同事同学》的公开信，澄清了谣言，并在信中表示，值此困难之时，决不辞职，决不迁就，会更加努力为学校之进步而奋斗！
傅斯年立志要把台大建设成一个达到世界水准的学府，但世事纷乱与劳累过度，导致傅斯年血压骤然升高，彻底倒了下去。
傅斯年的生命进入了倒计时。