傅斯年立志要把台湾大学建设成一个能达到世界水准的学府，但世事纷乱与劳累过度，让他的健康每况愈下。
1950年的夏天，傅斯年身患胆结石，不得不到医院做手术。出院时医生劝他至少要在家中休养一星期，但台大的事务纷乱如麻，根本无法办到。对此，朱家骅曾十分伤感的回忆道：“在孟真去世的前几天，闲谈之中，他忽然对我说：你把我害苦了，台大的事真是多，我吃不消，恐怕我的命得断送在台大了。’当时我只以为他是因感觉办事的辛苦，才这样说的。不想数日之后。。。。。。”
像冥冥中有一种定数，傅斯年于心力交瘁中，生命的步伐戛然而止，一头扎进了烟雨迷蒙的黄泉古道。对此，俞大綵有一段深情的回忆，她说：“1950年十二月十九日，他去世的前夕，是一个寒冷的冬夜，我为他在小书室中升炭盆取暖。他穿着一件厚棉袍伏案写作。我坐在对面，缝补他的衣袜。因为他次日要参加两个会议，我催他早些休息，他搁下笔抬头对我说，他正在为董作宾先生刊行的《大陆杂志》赶写文章，想急于拿到稿费，做一条棉裤。他又说，你不对我哭穷，我也深知你的困苦，稿费到手后，你快去买几尺粗布，一捆棉花，为我缝一条棉裤，我的腿怕冷，西装裤太薄，不足以御寒。”
傅斯年说到这里，俞大綵一阵心碎。尽管当时台湾的经济状况极度混乱糟糕，但比起抗战时期在昆明和李庄总要好一些，傅斯年作为当时台湾岛内唯一一所大学的校长兼“中研院”史语所所长，一般人觉得他不该再像李庄时代那样贫穷了，殊不知当时傅斯年领的只有台大的一份薪水，儿子傅仁轨仍在美国读书，他和时任台大英语系副教授的夫人俞大綵两个人的收入，仅能维持最低限度的生活。此前傅斯年拿到一笔报刊文章的稿费，想托卫生署的官员刘瑞恒出差到香港时买一套现成的西服，但把稿费和家里的存款加起来也只能买一件上衣。傅斯年只好说：“幸而我还有没破的裤子。”
在这个暗伏不祥之兆的冬夜，正当俞大綵为家穷苦的生活黯然神伤时，傅斯年起身满脸疲倦地打了个哈欠，他突然指着壁上的书架说：“这些书，还有存于史语所一房间的书，我死后留给儿子。我要请董作宾先生制一颗图章，上面刻‘孟真遗子之书’。”言毕，他长叹一声，一反常态地对俞大綵说道：“你嫁给我这个穷书生，十多年来，没有过几天舒服的日子，而我死后，竟无半文钱留给你们母子，我对不起你们。”
俞大綵听到这里，心里涌起不祥的预感。第二天上午，傅斯年出席由蒋梦麟召集的“农复会”，下午2时又赶赴省“议会厅”，参加参议会。
下午会议开始后，“参议员”郭国基突然蹦起来质询有关台大的问题。
郭国基是台湾省屏东人，生于1900年，曾留学日本。此人好勇斗狠，一生的理想追求就是造反起事，等到局势大乱后再由他出面来个“天下大治”。在日本留学时，郭国基就开始率领一帮乌合之众与流氓无产者，打起“苍天已死，国基当立”的大旗或明或暗地闹将起来。等到抗战胜利后，他对国民政府派员接收台湾极不甘心，再度纠集一批流氓恶棍，对大陆赴台军政官员做一些极尽丑化、污蔑之事，因此被捕入狱。后来，随着国民党新政策的到来，郭国基才能离开监狱。结果没过多久，他竟然鲤鱼跳龙门，一跃成为具有正义化身的台湾省“参议会”的“议员”和“立法委员”。
坐上政府大员专用木头皮椅的郭国基，大有小人得志的做派，无论在什么场合，总是难以收敛流氓无产者的本性，胡乱发一些火药味甚浓的长篇宏论，气焰凶妄，举止轻狂，江湖上人送外号“郭大炮”。
意想不到的是，作为台大校长的傅斯年竟与这样一个流氓恶棍在“议会”大厅相遇了。
据在场者事后透露，郭国基的发难主要是针对国民党“教育部”从大陆抢运来台并存放于台湾大学的器材如何处理，以及放宽台大招生尺度等问题。此事看起来简单，而又十分敏感、复杂、棘手。如台大的招生尺度已尽量放宽，招生人数已达最大限度，但各界仍不满意，特别是郭国基辈纠集部分失意政客，以各种方式和手段向学校施加压力，惹得傅斯年极其恼火愤怒。
面对郭国基的质询，傅斯年不得不第二次登台讲话。在回答完上述两个问题之后，郭国基又提出台湾大学用的是台湾人的钱，就应该多聘台湾教授，多录取台湾本地学生，否则便是与台湾人民作对云云。
傅斯年针对郭国基的无知狂妄，开始予以反击，在讲台上大谈其办学的原则、规矩、计划与理想等，并称台大考试对台湾学生已尽量照顾，考虑到台湾学生的国语水平较差，在录取时专门规定国文科分数比大陆学生降低10分录取等。
傅斯年讲着讲着情绪激动起来，他说道：“奖学金制度，不应废止，对于那些资质好、肯用功的学生，仅仅因为没有钱而不能就学的青年，我是万分同情的，我不能把他们摒弃于校门之外。”最后他高声说道：“我们办学，应该先替学生解决困难，使他们有安定的生活环境，然后再要求他们用心勤学。如果我们不先替他们解决困难，不让他们有求学的安定环境，却只要求他们用功读书，那是不近人情的……”
讲完话后，傅斯年满含怨气地走下讲台。就在即将回到座位时，他突然脸色苍白，步履踉跄，坐在台下的陈雪屏见状，赶紧上前搀扶，傅斯年只说了一句：“不好！”便倒在陈雪屏怀中昏厥过去。
离得较近的“议员”刘传来赶紧跑上前来，把傅斯年扶到列席人员的座席上，让其躺下，顺便拿陈雪屏的皮包做了枕头。从此傅斯年进入昏迷状态，再也没有醒来。
大约6时30分，台大附属医院院长魏火曜，台大医学院代院长叶曙、副教授王大杰亦赶到会场。经王大杰诊断，傅斯年得了脑出血，当即采取急救措施。等到7时30分左右，王世杰、罗家伦、朱家骅等政界要人，以及学术界人士李济、董作宾、毛子水等纷纷赶来探视病情。
蒋介石闻讯后，立即指令陈诚动员台湾所有名医，不惜代价抢救傅斯年的生命，并要陈诚每过半个小时打一次电话向自己报告傅斯年的病情。
此时，病**的傅斯年一动不动，西装已被剪开，头部堆满了冰块，医生、护士跑前跑后紧张地忙碌着。满脸焦虑之色的陈诚在会议室来回踱步，周围站立的一圈党政要人均不敢坐下，同样满脸焦虑、神态凝重地观望着来自病室的风吹草动。
晚上11时23分，仰躺着的傅斯年突然睁开了眼睛，床前众人惊喜交加，以为傅斯年终于醒了过来。医师急忙走过来按了按脉，抬手合上了傅斯年的眼皮，然后一声不吭地退后低下了头。这时众人才真正地顿悟——傅斯年走了，就此与大家永别。
第二天，台湾省“议会副议长”李万居召开记者招待会，宣布台大傅斯年校长于20日夜“弃世”。李万居乃台湾本地人，国语水平极差，有记者误把“弃世”听成“气死”。于是马上传出消息，说傅斯年参加省“议会”，被“参议员”郭国基活活气死于讲台上。当天台湾报界刊发消息，称“郭大炮”与“傅大炮”两门大炮不幸交火，“大炮议员郭国基骂倒傅斯年，傅斯年绝命身亡”。
10月21日，台湾大学宣布停课一天，悼念傅校长，并下半旗致哀，由各院系学生代表联合会组织学生排队前往极乐殡仪馆致唁。当学生们听说傅斯年是被郭国基活活气死的消息后，心中的悲痛立即转成愤怒，纷纷冲出灵堂，打着“失我良师”的白色横幅，向省“议会厅”涌去。郭国基隔着门缝看到学生们包围了“参议会”大厅，立即意识到事情严重，怕遭到对方的群殴与痛击，急忙溜出后门，像老鼠一样逃窜了。
“副议长”李万居一看郭国基溜了，万般无奈中，只得硬着头皮出面向学生解释，说郭国基昨天提出的质询没有伤害傅校长处，言辞也不过分等，但学生们坚持要郭国基出来答话。
人越聚越多，有人喊出“杀郭国基为傅校长报仇雪恨”等口号，开始冲撞“议会”大厅，局面异常紧张，台北市警察局长亲临现场指挥大批警察维持秩序。
此时阴风顿起，大雨骤降，风雨交织中现场更加混乱，愤怒的学生始终不肯离去，继续冲击“议会”大厅，并与警察发生肢体冲突。直至下午1时20分，台湾大学训导长傅启学冒雨赶来，向群情激愤的学生说：“我跟傅校长在北大时就是好朋友，我到台大也是由于傅校长让我来的，这次出事我也十分愤慨。但是郭国基在议会里所问的，都是些没有常识的问题。傅校长是学术界第一流的人物，拿他和一个毫无常识的参议员是不能相比的。今天大家到这里来，是出于对傅校长的敬爱，假如他在世的话，一定不愿大家这样做。如果今天诸位同学出了事，叫我如何对得起地下的傅校长？我们回去吧！”
言毕，傅启学已是泪流满面。学生们见状，悲从中来，同声哭泣，泪水和着雨水在整个“议会”大厦前漫延流淌。可惜傅斯年再也不能为他们遮风挡雨了。
傅斯年走了，怀着对学生的爱，对教育事业的执着追求走了。纵观他的一生，正如同陈寅恪所言的“独立之精神，自由之思想”，作为一名学者，他发展了史语所，推广了考古研究；作为一名教育家，他一生没有离开教育界，先后为北京大学和台湾大学的建设做出了非常多的贡献。54岁的人生虽然短暂，但是都献给了苦难的中国人民，在他的身上体现了中国文人的高风亮节，忧国忧民，以及报效国家的忠诚。所以，他的学术成就和他的精神，都将永远留在了世上，影响一代又一代的人。