伴随着王国维逝世与梁启超病重，国学研究院到了生死存亡的紧要关头。而此时，华夏大地上也硝烟弥漫，国民党领导的北伐大军即将横扫北方，以奉系为主体的北洋军阀败局已现，整座京城都陷入扰攘骚乱之中。
为了清华学校以及师生的前途考虑，1927年7月13日晚，梅贻琦、叶企孙、吴宓等七人召开清华善后会议，公推梅贻琦在适当的时候赴宁沪视察接洽，并向相关政要陈述意见，已求得清华经济及教育行政的独立。然而，所有人都清楚，想在乱世中保持一方净土，谈何容易？所以，吴宓在当天的日记中叹道：“世乱侵逼，学校行将瓦解，不得久居，益恋此间之安适矣。”
眼见天下大乱，清华园即将分崩离析，留美预备部高三、高二的学生也开始躁动不安，生怕政局纷乱、学校瓦解后，自己的放洋之梦化为泡影，为了自身利益考虑，他们密谋于暑假后提前出洋留学，因为此件事涉及到派系之争，因此得到了校长曹云祥的暗许。
正当高三，高二的学生沾沾自喜，以为此事十拿九稳时，却遭到大学部学生的强烈反对，并且再次引发清华园的风潮。
大学部学生认为，预备班二届学生提前出洋，势必要花费清华拟定只有毕业班才可享受的庚款，如果让这一批人把拨付清华的有数且有计划支出的钱款提前弄走，清华经济就会陷入拮据，这将损害自己的利益，于是群起反对，竭力阻击。
双方针锋相对，寸步不让，最终演变成以曹云祥为首的拥护派，以及与梅贻琦为首的反对派的公开对决。
7月16日，梅贻琦以罕见的姿态出头露面，于西长安街长安春菜馆邀请清华反对派教授午宴。席间，众人表示绝不能同曹校长一派同流合污或袖手旁观，必须表示态度，主张是非。
得到众人的支持，第二天梅贻琦以评议会名义请曹云祥回校质询详情，并商请取消此案，如果曹云祥不同意，就以“兵谏之法”将他擒获。
当晚8点半，教授谈话会于清华园后工字厅召开，曹云祥准时到会。面对梅贻琦等人的质问，曹云祥支支吾吾，始终不肯正面答复。会议一直拖到晚上十一点，一直密切关注评议会动态的高三、高二级学生，知道事情朝着不利于自己的方向发展，在一头目的引领下，三四十人悄然将会议室包围，环伺窗外静听各评议员发言。
在即将表决结果时，一名叫何义均的学生代表突然破门而入，径直闯入会场陈述出洋理由，多数教授对这一无礼做法表示出极大的厌恶与愤慨。
面对教授们的愤怒，何义均放低姿态，以恳求的态度表示明天会以文字形式详细说明，请今晚暂勿议决。曹云祥见状，连忙顺坡下驴宣布散会，以获得片刻的喘息。
第二天上午10点，评议会继续进行，正当众人准备表决时，会议却再次被旧制学生粗鲁地打断，学生代表张汇文，王季高等人堵住了门口，并出言恐吓，威胁众人就范。
望着学生们魁梧的身材和脸上的煞气，评论员们知道一时不能脱身，只能继续静坐讨论，但最终讨论出的议案三条，还是让这些旧制学生失望了。
议案以通告的形式公布，内容如下：
（一）按照校章及为学校前途考虑，旧制高三、高二级不应提前出洋。
（二）校章所定旧制高三、高二级毕业留美的权利，校方应积极保障。
（三）旧制及新大学学生，应互相爱敬，融和无间。不宜以此次事故而稍存芥蒂。
当日下午，由吴宓缮写公函，把上述三条决定送清华学校董事会，同时将油印决议公告投登《大公报》等五家报馆公之于众，以阻断曹云祥的暗箱操作，并压制高三、高二学生的气焰。
7月19日，清华旧制高三、高二级学生读了报纸上的消息后勃然大怒，四处寻找梅贻琦与诸评议员准备施以报复。
首先倒霉的是吴宓，当天下午1时，高三级学生曹希文就冲进他的宿舍，这名学生向来以脾气暴躁，性情古怪著称，见到吴宓后更是情绪激动，破口大骂，声称二人已经结下不共戴天之仇，今天愿意牺牲自己，手刃吴宓，为同级学生报仇。
吴宓惊恐万分，一面辩解，一面抚慰，好不容易才让曹希文的情绪稍稍稳定，但是没想到曹希文刚刚离开这里，转头就手持刀剪将另一名评议员叶企孙堵在物理研究室长达六个小时之久。
消息传出，数位评议员都逃往城中躲避，校内旧制生与大学部学生各自依靠支持的教授展开攻伐混斗，一时相持不下。
外交部在清华教授倒逼与社会舆论的压力下，不得不出面表示态度，邀约清华全体评议员会谈。
8月1日，包括曹云祥、梅贻琦在内的众人如约而至，清华董事会三巨头与董事会书记顾泰来也一同被邀出席。
会议开始，曹云祥首先代表清华同人发言，对旧制生为什么会突然提出提前出洋，以及自己的态度等问题加以陈述，然而内容却含糊其词，避重就轻。
在场的评议员们对曹云祥的这番表现都感到惊讶与愤怒，因为在他冗长又繁琐的发言中，竟然对教授会和评议会的态度与决议只字未提，都到这个时候了，还想粉饰太平，简直又可笑又可恨。
与曹云祥相比，梅贻琦的发言言简意赅，核心思想只有二条：
一、此事应该听外交部裁断；
二、评议会作为规定清华教育方针、制定校内各种制度和审定财务、行政之权的最高权力机关，已于7月18日对此事件形成三条决议案并报董事会与外交部，现仍以此为根据，持此不变。
梅贻琦以无所畏惧的态度感染了众人，董事会书记顾泰来也忍不住站在了清华评议会一边慷慨陈词，痛斥旧制生的野蛮无礼，并暗指曹云祥从中虚玩阴谋，致使风潮一发而不可收。
当梅贻琦代表评议会，要求外交部代表吴晋就此事尽快给出答复时，吴晋却意味深长地说了一句：今日，听了众位的发言，我们外交部才知道此事是学生自己的主张，而不是校方的决定。所以，我们还需要重新调查。
这真是一语惊醒梦中人，在场的评议员这才恍然大悟，原来曹云祥对外交部报告时，一直言称此举是学校当局与董事会做出的决议。难怪旧制生一直嚣张跋扈，坚称此次全部放洋是获得了学校当局与董事会的允准，原来是曹云祥在中间做了手脚，玩了暗招所致。
曹云祥此举令梅贻琦颇为生气，自他出任教务处主任后，为了限制自己的职权，曹云祥做了很多小动作，这次竟然暗中鼓动学生引爆了风潮，此种行为超出了梅贻琦的底线，为了维护学校的秩序，他决定与曹云祥抗争到底。
8月5日，外交部批令送达清华园，大意是：不送旧制生出洋，命校长调查学生实情，切实查复核办。
曹云祥接到命令后，却瞒着梅贻琦径自提笔呈复外交部，请求于本年秋季送高三级出洋，明年再送高二级出洋。
回复完毕后，曹云祥也知道此举势必会引来梅贻琦的反对，于是悄然乘车离校赴西山，躲进一个庄园别墅不再露面。
果然，第二天当梅贻琦从一机密渠道得知曹云祥的批示消息后，颇为恼火，又知他已躲入西山某处，就修书一封派人送往曹云祥的住处，声明自己与评议会委员绝不赞成此种办法，敦请曹云祥速速返校召开评议会，以彰公道。
曹云祥接到信函后，却没做任何表示，当然人也没有露面。梅贻琦于盛怒中，一改往常的谨慎、温和态度，当即分电在校和进城的评议会委员，请大家速回本校，共商应对之策。
8月7日上午，梅贻琦等人在南院一号赵元任居处聚会，到会评议员有戴超、杨光弼、吴宓、赵元任、陈福田、赵学海，共六人。面对曹云祥的任意妄为和冥顽不灵，众人义愤填膺，梅贻琦也痛下决心，提出要辞去教务长一职，以示与曹云祥势不两立。
至此，早已心存芥蒂、面和心不和的曹、梅二人，正式宣布决裂。
躲在西山的曹云祥接到辞职信后，知道大事不妙，立刻让秘书王绍曾打电话通知梅贻琦与吴宓等评议员，于8月12日上午10时到其官邸谈话，商议旧制生出洋问题。然而，这一次却轮到梅贻琦避而不见，直到外交部下达了正式命令，驳回清华旧制生高三、高二级提前放洋的请求，梅贻琦等人才返回学校。
此时大局已定，曹云祥已无转圜、舞弊甚而翻盘的余地，只能听命于外交部，于8月15日下午3点，召开全校教授会议，当众报告旧制生高三、高二级出洋的经过，同时印发外交部训令。会上，众教授纷纷表示意见，曹云祥大受指责。讨论结果，当场通过决议案，以后校长应遵守《组织大纲》，重要事件必须经过评议会正式决议后，按照执行。曹云祥当场表示“引咎屈服”。
梅贻琦等人赢得了这场对决的胜利，于是全体复职，一如往常参与并决定校内事务。旧制学生闻讯，虽感不满兼含激愤，但靠山已倒，大势已去，只能听命于外交部的训令，一场风波就此平息。
1927年12月28日，曹云祥向外交部递交了辞呈，而梅贻琦将在血与火交融的大时代里，默默等待凤凰涅槃、浴火重生的时机。