在清华风雨飘摇之际，梅贻琦临危受命，成为新一任清华校长。
有道是三年不飞，一飞冲天；三年不鸣，一鸣惊人。梅贻琦在海外悄然无声地蛰伏、隐忍了三年之后，终于迎来了展翅腾飞、一鸣惊人的历史契机。
1931年，梅贻琦42岁，正值年富力强的黄金时期，回顾往昔岁月，清华园风云变幻，多少英雄才俊在此聚首，又走马灯一样的离别散去。历史的风云聚会，终于把他推向了校长的位子。
既然历史在前行的一个夹缝中选择了梅贻琦，他自当责无旁贷地承担起历史赋予自己的使命。然而，重返清华、在地位上今非昔比的梅贻琦，面对的第一件事就是“校长治校”还是“教授治校”，这个选择是关系着他本人以及清华前途命运的根本问题。
遥想1926年4月，《清华学校组织大纲》出台时，有过这样的几条规定——
（一）本校设评议会，以校长、教务长及教授会互选之评议员七人组织之。校长为当然主席。
（二）本校设教授会，以全体教授及行政部各主任组织之。由校长为主席，教务长为副主席。其职权为选举评议会及教务长。
（三）本校设教务长一人，综理全校教务。由教授会选举之，任期二年等等。
就是在这一年，37岁的梅贻琦众望所归，被教授会选举为教务长，一跃跻身清华高层之列，成为清华园师生瞩目的海归教授集团的中坚人物。可惜好景不长，罗家伦执掌清华权柄，《组织大纲》被视为敝履弃于垃圾堆，代之而兴的是另一套校长专权、任人唯亲的方式方法，如此倒行逆施，终于引爆了院长聘任问题与教授会发生冲突，直到引发学潮，罗家伦挂冠出校。
罗家伦灰头土脸地离去，南京国民政府加强了对清华的打压与控制。1929年6月12日，教育部在1928年9月颁布《条例》的基础上，再度修订通过并颁布了更加严密、详细的《国立清华大学规程》，其中不仅明确规定了国立大学校长职务必须由教育部部长提请国民政府任命，而且使校长的权力比罗家伦时代更加宽泛广大，所有的人事大权几乎全部操控在校长一人手中。
名目繁多的《条例》和《规程》相继出笼，但清华的自由主义传统依旧，而国民党派系打入清华阴谋的强势张扬，反而引起了广大师生的戒心与厌恶，并希望以校内学生自主的口号，来对抗校外政治控制，因此展开了更加激烈的清华自由主义派与政府当局连同政治威权的对抗和缠斗。
到了吴南轩校长时代，“教授治校”与“校长专权”的冲突进一步加剧，吴南轩强硬地坚持教务长、院长等必须按照政府法令、法规由校长全权任命，宣称过去由教授会推荐再由校长任命的做法不合法，坚决不予承认。其结果就是导致教授会与师生合力抵制，吴南轩及其亲信干将在仓皇避入东交民巷饭店后，被迫全体去职。
当然，吴南轩是不服气的，在“离平宣言”中，他说：“教授治校，原有可取之处。不过精义在于集中治学方面，养成纯粹研究学术的精神，不在领导学生，干涉校政，以成为推倒他人的工具，造成‘学生治校’、‘校长不治校’和‘教授不治学’的风气”。
当此之时，除了吴南轩本人奋力呼号，另有一些善于搬弄权术者，包括时任国立北京大学校长的蒋梦麟，也公开叫嚣和赞成吴南轩的观点与做法，宣称：“校长治校，教授治学。”
这一点在清华法学院院长陈岱孙看来，蒋梦麟这个主张“其实也无可厚非，如果校长能真正把校治起来，广大的教师是不愿多管闲事的。但在动**的三十年代，至少在清华，是不具备这个条件的”。
梅贻琦回国前，由于罗家伦、吴南轩等政客校长的政治势力，以及企图夺取教育机构控制权的阴谋，使清华教授们感觉到，为维护教育的民主自由，以某种形式组合起来的校内民主、自由领导体制是十分必要，且迫在眉睫的。这就促进了清华校内领导体制在“校务委员会议暂行维持校务”期间的迅速发展和确立。
1930年至1931年间，这一体制迅速形成，它的组织构成分别是教授会、评议会和校务会议。理论上说，教授会对校务有绝对的支配权，其作用则是通过评议会具体表现和实施的。
梅贻琦奉命重返清华园，面临的正是一个校长仅处于维持地位，或曰完全没有校长的情形之下，教授们共同努力发展起来的一个新形领导体制的局面。
摆在新科校长梅贻琦面前有两个选择：一是祭出政府法令和最高领袖蒋介石钦定的《规程》，施行政府明令授予的“校长治校”大权，依法强势组阁与处置校务；二是尊重清华传统和师生意愿，把“教授治校”精神发扬光大。最终，梅贻琦选择了后者，并予以协助把它巩固下去——尽管这个选择明显地削弱了他个人独断的权力。
对于这一抉择的心理活动，梅贻琦没有留下只言片语，外人不得而知。但大体而言，与梅贻琦的性格、德智以及对世局的权衡分不开，或许就像陈岱孙的推理一样：“在出国任留学生监督之前，梅贻琦一直是清华的教授，从感情上和对教育的基本观点上来说，他和广大教师们是一致的。他平易近人，作风民主，学校大事率多征询教师意见，这也和他谦虚平和的性格有关。他似和政治无缘，在他就任校长后头几年，连一个挂名的国民党员也不是。在南京他也没有政治资本，没有人事渊源。他只有和全校教师们一起才能发挥他的作用。在清华教师中，许多人是他过去的学生或后辈，他们对他是尊敬的，保留清华这一块‘净土’，是他和全体教师的共同愿望。一个以教育学术民主自由为号召的校内管理体制，在抵抗和缓和外部政治派系势力的侵入和控制上也许能起到作用。”
陈岱孙的分析不见得是梅贻琦所想的全部，但至少有一部分是可以相信的。梅贻琦对这一体制具体扶植的措施，是抛开南京政府教育部制定的校长总揽人事大权的《规程》，重新按1926年梅贻琦本人被选为教务长时代，由清华教授会制定的《组织大纲》行事的，即：评议会为最高权力机关，教授会担任制衡角色，校长为“王帽”，三者相互制衡监督。
在这之前和之后的梅贻琦，一直把自己当作京戏中王冠整齐、仪仗森严、端坐正中，其实并没多少戏份和唱段的“王帽”看待，这是自谦，但也说明了他看待自己身份的态度和治校理念。
梅贻琦当上校长后，不但采取“教授治校”的方针，且再次重申：校务依循民主制度运作，开会时必须要有提案，然后才能进行讨论与表决。凡与会者均有提案权与自由发言权，经过多数赞成之后，才能作为会议的议决案。这样的议决案才算是代表多数的意见，少数人自然就无计可施。
梅贻琦是聪明且有大智慧的，“教授治校”在清华的实施，不但没有削弱梅贻琦作为校长的权力和地位，反而有益于他地位的稳定与校内风潮平息。
素有“国师”之志且行之于身的冯友兰，晚年曾说过这样一段话：“实际上，如果校长善于运用，他不但可以不招致教授会的反对，而且可以使教授会转化为自己的工具。前北大校长蒋梦麟从经验中得到一个规律。照他说：在一个大学中，校长、教授、学生是三种势力。如果三者之中，有两种联合起来，反对其余一种，一种必然失败。梅贻琦跟教授相处很好，常称：大学者，有大师之谓也；校长的职务是率领职员为教授服务。在这种运用中，他其实掌握了大权，并且在学校有事的时候，教授会总是帮他的忙。后来的几次学生运动中，教授会总是跟校长在一边。按当时校长和教授的阶级性说，这是必然的。”
冯友兰的评论，可谓一针见血，真正戳到了点子上，正因为校长是教授会、评议会、校务会议的主席，在会上梅贻琦总是倾听群众的意见，而与会的成员也十分尊重他的意见。于是，学校的许多危机化为无形，许多难关亦平安渡过。
对此，清华校友赵访熊有过切身体会，他说：“我1933年回清华任教时，梅贻琦担任校长已经两年了。那时清华民主气氛盛行，学校的各种事情，例如分房等等，都设有委员会，记得全校有34个委员会。1936年至1937年，我就身在17个委员会中，为什么呢？因为我是学数学的，梅先生说，把他放进去，算算什么的。”
赵访熊所说的34个委员会，皆由评议会所统筹，虽然清华评议会在行政上是重要的一环，学校比较大的支出，也须由评议会选出的会计加盖印章始为有效，但会计只佐助校长详为稽核而已，并不妨害校长的决策权。
正是因了这样宽广坦**的胸襟和为人处事的方式方法，才如历史系主任蒋廷黻所言：梅贻琦长校后，清华“在他的领导下不再是个政治皮球，步上了正轨”。