潘光旦就遭到了“救国会”部分学生的围攻。后来潘光旦被营救，梅贻琦于上午11时召集全体学生于大礼堂，以沉痛的心情予以训话，报告事件经过，随后以他特有的幽默风格告诫同学：“青年人做事要有正确的判断和考虑，盲从是可悲的。以血气之勇，不能担当大任的。尤其做事要有责任心。昨天早晨你们英雄式的演出，将人家派来的官长，吊了起来，你不讲理，人家更可不讲理，晚上来势太大，你们领头的人不听学校的劝告，出了事情可以规避，我做校长的是不能退避的。人家逼着要学生住宿的名单，我能不给吗？我只好很抱歉地给他一份去年的名单，我告诉他们的可能名字和住处不太准确。”
最后，梅贻琦恳切地说：“如果你们还要逞强称英雄的话，我会很为难。不过今后如果你们能信任学校的措施与领导，我当然负责保释所有被捕的同学，维护学术上的独立。”言毕，台下响起了热烈的掌声。
对这一事件，林从敏进一步解释说：“事实上潘教务长与学校当局没有将鼓推学运同学的名单交给军警特工人员。潘先生，特别是在抗战时期，倡言民主自由言行，不可能做出这种出卖同学之事。而梅师爱护学生如子弟，只有言教、身教，不会帮助他人来残害自己学生。在复校之后，他拒绝官方压力与要求，不解除吴晗教授聘约，以后甚至通知吴教授及早脱险离去，这才是梅师爱护学生的表现。”
因梅贻琦大礼堂训话和精神感召，清华学生顺利恢复上课，考试课目由各系负责进行。
梅贻琦“是一个很现实的人，他虽不从事实际政治，但他对政治上的潮流却认识得很清楚”——这是李济对梅贻琦的评价，也是梅贻琦本人的真实写照。只是，在正处于世纪裂变与风口浪尖上的清华，要想做一个合格的校长，或更进一步地做一个师生拥戴的校长，非有其他的本领与强项不可。
梅贻琦任校长之前，清华学生驱赶校长、逼迫教授已是家常便饭。他上任后不但没有被赶，反而在学生提出“打倒某某某”口号或标语时，后边还要缀上一句“拥护梅校长！”
对此，钱思亮深有感怀地说：梅贻琦于廿年接任校长，“那个时期清华校长连年更迭，学校很不稳定，校长很少有作得长久的，自从梅先生接长以后，就一直安定下来，就只这件事在教育史上已是不朽”。然而，当有人问梅贻琦有何秘诀令学生如此敬佩爱戴时，梅贻琦说：“大家倒这个，倒那个，就没有人愿意倒梅（霉）！”
因为倒霉的霉和梅贻琦的梅同音，所以他开了这样的一个玩笑，但玩笑归玩笑，这确实是梅贻琦引以为傲的地方。
梅贻琦所以赢得师生广泛敬重，自有他的过人之处。这个过人之处不是孙悟空上天入地的高超本领，也不是唐宗宋祖那样的雄才大略与阴谋算计，而是人类散发出的最优秀也最难得的成分——这便是爱。
这个爱的生发过程，按照清华校友傅任敢的说法：“由于梅贻琦接触了现代西方科学和教育方法，特别是他本人受过基督教的洗礼，在他的心灵深处又把这种古代思想道德赋予了新的含义，即教育的出发点和终极目标就是爱。这一点，梅贻琦一生奉行不渝，并且以自身的言行为教育界和整个社会树立了榜样。”
在谈到梅贻琦以爱惠泽学生与群伦时，傅任敢进一步阐释道：“说到梅校长的爱，做领袖的人有两种，一种使人慑服，一种使人悦服。毫无疑问的，教育工作者应该使人悦服，而不在乎使人慑服。因为教育的出发点是爱。梅校长的品性中具有这一点，他爱学校，所以把他一生献给了学校；他爱国家，所以在抗日时把他的女儿打发到远征军去；他爱同事，所以待人一视同仁，从无疾言厉色；他尤其爱青年，所以在每次的学潮中，他都以自己的力量掩护着青年的安全……我们只要想想，有多少人曾经爱护青年其名，出卖青年其实，或者爱护其名，放纵其实，我们便不能不深深地感到，我们要有根基深厚的爱，教育才有着落。”
有道是树欲静而风不止，刚刚平静下来的清华园，却在卢沟桥事变后，面临更大的浩劫。
1937年7月7日，卢沟桥事变爆发，第一声枪响之后，平津地区谣言四起，人心惶惶，各政府机关及工商界人士，于纷乱中开始纷纷撤离逃亡。而来不及逃亡或因特别情形而不能逃亡的各色人等，则在恐惧与焦灼的煎熬中苦苦等待与观望。
以北大、清华、南开、师大、燕京大学等著名高校为代表的教育界，同样显露出惊恐、慌乱之象，多数人心中暗暗祈祷并希望中国军队能赢得神助，尽快击退日军，以保住北平这座千年古城和延续着民族文化血脉的校园。
彼时，担任国防委员会委员长的蒋介石，接二连三向平津的宋哲元、秦德纯等拍发“固守勿退”的电令，同时邀请各界名流大腕火速赶往庐山牯岭，频频举行谈话会及国防参议会，共商救国图存大计。
北京大学校长蒋梦麟、文学院院长胡适，清华大学校长梅贻琦，天津南开大学校长张伯苓，中央大学校长罗家伦，中央研究院史语所所长傅斯年等一大批教育学术界要人应邀参加会议。
因远离平津，对战事进展讯息难辨真伪，而混乱时局伴着恐怖谣言，如同风中野火四处流窜。北大、清华、南开的蒋梦麟、梅贻琦、张伯苓等校长与教授闻讯坐卧不安，其情形正如梅贻琦所言：“当时，我已由庐山到京，因平津交通中断，无法北上，除与校中同人函电询商外，只能向京中各方探取消息，当我听到沙河激战，西苑被炸时，心中十分焦虑。因为清华园就在这两地之间，不知会被破坏到什么程度。而当我看到某日报纸上刊登出的有两百多名清华学生在门头沟附近被敌人屠杀的消息时，更为悲痛欲绝，幸亏事后证明了这是谣言，但当时的情绪可谓百转千回。”
正当滞留南京的各校校长与平津不知所措的师生，翘首期盼时局转危为安之际，7月27日却传来了守军战败、残部丢弃平津径自逃跑的噩耗。随后7月29日，北平沦陷。30日，天津陷落。