光绪皇帝对孙家鼐的建议，一直很重视。据统计，从五月十五日，任命他担任管学大臣以后，到八月初四日，光绪皇帝先后6次召见孙家鼐，商讨国是，这在当年，是极其罕见的。
对于孙家鼐的第一条建议，光绪皇帝当天降旨：“着孙家鼐传知康有为遵照”。后来，维新干将、湖南巡抚陈宝箴上了一份《奏请厘定学术折》，揭发康有为“其徒和之，持之愈坚，失之愈远，器然自命，号为康学，而民权平等之说炽矣。甚或呈其横议，几若不知有君臣父子之大防。”要求皇帝“饬下康有为将所著《孔子改制考》一书板本，自行销毁”。光绪皇帝让孙家鼐“详细阅看”，拿出处理意见。孙家鼐并没有借机落石下井，而是实事求是地提出了自己的建议：“康有为之为人不端，而才华尚富……愿皇上采其言，而徐察其人品心术。”⑴
对于第二条建议，光绪皇帝当天下了一道谕旨：“荣禄迅即饬令刷印一千部，克日送交军机处，毋稍迟延。”六月十四日（8月1日），又令将《校邠庐抗议》发各衙门加签。梁启超评论说：“皇上命群臣签注之，盖借此以验臣下之才识何如，并博采众论之意也。”事后，各部官员300多人对《校邠庐抗议》加注并予以不同程度的肯定。“戊戌收权事变”发生时，慈禧太后下令清理光绪皇帝宫中的新政档案，对孙家鼐请发《校邠庐抗议》的举动“深为不悦”，“闻慈谕诸大臣云：‘不意孙家鼐亦求新若此。’”（刘声木：《苌楚斋四笔》）
对于第三条建议，光绪皇帝当天又下了一道谕旨：“着（总署王大臣）奕劻、（礼部尚书）许应骙迅即查照办理。”六月初二（7月20日），奕劻、许应骙上了一道《请将地安门内马神庙空闲府第修葺作为大学堂之所折》，光绪皇帝当即批准。于是，大学堂基建工程正式上马。试想，如果当时没有采取“借”房办学的“计策”，而是按照先建房、后办学的常规创建京师大学堂，那么，八月六日（9月21日），“戊戌收权事变”发生时，可能还是房无一间、地无一垅，大学堂能否幸存，就是个很大的问号了。
可是，正在维新运动向前奋力推进的关键时刻，谁也没想，康梁派却“相煎何太急”，就在孙家鼐为维新大业连上“三策”之日，康有为探听到他所推荐的康党分子，一个也没入选孙家鼐的《拟保总办提调名单》，非常气愤，就“派梁（启超）见寿州（孙家鼐），谓：‘总教习必派康先生！’孙不应。康党大失望。”⑵但内阁中书汪大燮却认为：“大学堂孙相不用康、梁，康、梁亦必攻之，但攻不动耳。”⑶
康有为也不是个“善茬子”，经过精心谋划，他亲自导演的一出“窝里斗”闹剧。