第二次世界大战爆发，傅斯年意识到被困在香港的陈寅恪一家性命堪忧，于是强撑病体，接连发了三封加急电报告诉陈寅恪让他携家眷由香港转赴四川李庄，专任史语所研究员兼历史组主任一职。但此时陈寅恪家已经一贫如洗，连路费都没有。
傅斯年知道后便想方设法为他筹钱，但来回奔波几圈，都没有收获，最后不得不与西南联大的杨振声协商，先从北大文科研究所借了3000元以解燃眉之急。但是钱款还没寄到香港，通往桂林的路就被日军截断了，陈寅恪一家的情形越发令人忧心。
1941年12月7日，就在珍珠港事件爆发的同日上午8时30分，日军空袭英军守卫的香港，香港沦陷。
鉴于港岛被日军团团围住且即将沦陷的危局，重庆国民政府火速派出飞机抵达香港，接应、抢运在战前滞留在香港的政府要员与文化教育界著名人士。12月18日，国民政府派出的最后一架飞机抵达香港机场，此时整个港岛已在日军的控制之下，那些尚未来得及离港的政府要员和文化名人，已是大难临头，到了生死攸关的最后一刻。
按照国民政府教育部和中央研究院的提议，被傅斯年誉为“近三百年来一人而已”的国学大师陈寅恪，当之无愧地被排在了“抢运”之列，但当陈寅恪在兵荒马乱中携家带口匆忙赶到机场时，却被无情地挡在了圈外。
与陈寅恪一道被挡在圈外的还有国民党元老廖仲恺的夫人何香凝，国民政府监察院副院长许崇智，著名文化人士郭沫若、茅盾，同时还有中央研究院已故院长蔡元培的夫人等。阻挡者是蒋介石的姻亲、时任国民政府行政院副院长兼财政部部长孔祥熙的夫人宋霭龄、女儿、随从和豢养的一大批保镖。
当时素有“南天王”之称的国民党中央常委、陆军一级上将陈济棠，已抢先一步登上飞机。然而，孔家的二小姐、时常装扮成半男不女模样的孔令俊，竟把自己的一条宠物狗放在座位上，以阻止陈济棠入座。昔日不可一世的粤军统帅陈济棠见对方如此无理，当场对孔家无耻行径大加痛斥。想不到孔二小姐仗着几十名保镖如狼似虎，比这位一级上将更加凶悍骄狂。
双方僵持到最后，陈济棠的卫兵竟然全被孔二小姐下令强行缴械，陈济棠与夫人也一起被轰下了飞机舷梯。可怜这位昔日手握重兵、纵横疆场的“南天王”，竟因少带了几个保镖而遭此奇耻大辱，还差点儿把老命送掉。
重量级军阀陈济棠尚且如此，其他几十位党国大员、文化名流，面对如此骄悍的孔家主奴，更是无力登上飞机。所有人只能两眼冒火地看着飞机挪动笨重的躯体缓缓滑过跑道，在众人的痛骂与呼叫声中腾空而起，直插烟雾弥漫的天空。
颇具讽刺意味的是，就在孔家“恶少”把持的飞机抵达重庆机场时，国民党中央正在召开五届九中全会，为了抑制党内日甚一日的腐败行为，迎接世界性的反法西斯战争并早日取得对日作战的胜利，会议通过了一个名为《增进行政效能，厉行法制制度以修明政治》的决议案。
听到赴香港飞机返回的消息，参加会议的党国要员按捺不住心中兴奋，纷纷赶往机场迎接。然而，从飞机舷梯走下来的不是国民党中央常委陈济棠，也不是许崇智、何香凝，更不是陈寅恪、郭沫若或蔡元培的夫人，而是孔祥熙家的恶少连同携带的老妈子与洋狗、马桶和香料床板。见此情景，接机者一个个目瞪口呆。
当年著名的五四运动爆发时，北洋军阀及其一帮御用策士于盛怒中，曾指责新兴的士风为“洪水猛兽”。对此，“北大之父”蔡元培曾专门著文反击道：“不错，今日之士风，可以算是洪水，而今日之军阀，正是猛兽，即非用洪水淹此猛兽不可。”傅斯年还进一步著文补充道：“洪水过了，留下些好的肥土，猛兽却不见了。”
此时，正躺在李庄土炕上，强撑病体遥望西南云天的傅斯年没有想到，距离当年掀起的那场洪水巨浪已经过去了这么多年，而猛兽与猛兽的徒子徒孙们却依然如故地在大地上兴风作浪。假使死在港岛的蔡元培地下有知，面对孤苦伶仃沦落于港岛的夫人与陈寅恪等文化大师们，不知又会作何感想。
1941年12月22日，重庆《大公报》借题发挥，巧妙地披露香港沦陷之际，孔氏家族霸占逃难飞机的丑闻，同时揭开了外交部长郭泰祺国难当头竟以巨额公款购买私人豪宅的黑幕。
社评一经发表，立即引起了西南联大与昆明各校师生的义愤，校园内外立即沸腾起来。悲愤交加中，许多师生都以为陈寅恪此次在劫难逃，已经在乱枪流弹中死去了，于是几位历史系学生在一个名叫《论坛》的壁报上，发表了一篇题为《悼陈师寅恪》的文章，以哀婉、悲愤的语调追怀香港沦陷后生死不知的陈寅恪教授及其家人，文中以悲怆的语气说道：“著名的史学教授陈寅恪导师，不能乘政府派去香港的飞机离港，命运似不如一条洋狗……”
文章刊出，整个西南联大师生沉浸在莫大的悲痛与激愤中，积压在心中的怒火如电石碰撞，瞬间爆发。激于义愤，学生们组成了声势浩大的“讨孔”队伍，高呼“打倒孔祥熙，铲除贪官污吏”的口号，浩浩****地走出了校园示威游行。沿途有云南大学、昆华师范学校、南菁中学等十多所大中学校师生陆续加入，汇合成数千人的游行队伍。
游行过后，联大与昆明市众多大中学校学生纷纷宣布罢课，并向全国各地高校派发“讨孔”通电，以期通过这一运动，给国民党政府和孔祥熙之流的贪官污吏予以警告和惩戒。
西南联大的通电发出，远在李庄的同济大学师生立即响应，高举旗帜和标语，涌向大街小巷，高喊“打倒孔祥熙”的口号，在李庄的陶孟和、李济、董作宾、梁思成、林徽因及其所属机构的同事，听到陈寅恪“死去”的消息，大为震惊，纷纷向傅斯年询问详情。
傅斯年闻听更是惊恐万状，立即急电重庆中央研究院总办事处，探寻实情。重庆方面的回电称同样听到了如此不幸的消息，却无法确定真伪。于是，整个李庄的科研人员与同济大学师生，沉浸在一片巨大的激愤与忧伤之中。盛怒中的傅斯年暴跳如雷，直呼要杀‘飞狗院长’孔祥熙以谢天下”。
好在此时的陈寅恪并没有死去，经过一番苦心孤诣的秘密筹划，在1942年5月5日他突出重围，携家登船离开了坟墓般的孤岛，取道广州湾返回内地。但是当他抵达桂林后，却因为旧疾复发，再也无力继续前行去往李庄。
听闻这个消息，中央研究院总干事叶企孙好心援手。直接聘陈寅恪为史语所专任研究员，月薪600元外加薪40元，然而这封聘书却没有经过傅斯年，而是直接寄给了桂林的陈寅恪。
傅斯年知道此事后，如同凭空挨了一记闷棍，他晃动着小山包一样的躯体在室内来回转圈，像一只刚刚被关进笼子的老虎，威中带怒又无可奈何。
此前傅斯年在与陈寅恪的通信中说得非常明确，陈寅恪如果答应就任史语所专职，就必须来李庄，但陈寅恪还没有表态，自己也没有强行命令他来四川，两边当事人都在静观其变，以待形势发展，结果叶企孙这个远在重庆的中研院的总干事，却不把自己放在眼里，旁若无人地发号施令，这不是故意找茬吗？
想到此处，傅斯年满怀悲愤之情，提起如椽大笔，于8月6日向叶企孙发出了一阵连珠炮式的“声明”：
一、“绝不承认领专任薪者可在所外工作”；
二、对总干事“略过所长处理一所之事”深表不满；
不过，在维持规章原则性的同时，傅斯年也适当兼顾援助的灵活性，声称为了弥补陈寅恪的旅费，如果中研院无法报销，也可以以专职的名义拨款，但是必须来李庄。从这份声明就能看出傅斯年的治理才能和手腕。既聘请陈寅恪兼职研究员，缓解其经济压力；又不逾院章，以免留下话柄，守护其清誉。
重庆方面的叶企孙迫于压力，最后向傅斯年做了道歉和解释。不过陈寅恪最终还是因为心脏病的原因留在了桂林的广西大学执教。
傅斯年虽然信奉法治，坚持以规治所、以章治院，但也并非不近人情，陈寅恪在香港时重病，就多次接受过傅斯年的资助。只是因为专职一事涉及到每个人的切身利益，如果此例一开，傅斯年的队伍就不好带了。
陈寅恪，就与李庄失之交臂。