傅斯年因为霸气外溢的性格为自己树立了不少对立面，有人在重庆召开的学术会议上就曾公开向傅斯年叫板说：“中央研究院各所所长都是大学问家，傅斯年有什么学问？他是怎么当上历史语言研究所所长的？”相互间积怨之深可见一斑。
有些人总以为傅斯年本身的著作还不够多，除了《性命古训辨证》外，都是些零碎的文章。其实要说傅斯年一生在学术上没有什么大部头的皇皇巨著，确实是事实，但就像邓广铭说的那样“我们不能用著作多少来衡量一个人在学术上的贡献”。
傅斯年是个坚定的爱国者，从他的言论、著述和行为方式中，我们可以看到，在他的内心深处蕴藏着一股强烈的民族意识，因而被人称为“狂热的爱国者”。他崇尚气节，推崇民族大义，视国家分裂为民族耻辱，并把维护和巩固国家的统一作为“书生报国”的神圣职责。
1931年“九一八”事变发生，东北大地沦陷于日寇之手。在中国政府的抗议、请求与国际联盟的压力下，1932年1月，国联组成以英国人李顿爵士为首的五人调查团，前往中国和日本调查事变的原因和经过。
见此情形，骄狂的日本军国主义分子大造舆论，宣扬“满蒙在历史上非支那领土”，意在表示日本人占据此地是既合理又合法。傅斯年看到日本人竟然在世界人民的眼皮子底下玩弄偷天换日的鬼把戏，立即蹦将起来。怀着一腔爱国热情外加对日本人的愤慨，傅斯年主动联络方壮猷、徐中舒、萧一山、蒋廷黻等史学家，动手撰写了《东北史纲》，意在还原历史本来的面目，戳穿日本人的谎言和阴谋，同时为李顿调查团提供日本侵略中国的证据，以便国联正确裁决。
在这种形式的压迫下，傅斯年以惊人的毅力和速度很快撰就了《东北史纲》第一卷，并由李济节译为英文，分送给来华的国联李顿调查团参考。
1932年10月，傅斯年所著的《东北史纲》第一卷《古代之东北》部分在北平出版，在书中第一章，傅斯年就理直气壮地指出“东北在历史上永远与日本找不出关系，史学家如果不能名白以黑，指鹿为马，则亦不能谓东北在历史上不是中国”的大海潮声。
这份文本的发表，在当时国势倾危的情形下，可谓是给了日本“指鹿为马”的学者们当头一棒，为国人出了一大口恶气。
因为《东北史纲》是傅斯年在仓促中写就的，而且文中夹杂着强烈的民族情绪和爱国情感，所以在史料的运用、史实的考察，以及若干细节的考证推敲上的确存在着许多粗疏和错讹的地方，他也因此受到了学术界不少人的批评，有人甚至称傅斯年为了驳倒日本人的理论，不惜编造证据，以强抵之。这种说法令傅斯年大为伤心和悲愤，在他看来，若是这一说法来自日本人尚可理解，但来自同一个阵营的中国人未免有点儿丧失理智，低估了他的人格和文化良知。
在悲愤交集的同时，傅斯年基本上理智、平和地面对这些批评，而且有重新修订完善的打算。可惜国内国际局势越来越乱，最终重修未果，成为一大遗憾。
大师不是完人，自有其不完美的地方，《东北史纲》的遗憾，与傅斯年天才的灵光及一生开创的名山大业相比，显得微不足道。
卢沟桥事变之后的抗战初期，面对强悍日军的大举进攻，国民党军节节败退、国土精华尽失，几千万军民与知识分子流亡西南一隅的残破局面，傅斯年基于民族热情，于1938年至1939年间撰写了《中华民族革命史》的部分章节。稿中强调，“中国民族者，虽亦偶为人灭其国，却永不能为人灭其民族意识”；“中国民族者，永不忘其失地者也”；“中国民族，虽有时以政治紊乱故，顿呈极虚弱之象，然一旦政治有方，领导得人，可由极弱变为极强”。
傅斯年有如此勇气和自信，并不是意气用事或单纯为了宣传鼓动而放出大话与狂语，而是源自他宽阔的政治视野与卓越的历史洞察力。如果把傅斯年放在更宏阔的历史大格局中加以透视，应不愧于罗家伦所盛赞的“纵横天涯马，俊奇人中龙”的称号。
傅斯年离开李庄一去不返，只能在重庆和南京两地遥控指挥史语所的相关事务。史语所的知识分子们，经过一段难熬的期盼和等待，终于迎来了回归的日子。1946年10月中下旬，中央研究院史语所、社会学所，中央博物院筹备处，中国营造学社等机构开始撤离。民生公司的几艘轮船停靠在李庄码头，各路人员日夜不息地搬运货物，悄悄打点私人行李，盼望着尽快回到久别的故地。
经过几天的紧张忙碌，一切都准备就绪，众位学者连同随行的家属们告别了相依相偎了六年的李庄和李庄的父老乡亲，拔锚起程。渐行渐远的轮船拉响了告别的汽笛，抖动着庞大的身躯顺滚滚江水疾速而下。
当史语所与中央博物院大部分人员自李庄迁回南京后，傅斯年满怀兴奋与欢喜之情，在中央研究院大楼的演讲厅设宴款待。为了把宴会办得红火热闹，也为了让流离失所九年的故朋新友有个欢聚一堂的高兴机会，他还特地邀请了胡适从北平来南京参加这场具有历史纪念意义的盛宴。
据当时参加宴会的史语所研究人员张秉权回忆：“我们是最后一批抵达南京的。傅所长为犒劳同人押运图书古物安然返所，设筵招待全体同人，席间有胡适之先生，那是我第一次见到适之先生，他谈笑风生，亲切感人。傅所长称他为史语所的姑妈。娘家的人，无论老少，每个人都自然而然地很愿意与他亲近，他也的确让人有如沐春风的感觉。傅所长对于新进后辈，似乎特别客气，一一握手致意，表示欢迎热忱。”奉傅斯年之命亲至机场迎接胡适的青年助理研究员何兹全后来也说：“那天史语所的家属、小孩都有，很热闹。傅先生在讲话时说：‘人说我是胡先生的打手，不对，我是胡先生的斗士。’”这话引得众人一阵哄笑。
席间，最令人难忘的是傅斯年在演说中对史语所历次搬迁的追忆，在讲到抗战岁月八年颠沛流离、艰苦卓绝的生活时，说到动情处，几次哽咽泪下，在场的人无不为之深深感染而同声悲泣。最后，傅斯年端起酒杯，庆祝大家都能幸运归来，并满怀**地说：“过去的种种辛苦都已经结束了，从此之后我们可以安心工作，史语所八年的流离可说是告一段落了。”
这个时候的傅斯年和出席宴会的所有人员都未曾想到，仅仅两年之后，史语所大队人马就会再度踏上了流亡之路。