教师队伍的重新融合与清华行政结构的改变，使校园内部派系意识和排他意识逐渐淡薄，旧有的圣约翰系、南开派、东南大学集团等陈腐狭隘的派系与观念，在奔腾的时代风云和激**的革命洪流中成为过往陈迹，一个全新的格局也已经形成，清华迎来了它的“盛世”和“黄金时代”。而此时的梅贻琦给自己的定位是：“一个学校，有先生上课，学生听课，这是主要的。为了上课听课，就必须有些教具以及桌椅之类，因此也需要有人管这些方面的事。一个学校的校长就是管这些事的人。”
梅贻琦给自己的定位，自然是谦虚之词，但也透漏出他对教授的尊重和自身的胸襟。
梅贻琦是由清华的教员一步步干起来的，深知教员的酸甜苦辣、所思所想。因而，在“管理教具桌椅”的表面之下，自有他的抱负与主张。尤其在教育与具体教学这一个大板块内，经过几十年的国外学习、观察与国内实践、历练，特别是由作为留学生监督在美国三年的所见所闻，经过思考、消化、融合，渐渐形成了一套独具特色的理论方法，并在长校后于清华校内强力推行实施，这便是著名的通识教育。
在张彭春任清华教务长时代，新制大学部不设系，不授学位，而将全部课程分为“普通”和“专门”两个阶段。梅贻琦本是张彭春改革的支持者，但后来的实践证明，张彭春的理念与方法都不得人心。在张彭春离开清华后，被选为新一届教务长的梅贻琦，不得不吸取前任教训，并对张彭春的方式方法做部分调整，最显著的一点是：采取美国流行的初级大学办法，新生入学第一年不分文实，各系学生一律实施通才教育，第二年起进入各自专业领域。各学科分为必修和选修二种，成绩以学分计算，视学生能力定高低，各系毕业学生至少须修满136个学分，土木工程学系单列。
如此改革的总目的，是让学生有较大的选修空间，但各系学生毕业之前，需要接受考试，考试及格，才能毕业。
对于这个改革方案，梅贻琦于1927年12月学期即将结束时，在演讲中做了详细解释，再度强调学程改革的理由，他说：
“清华大学学程为期四年，第一年专用于文字工具的预备及自然科学与社会科学的普通训练，其目的是为了让学生勿囿于一途，而得旁涉其他学科，以综合连贯。第二年后，学生可以选定专修学系以从事于专门的研究，不过各系规定的课程，大多没有严格限制，在必修的课程之外，教授应多给学生时间，可以学习其他系的科目，以达到学识宽泛的目的。”
在谈到工程系学科组织与通、专教育时，梅贻琦说道：
“今日社会上所需要的工程人材，以普通基本的工程训练最为有用。本校设立工程系的初始就是以此为原则……今日中国工商界中，能邀请到固定从事这一行业的专家非常少，大多数只能请到一个工程师，希望他无所不能。所以，本校设定的工理学程中，认为普通的基本训练比繁细的专门研究更为重要。”这就是梅贻琦“通识教育”形成的雏形或称萌芽。
1932年，梅贻琦以校长的身份和地位，对这一理论做了进一步深化、完善与推广。如这年5月底，在总理纪念周会上，学校邀请刚从西北科学考察返平的著名地质、地层及考古学家袁复礼，以及清华土木工程学系主任施嘉炀对师生演讲。梅贻琦于致辞中，特别强调“通识教育”的意义和学校当局的苦心，他说：“这三个月里诸位听了这么多次的讲演，对于各学科要点，已得到不少的了解。本校举办这些系的目的，固然是希望学生能获得一技之长，长期立身致用于社会。同时盼大家在注意本系课程之外，于其他学科也要有相当认识。有人认为学文学者，就不必注意理科；习工科者就不必注意文科，这种认知过于狭隘，学问范围应该宽泛，这样才可以使学生们对于所谓的人生观，得到一种平衡不偏的观念。对于世界范围内的文化变迁，也有一种相当了解。如此不但使学生们在生活上增加意趣，就是在服务方面亦可以加增效率。这是本校对于全部课程的一种主张，盼望大家特别注意。”
在“通”与“专”的选择和排序上，梅贻琦认为应该先通后专，即“通识为本，专识为末”，尽管这八字方针直到抗战期间的西南联大时代才正式提出，却是梅贻琦融合中西文化并经过长期思考、实践后结出的一个硕果。这个硕果的萌发与蒂结，就外界而言，是受欧美教育界的影响；而内部的关系，则与梅贻琦的老师张伯苓创办南开学校，一度受到有识之士的批评与刺激相关。
张伯苓属于从草根阶层成长起来的实干型人才，私学未读几年，后又入行伍当海军，继之投身于教育，自身并不具备深厚的人文素养。面对民族危机和列强步步进逼，他倾向于相对功利化的教育模式，加之私立学校经费限制，人文关怀以及与之相关的教育课程，就成为了可有可无的边缘化装饰品。
这一轻视人文学科的办学理念与做法，曾受到南开内部人士的批评，据邢公畹教授说：“张伯苓校长早年办大学，重理工而轻文史的情况很严重，有见地的又极受校长器重的化工系主任张子田教授，为此深感遗憾，乃至当面批评张校长，认为从一个办教育的人来说，这是一种破坏学术界‘生态平衡’的短见。”
当年被张伯苓招到南开去的几个留美博士如蒋延黻、何廉等，都对此有所体会与论述。蒋延黻认为张伯苓是一位杰出的实干家，但对学生智力方面似乎不太注重，对精细的科学与人文学科似乎有点茫然无知，或从内心里不感兴趣。蒋说：“记得某次经济学家何廉博士出席教授会议，会中极力强调统计数字的功用，张伯苓问他：‘你用这些数字干什么？’何廉回答说：‘我的统计研究可以帮助我们用科学方法复兴中国。’张伯苓又说：‘你的方法常使像我这样的人用显微镜找象。如果你要想知道我们能在中国做什么，我觉得所有的事我们都可以做，而无需去精研这些数字。例如：我们欲想从城里修一条公路到校区，难道也需要统计调查吗？’”
何廉博士不仅是经济学家，他还曾一度被当作张伯苓嫡系的接班人而出任南开大学校长，对于蒋廷黻的看法，他说：“南开领导人张伯苓和北大领导人蔡元培、胡适有个性的不同。……他不是，也从不要求做一个书生气的人或者一个训练有素的院士。他不欣赏自由教育，事实上在南开大学的课程表中看不出自由教育来，他的定向是鼓励职业的、实际的和技术性的学习。他承认一些人文科学课程的必要性，但认为在中国急需有实际训练的人才之时，如果将人的一生消耗于这些人文科学的学习与研究上是没有意义的。”
蒋廷黻与何廉等都意识到南开大学的课程有修改的必要，特别对人文社会科学更要加以重视，并一度得到张伯苓默许着手改革，但拘于天命人事未能成功转型，其结果是导致了由教务长凌冰氏延揽的如梅光迪、蒋廷黻、李济、李继侗、姜立夫等一流人才教授相继离去。
这一批学者或转赴清华、北大，或飞往美国高校任教，盛极一时的南开大学到了抗战之前的几年，教师阵营趋于衰落，与北大、清华的差距越拉越大。这一点，聪明过人又见过世面的张伯苓看得清楚，但由于阶层、历史和个人学识、成长经历以及经费的局限，使他仍不能认识人文学科于大学，特别是在社会发展中的地位和重要性。而作为张门子弟的梅贻琦，因有国外留学与国内实践的历练，不但看得清楚，且在相互比较考量中，清醒地意识到，自己深爱的母校南开大学人文学科的缺失，是一个不折不扣的事实和错误。
因而，梅贻琦在清华做教务长的时候，就注意到此点并加以弥补。而当他执掌清华校柄后，所追随的是蔡元培的办学理念，而非张伯苓的办校方针。对此，他说：“对于校局，则以为应追随蔡元培先生兼容并包之态度，以克尽学术自由的使命。……此昔日北大之所以为北大，而将来清华之所以为清华，正应于此注意也。”
此举正是亚里士多德“吾爱吾师，吾更爱真理”精神的延续。正是本着这一育才理想，在梅贻琦主持下，清华自1932年新学期开学始，教务处根据评议会决定，对学生课程予以调整，并根据“通才教育”原则，为新生设立了共同必修课。其课程与门类如下：
第一年，文、理、法三院不分院系，工学院分院不分系。
文理法三院新生入学后必修下列五门课程：（一）国文，（二）英文，（三）数学或逻辑，（四）中国通史或西洋通史，（五）自然科学。五门课程除国文、英文，其他各科如第一年未修，可于第二年内选习。
工学院一年级学生必修课程七门：（一）国文，（二）英文，（三）普通物理，（四）微积分，（五）普通化学，（六）工程画，（七）铸锻实习。
这个“通才教育”理念与规则的实施，其效果如冯友兰所说：“在当时也有一定的影响。当时的想法是，大学，特别是其中的文法科，首先要把学生培养成全面发展的‘人’，其次才是成某一方面的专家。……具体措施是，着重所谓公共必修课，主要的是文学、语言的训练和历史及一般文化知识。在文学院，第一学年课程，各系都是一样。到第二年才逐渐分系。到第三第四年，各系的课程才完全分开。这对于学生的所谓‘基本功’的训练，有一定的好处。”
冯友兰说这个话的时候，是20世纪60年代。清华校友、香港中文大学副校长秦泗钊博士也曾言：“冯在1962年说有一定好处，是当时发表看法的套路而已，已经不易。”秦泗钊所言自有道理，不过就梅贻琦长校时代，关于“通”还是“不必通”的问题，也曾在清华师生间引起过热烈讨论。