清华工学院建立后，入校新生开始还能硬着头皮攻读规定的文科课程，但随着时间的推移和专业课程的增多加重，各系主任与教授认为课程设置的不合理，要求校方尽量减少“通识”课程，增加“专业”课程。早已烦躁不安的学生也借机跳将出来，站在教授一边摇旗呐喊。
当时的状况就如蒋廷黻所说：“为了行政和教学的需要，清华设四个院：文、理、法、工。法学院内有经济、政治、社会、法律等系。在战前，我就已经看出，理工逐渐抬头，而文法渐趋没落的倾向。甚至我们在文法学院教书的人，也都认为这种倾向是对的，因为我们深知中国需要自然科学和工程学。我们绝不想去与自然科学争长短，更不想阻止其发展。然而，在校内却存有冲突，这种冲突不是在课业研究方面，而是在专门程度方面。自然科学家和工程学家们希望高度专门化。他们希望学生在入校第一年中就开始接受专门课程。我们教文学和社会科学的同人却希望晚一点开始专门课程，要多授一些普通课程。”
面对新情况，梅贻琦与评议会必须表明态度，否则很有可能发生局部冲突。在这两股观点中，梅贻琦更倾向于蒋廷黻及文科同人的观点，认为设置大一新生必修课，可达到以下四个有利目的：
一、使学生求得关于自然、社会和人文方面的通识；
二、使学生取得入各学系共同必需的工具知识；
三、使学生受到所谓的“思想训练”；
四、使学生有一年的时间来从容考虑和选择将入何系的问题。
为使理工科特别是工学院师生转变对“通识”，或者说是“通才教育”的误解与抵触情绪，校方多次邀请不同学科名流前往演讲，以期使学生对各门科学与文学艺术有一个广泛了解，开阔眼界，扩增思维方式与途径。
对于如此一番良苦用心，文法学学生多表示欢迎，理学院学生大多有所转变，部分认为对学业和日后发展较为有利。唯工学院大部分学生仍不买账，坚持摈弃“通识”而注重“专门”课业的修学。这一种坚持并不是师生故意与梅贻琦或评议会作对，而是工学院课程门数较多，学生感到压力大、负担重，且半数以上是自然科学技术基础课，须花费很大力气才能顾及全面，因而引发了多数学生对“通识教育”课程设置的不满。
此种情绪冰积泉涌，由私下议论抵制和跟着教授摇旗呐喊，直至发展到公开在报刊上撰文与校方叫板对垒。一位署名“新人”的工程生，在《清华副刊》发表文章，公开质疑“通识教育”的合理性。认为清华一年级“通识”课，早在中学时代已经学过并“大考”过，此为一种“重复”，对学生来说，这种所谓的“科学的训练”，实在是“一种损失”“无用的消耗”和“浪费精力的苦恼”。不仅如此，由于大一这些无聊的课程浪费和空耗了学生精力，“无异于将大学的修业年限缩短了一年，这更是一种极大的损失。……一样的四年毕业，自然要比旁人少学东西了。况且我们知道，少学点普通东西，自修是很容易的，少学些专门学识，自己研究起来就要大费困难，这都是这种制度的弊端”。
对于“新人”的质疑和批评，有学生不以为然，起而辩之。一个自称“旧人”的学生撰文反驳道：与所谓的“重复”恰恰相反的事实是，“在去年一年级学生中，第一学期物理不及格的有二十几个，成绩差的有七十四个，这都是志愿入理工学院的，他们对于物理当早已有相当的认识，结果尚且如此，如何可以说‘记得差不多’？”
“旧人”对于“新人”以为文法学院的学生不需要“科学的训练”，并认为是“无用的消耗”，表示不敢苟同。“旧人”辩驳说：“学习自然科学的目的是使你有清明的头脑，用分析的方法对待一切学问，它只是一种科学的‘训练’，而不是‘研究’。数学或逻辑的目的，也与此相类。同样，人既然是社会中的动物，哪能一点儿不懂社会的演进？所以通史也是必需的。谈到国文，去年的新生中竟有不知‘宵小’这个词是什么意思的人，真乃可惊可叹。如此这般，国文也是必需的。工学院的学经济，我不愿在这里多说，因为这是一件很明显的事实，谁见过不懂经济的工程师？”
对于有些学生所认为的由于空耗精力而比其他大学少学东西的论点，作者“旧人”认为“这是事实”，因为近来高中毕业生的知识水平确实低些，他们入清华后，有的固然知道选定系别，有的却不知道他们自己究竟应当入哪一系，也有始终不知自己性情如何，马马虎虎混下去的。由此看来，不分院系是必然的趋势，况且学一些普通常识，对将来的生活也是有帮助的。再进一步说，各大学的课程，并非从一年级到四年级全读的是本系课程，其间对于外系课程，很有选择的余地。如果怕这种‘专门知识’不够，尽可以利用这种选修的学分，结果也不至于比别人少学。
最后，“旧人”的结论是：“不分院系的问题，在学校议决后就有反对过，然而根据我所知的第九级级友的感觉，并不以此为不便。虽然同其他大学同年级的课程比起来，似乎有点相形见绌，然而最后的结果，我们是绝不弱于他们的。”
这位号称“旧人”的作者没有透露来自于哪个院系，从文字上推断当属文法学院，而身为文学院学生的可能性最大。
多年的校务历练经验，加上前几任校长被清华师生驱逐的前车之鉴，令梅贻琦长校后对校务处理特别小心慎重，每当遇到事时都会多方考虑，绝不轻率表态，且大多采取“从众”的态度予以处置，因而被师生称为“寡言君子”。
如今，面对师生两股力量的观念冲突，梅贻琦除了慎重地吸取当年张彭春课程改革失之偏激的教训，再度召开评议会，就某些地方予以调整，以缓和工学院师生的不解甚至不平。其调整要略为：文理法三院，原规定属二年级课程的经济学概论与普通化学对调，以减轻学生压力。工学院必修课程如一年级未修完，可于第二年继续选修。同时，对另一门课程做了调整。结果是如蒋廷黻所说：“经过一番折衷妥协，才算解决。”
与张彭春当年的改革不同的是，这个“解决”，并不意味着梅贻琦对“通识教育”理念以及制度贯彻的退避与放弃，而是使其更能与本校实际情况相结合，走出一条为全校师生所喜闻乐施的“通识”之路。
几年后，梅贻琦于平津沦陷、金陵瓦解，国家艰危扰攘之际，率领师生南驰苍梧瘴海，转徙于蒙自滇池之区，乞食于西南天地之间，再次就这一问题做了深入反思与论述，在坚持“通识为本”的同时，也使这一理念与制度得以更全面的贯彻实施。此一壮举，正如何炳棣所言：“30年代清华文法教研的勃勃生机，必有赖于背后的治学理想，而此理想梅校长迟迟于1941年《大学一解》论文中始阐述其要。”
在《大学一解》论文中，梅贻琦说：“现在人谈教育，动不动就说通与专的两个原则，一则曰大学生应有通识，又应有专识；再则曰大学毕业的人应为一通才，也应该为一专家，故在大学期间就要通专并重。这些原则固然可以略微挽救当下高校过于看重专科的弊端，但都不能充分发挥大学应该有的功能。”
对于“通”和“专”这一对矛盾的解决之道，梅贻琦首次道出了心中酝酿日久的想法：
我认为大学期间，通专虽然应该兼顾，但重心应在通而不在专。换句话说，必须一反目前重视专科的倾向，才于民有利。我们的社会生活大于社会事业，事业不过为人生的一部分，其足以辅翼人生，推进人生，这虽然是事实，但也不能将全部人生寄寓于事业。
通识，是一般生活的需要，专识，是特种事业的需要，通识之用，不仅仅在于修养自身，也用来与别人沟通交流；因此应该通识为本，而专识为末。如今社会所需要者，通才为大，而专家次之，如果任用那些缺少通识基础的所谓专家治理国家，不仅不能使百姓面目一新，反而会对他们造成困扰；何况大学只有四年时光，既要有通识的准备，又要有专识的素养，两者之间又不能有高低之分，就算极聪明的学生，也力有未逮，更何况普通的学生呢？所以我说通专并重并不是最恰当的方法；偏重专科的弊端必须革除，但是兼顾通识与专业的做法也是难以执行的。因此坚持通识重于专业的原则才是可取的。
这段话是梅贻琦一生中极其重要的教育思想与治校纲领。其“通”与“专”、“新民”与“扰民”的学说，更具体地展示了梅贻琦以育人为本，以人于自然社会生活本身为轴心和重点的教育宗旨。
作为一个伟大的教育家，梅贻琦所具有的世界前瞻性眼光与不凡境界，非一般书生、学者、教育家，甚或自命不凡的官僚政客所能望其项背的，诚如清华校友、著名史家何炳棣所言：“我国20世纪论大学教育以通识为本、专识为末，从未有坚毅明通如梅师者。梅师长校之初即提出含有至理的名言：‘所谓大学者，非谓有大楼之谓也，有大师之谓也。’唯大师始克通专备具，唯大师始能启沃未来之大师，此清华精神之所以为‘大’也。”