在贯彻和施行“通识教育”的同时，梅贻琦在教务改革中遇到了另一个问题，便是“党化教育”。
所谓“党化教育”，肇始于1928年5月，即国民党政府定都南京后召开的第一次全国教育会议，决定采取“三民主义的教育宗旨”予以办学。
罗家伦长校后，以北伐的“革命精神”在清华大力贯彻实施，并按自己的喜好大加发挥，结果遭到驱逐。后来，随着教育界乱象丛生，国民党高层又召开了几次会议，对教育实施的具体方针进行了修订，但仍以三民主义为根本指导原则，而这个原则主要是按蒋介石的教育思想和意旨制定。
梅贻琦执掌清华后，表面上拥护和遵守这个教育宗旨，实际上却采取蔡元培执掌北大时“学术自由、兼容并包”的指导思想，统筹兼顾，领袖群伦。
回顾自己几十年的风雨历程，梅贻琦已深切感受到新文化、新思想，皆产生于民主、自由的空气和独立的精神创造中。无论是北大还是清华，唯有保持民主和学术自由的空气，才可能产生不拘一格的言论和思想，创造的机缘与成就才得以凸现。
近代以来，每当政治风浪波及校园，学术自由便被挤兑得退避三舍，而每次风浪过后的反思检讨，又会发觉这一理想的正确与可贵。
1945年11月5日晚，梅贻琦与闻一多、曾昭抡、吴晗、潘光旦、傅斯年、杨振声等人，在叙谈政局与校局问题的困惑迷局之后，梅贻琦在日记中写下了他所坚持的政治理想与办学方针：“我对政治没有深入研究，对于共产主义也没有大认识，但颇感怀疑。对于校局，则以为应追随蔡孑民先生兼容并包的态度，以能够最大限度地去完成学术自由的使命。无论昔日之所谓新旧，还是今日之所谓左右，在学校都应给予自由探讨的机会。”
这个指导思想与治校原则，成为梅贻琦一生争持的信念和主旋律，也是清华大学光荣历史最为闪光的组成部分。如果没有这一点，清华的光荣将逊色许多。
当然，梅贻琦强调和施行的兼容并包与学术自由，并不是填鸭式的并与包，以及信马由缰式的奔跑呼号，而是经过慎重考虑之后，在推动人类文明进步的大前提下，有节有度的兼容与自由。
清华自建校以来，在自由主义与政治威权之间，既有矛盾又有合作。随着时间推移与社会各阶层的觉悟，二者之间的矛盾越来越大，但合作也相应地越来越多。如梅贻琦反感并抵制当局强力推行“党义课程”，却愿意与政府合作设立工学院，后来还设置若干个特种研究所，以配合政府的施政方针与建设大计。同时，在政府提倡理工、限制文法科的大环境下，梅贻琦仍坚持对人文、社会学科的扶持，使清华借助历史的机缘，加速走上学术独立，人文社会、自然科学和工业科技均衡发展的道路，不但《清华周刊》等刊物与清华历史学会共同开辟“文史专号”，发表文史类重头文章，相应的更具学术水准的大型刊物也应运而生。
此举正如何炳棣说的那样：“清华精神源自清华传统。清华学堂本为预备留美而设置，所以一开始就必须是文理兼顾，属于通识教育性质的学校。清华改为国立大学之后，特别是梅贻琦担任校长以后，清华有很大的发展。当时国民政府的教育政策是‘提倡理工限制文法’。梅校长与教授会只极力响应‘提倡理工’，将原属理学院的土木工程系予以扩充，并与新创的机械和电机两系联合成立一规模初具的工学院。但绝口不谈‘限制文法’。”
事实上30年代的清华文法两院表现出空前的活力。除各系师资普遍加强外，教授研究的风气也较前盛大，研究成果已非《清华学报》所能容纳，于是不得不另创了一个新的学术季刊《社会科学》。冯友兰师的《中国哲学史》和萧公权的《中国政治思想史》，两部皇皇综合巨著便足以反映出，在文法教学研究方面清华俨然已居全国学府前列。
因为梅贻琦倡导的学术自由精神在清华推行，被罗家伦、吴南轩等党棍压制的自由之风，经过几年窒息之后又盛行开来，教师之间、学生与教师之间平等讨论学术问题成为一种普遍现象。校内各种讲座、讲演连绵不绝，到了1934年，国共关系已是剑拔弩张、你死我活，白色恐怖笼罩了清华园，清华文学院院长冯友兰赴苏联观光归来后，在演讲中大谈新生苏维埃政权的各种优越性，并做结论说：“……苏俄是进步的国家。所谓唯物史观，我们决不能轻视，因为有绝对真理存于其中。”
冯友兰的言论引起了北平当局的注意，国民党以共党嫌疑为由，于1934年11月28日将冯友兰逮捕。这一举动在教育界引起轩然大波，梅贻琦、蒋梦麟、胡适、傅斯年等大腕名流立刻联手出面营救，最后由军政部长何应钦亲自出面，下令释放冯友兰。冯友兰出狱后，悄然无声地回到清华园，除低调介绍自己被捕经过外，并未对当局进行任何指责，当局也再没有找他的麻烦，清华师生也没有感到恐慌，园内的自由空气一仍如旧，学术讨论甚至政治主张愈演愈烈。
作为校长的梅贻琦“始终以民主思想、学术自由的开明政策为治校原则，他对左右派的思想兼涵并容，从不干涉”。
正是在这样的学术空气与政治背景下，清华园大师云集，出现了万物相生而不害，相制而不克，“流派共存，百家争鸣”的繁盛局面。这个局面使思想与学术得以活跃、进步的同时，也令学生眼界大开。
1934年考入清华外语系的学生赵俪生在许多年后回忆说：“我的《大一国文》教师是杨树达，《大一英文》教师是吴宓，《哲学史》教师是冯友兰，《逻辑》教师是张申府，都是赫赫名流。但当时我作为十七八岁的娃娃，确实感受不深。杨先生一辈子搞训诂，祖述高邮王氏，与他的湖南前辈王先谦前后都是搞《汉书》的。是他给我们讲述了《左传》中的《邲之战》和《鞌之战》，至今犹有记忆。吴先生神经质太厉害，那是他与毛彦文女士恋爱失败的后果，使我们做学生的很难预估他的喜怒。在英语读音上他特别强调英国味，可是当时除吴先生外，众老师全是美国味，真是‘一齐人傅之，众楚人咻之’了。冯先生岸然道貌，俨然程夫子转世，讲课纯按他的‘两大本’《哲学史》讲，由于咯巴嘴，在表达方面比较吃力。由于这位老师在政治方面的多变性，故我一生迄不与他接近。张申府当时在清华‘吃不开’，但此前他却是大人物，他曾是中国共产党巴黎支部、柏林支部的创建者，黄埔一期生入学口试的主持人。他的《逻辑》课很少讲逻辑学，而是骂蒋介石，成为热门的政治论坛。听他课的不外两部分，一部分是抱持自己见解从拥护或者反对立场上来挑检他的政治论点的；另一部分则是混混学分的。他的课缴一份读书笔记，没有不及格的。……回味起来，受教于这些人，也是‘大开眼界’的一个组成部分。在中学里，你是无缘接触到这样的人物的。”
上述“繁盛局面”，一直延续到抗战后的西南联大时期。而自抗战胜利到清华北归的近一年时间里，以闻一多、吴晗为首的几位教授，经常公开骂国民党与蒋介石，并进行宣传。梅贻琦并不赞成此种做法，但没有阻止并尽可能地予以保护，使这一民主自由的局面得以延续。这一段经历，冯友兰有过论述：“西南联大时期，教授中有在政治上极右的，也有在政治上很左的，也有教授对于国民党‘小骂大帮忙’的。当时学校的风气是，只要教授能把他的课讲好，他在政治上的态度，学校不管。在这种风气下，学校没有考虑过怎样把进步的教授解聘。当时认为清华教授有自由、民主作风，其原因就在于此。当然这所谓自由、民主，只是资产阶级自由民主。所谓学校不管，也有一定的限度。当时的教授，一般地说，也都没有超过资产阶级自由主义的限度，所以能维持所谓民主自由的局面。”
这个局面的维持，着实来之不易，可惜仅仅维持了不到两年，就随着中日战争局势的变化又起波澜。