到当历史的车轮跨入1935年，清华大学又掀起了新的波澜。其实不仅仅是清华大学，北平所有高校都参与到了这场新的风暴中。
事情的起因是“九一八”事变后，日本帝国主义进一步发动华北事变，妄图以“自治”的名义把华北五省变成自己的殖民地。
面对侵略，国民党、蒋介石卑鄙可耻地采取了“不抵抗主义”的卖国投降政策，准备成立“冀察政务委员会”以满足日本关于“华北特殊化”的要求。
在民族生死存亡之际，中国共产党义无反顾地担起民族解放的重任，团结带领以清华园为中心的北平爱国学生数千人，举行了轰轰烈烈的抗日救国游行示威，史称“一二·九”运动。
12月9日上午6时，在中共北平临时市委、北平学联领导下，北平六千多名学子高呼“打倒日本帝国主义！”的口号，如钢铁洪流般奔向新华门，向国民政府军政部长何应钦请愿，并提出了六项要求：
(1)反对华北自治及其类似组织；
(2)反对一切中日间的秘密交涉，立即公布应付目前危机的外交政策；
(3)保障人民言论、集会、出版自由；
(4)停止内战，立刻准备对外的自卫战争；
(5)不得任意逮捕人民；
(6)立即释放被捕学生。
当游行的队伍经过西单和东长安街时，遭到了军警木棍、鞭子、水龙、大刀的攻击，百余人受伤，30多人被捕。经过一阵扭打争斗，游行队伍继续前进。
大概9时左右，游行的队伍终于赶到西直门下，此时守门部队早已关闭城门，城外的店铺全部奉当局之令收市关门，城楼和城门外站满了荷枪实弹的宪兵与警察，严阵以待。
清华、燕京两校学生无法入城，就在凛冽朔风中含泪向围观市民控诉日军在东北的暴行，指责国民党的不抵抗政策。虽然请愿的目的没有达到，但是在北平学生英勇斗争的影响下，抗日救亡的烈火在全国各地熊熊燃烧起来。
12月10日起，杭州、武汉、上海、广州、南京、天津等30多座大城市的学生、教职人员等纷纷集会，发表宣言、通电，举行罢课、游行，声援北平学生的爱国运动。各地爱国人士纷纷成立各界救国会，要求国民党当局停止内战，实现抗日。
北平学生的爱国行为，让国民党当局极为恐慌，在政府信誉即将崩盘的危急情形中，当局采取了并不明智的打压措施，明令“取缔非法组织”，对参与“非法组织”的“不良分子”实施传讯、逮捕、关押，企图通过高压与打击，抑制社会舆论，清除中共地下党分子，使学校不再风波连连，克无宁日。
根据这一方案和目标，各地宪警开始对学校严密监视和控制，如有风吹草动便冲入学校逮捕学生讯问。北平方面作为中共地下党领导学潮的发源地，更是监控的重中之重。
自1936年2月23日开始，最具共党地下分子嫌疑的东北大学被军警包围，对学生宿舍与人员等进行检查，共有37人被带往宪兵司令部侦讯。随后，中国学院、东北大学、中山中学等校，数人被带往警局扣押、讯问。教授方面，亦有数人被传。
宪警进入东北大学抓人的六天之后，也就是2月29日。这一天原本是清华学生补考之日，想不到凌晨4时左右，师生还在睡梦中，北平市公安局就带领着200多名警察，携带一份写着四十多人的“不良分子”名单，分乘警车数辆，在朦胧的夜色中开赴清华园予以搜捕。
《清华大学校史稿》以胜利者的姿态对这一事件做了如下描述：“进步同学早有准备，在那天夜里，一些党员、救国会和民先队的骨干都没有在自己房间里睡觉。反动军警在各宿舍大搜捕落了空，便又闯进二院等处。当时的清华中共支部负责人蒋南翔在二院附近被他们抓住了；在城里作党的工作的姚依林，从城里赶回学校参加期考，在西校门也被扣留；民先队员方左英与反动军警斗争时也被逮捕；军警还抓走了一位工友。学生救国会当即组织同学护校和驱逐反动军警。‘同学们，夺回我们的同学呀！’一声呼喊，在民先队员的带动下，同学们冲出宿舍，用石头木棍和反动军警展开了搏斗，有的同学奋不顾身地向军警夺取枪支。反动军警被打得狼狈不堪，败阵而去。同学们追至西校门，蜂拥而上，奋力夺回了蒋南翔、方左英和姚依林等同学。在与反动军警搏斗中，同学们夺过军警带来的馒头、肉馅饼作为武器，雨点般朝着军警投掷，还将反动警察开来捕人的几辆汽车捣毁。当反动军警企图乘车逃跑时，汽车已全部不能发动了，他们只好拖枪拽刀，悻悻而去。”
军警败退后，中共地下党和少数侥幸逃脱的学生，以得胜还朝的姿态表示了庆贺之意。这时赶到学校的梅贻琦与教务长潘光旦等校方当局却意识到事态严重，这一单纯事件，已由“公事公办”加进了团体与个人恩怨，警方绝不会就此罢休，必然会加以报复。
果然如他们所料，退出校门的军警并没有撤退，而是在校外看守，并向城内请示下一步行动。北平当局接电，大为光火，立即命令清华西门之外三公里处、驻守西苑的冯治安师增派一个团的兵力将清华园包围并进行弹压，情形极其危急。
面对大兵压境，当天上午9时，梅贻琦在大礼堂紧急召集同学训话后匆匆赶往城内与北平市长秦德纯、公安局长陈希文以及冀察政务委员会委员长宋哲元，商洽补救、解决措施。但一直没能找到合适的办法，军警与学生仍在清华园内外紧张对峙。
就在梅贻琦于城内诸衙门、机关间奔走周旋之际，清华学生会也紧急召开临时全体大会，议决如下：
一、请校长立即保释同学和工友；
二、请学校要求政府保证以后不得再有宪警进入校门；
三、加强同学组织，在问题解决前不举行补考；
四、请新任“救国会”委员立即宣誓就职，进行工作；
五、一致拥护校长；
六、电请行政院收回取缔平津“学联”成命。会后召集纠察队担任警戒，并派代表晋见校长。
从城内回校的梅贻琦面对学生请求，深感为难。因为事态已经远远超出他所能控制的范围，他担心以自己的能力无法保证学生们的安全。
果然，没过多久，校外宪警就加派人手，并有30余人闯进校内。学生方面不甘示弱，击钟集合五六百人将军警逐出，并将校门闭锁，双方再度处于固守、对峙状态。
其实这时候学潮运动领袖们早已逃走，多数学生却无处可逃，作为校长的梅贻琦更不能临阵脱逃，躲在小楼透过窗口偷看学生面临的血光之灾。他必须挺身而出，直面这一事件并做相应的处置，其难度自可想象。但是为了保护自己的学生，梅贻琦还是冒着风险，再度乘车进城与当局斡旋。同时紧急拍发密电给南京行政院秘书长翁文灏和政务处长蒋廷黻，请他们施以援手。