1946年10月10日上午10时，复员后的首度开学典礼在清华园大礼堂举行，梅贻琦对全校师生做了讲话。根据梅贻琦此前提出的清华复员后“不应以恢复旧观为满足，必使其更发扬光大，已能负起清华应负之使命”的计划与理想，全校原来的文、法、理、工四院各自添设学系，比战前的清华多出十个学系，另外还有一个先修班。学生由昆明迁来者900余人，北平临时大学补习班分发者370余人。暑期间又招考录取一年级新生及转学生、研究生共900余人，外加先修班200余人，整个清华园学生达到了2300余人，人数超过了战前的一倍。
11月1日，北大、清华、南开三校为纪念国立西南联合大学成立九周年，于上午十时在北大四院礼堂举行了纪念活动。遥想两个月前，当联大师生历尽千山万水，从遥远的西南边陲初次进入被日寇占据了八年之久的北平城时，面对宏大的建筑与破败景象，其兴奋、激动与伤感之情无以言表。特别是清华学生首次走进已初步修缮、勉强敷用的清华园，无不惊叹于宽阔的校园与宏大庄严的校舍。而学生的生活更是令人难以忘怀，正如1943年入校的学生傅元彬所言：“抗战胜利于三十五年秋在北平复校，我们是复校后第一届毕业的……一般人对清华的生活似乎不甚了解，在我来说，那是人间仙境，不只是校园的风景幽雅，可以和圆明园颐和园并称，而且校方对学生的照顾也是无微不至，那时三千多同学大部分都是全公费，我也在内，学校规定凡是清寒的同学，都可享受全公费的待遇，其他少数的是半公费，我记得三十五年秋入学注册时，什么费用都不曾缴过，自然连伙食费也不必操心，那时全部同学都住在宿舍里，每三人住一间，冬天宿舍里还有暖气，以今日而言暖气已不稀罕，那时的大官富贾有几人有暖气设备呢？充其量也不过生只火炉而已。工字楼宿舍后的饭厅相当大，容纳了全部的同学入伙，伙食团办得不错，每桌六人，四菜一汤，不是米饭就是馒头，每月的伙食费由伙食团直接向校方领取公费，每当月底结算时把剩下的钱发还给每位同学作为零用金，有少数同学依我估计约有一百多人，他们希望月底能多剩一点钱，所以在饭厅的边角另成一个伙食团，专吃窝窝头。教育部朱家骅部长莅临视察，正在图书馆时，不知是哪位同学端了一盘窝窝头送给部长尝试，部长自然是容人之量，不过梅校长则十分尴尬……”
据《清华大学校史稿》记述，复员后的清华，“各系课程编制与教学制度、教学作风，基本上是承袭战前清华的一套，变化不大”。只是，此时的清华已不再是战前的清华，此时的校风也不再是战前的校风了。就像冯友兰说的：“一二·一”运动结束以后，不但教授会从内部分裂了，“五四运动以来多年养成的教授会的权威丧失殆尽了。原来三校所共有的‘教授治校’的原则，至此也已成为空洞的形式，没有生命力了”。随着社会各阶层变化以及国共两党争斗愈演愈烈，清华教授团体内部分裂加剧，学潮如汹涌激**的洪水势不可挡，直至把师生带入国共战争的汪洋大海之中。
从校方存档的《清华两年》所列“大事年表”可窥知大概，当时抗战胜利后，原本百业萧条的窘境随着战争再次爆发更是凋敝不堪，特别是1947年之后，整个北方战火频起，城市落魄，工厂倒闭，乡村破产，公教人员朝不保夕，多数学生家庭沦为赤贫。继之通货膨胀，物价一日数涨，市民与公教人员啼饥号寒，濒于绝境。
平津高校的教师员工曾组织起来向政府呼吁求援，但“一切的呼吁和请愿都不见效，薪水增加永久赶不上物价。他们只能在生活前低首下，束紧腰带咬牙生活下去”。正如清华心理学系主任周先庚教授太太、时为《中央日报》特约通讯员郑芳所述：北方的教授们“三百多万元的月薪只够买八斗多米，想把这些钱分配得够一个月开销，只有仿照一般华北贫困市民，以杂粮来充饥了。几个月以前，胡适博士，这位名闻全球的学者，就叹着气对人说，他家中太太永久须备二锅饭，一小锅是给他预备的，太太和家中人都是一锅杂粮……清华的梅校长，这位劳苦，为清华服务过三十年的有名学者想必对于昆明还不生疏，因为抗战期间，他一直在大西门内居住着。现在抗战胜利来清华园后却病倒了，先是腿上生疮，开了刀痊愈后，背上又生了一个，开了刀后，却一直没有痊愈，每天靠在**批阅公文。医生说是缺乏维他命B的缘故，缺乏维他命是当然的结果，在现在的物价之下，哪里还能谈到营养？”
在如此的政治、经济、军事混乱背景与残酷的现实情形下，清华师生于饥寒交迫中，提出了“为生存而设法奋斗”的口号，原来的馒头、米饭膳团先后宣布停办，多数改吃杂粮混合而成的丝糕。饥饿的阴影笼罩着清华园，“求知”与“求生存”哪个更为重要？一时成为师生共同讨论的热门话题，清华民主墙上开始出现反饥饿的呼声，比如：“内战声高，公费日少，今日线糕，明日啃草！”另一张标语则以“饥饿事大，读书事小！”相呼应。
面对北平教职员工与学生饥寒交迫的事实，以及汹涌不息的学潮，疮病尚未痊愈的梅贻琦，只好拖着病体，力予斡旋，奔走呼号于军警当局与清华师生之间，以光明磊落的姿态和一个杰出教育家的风度，在媒体上公开发表对“学生干政”的意见，他说：“学生因生活陷于困苦，对政治有不满的表示，本是自然的。一种运动最初发生时，其动机往往极为纯洁，但到了后来，变到使人难于同情。即以此次学生罢课而言，学生因抗议日前游行所发生的事件，宣告罢课三日，期满后本应立即复课，讵又假借其他题目，旷误学业。故学生罢课决不会使政治立刻改善，也不会使内战立刻停止。因为打内战是双方面的，非双方住手不能和平。这次参政会是应该讨论这个问题的……学生定六月二日为反内战日，而要发动全国性的总罢，我亦有所闻。我认为不必再热闹了，因为学生的“反内战、反饥饿”等等口号，经过了这次各地的游行，已经宣传的很普遍了，何必再来一次呢？”
梅贻琦的话包含着他对学生们的关爱，但是学生们却并未听从他的劝告，北平乃至全国高校的学潮不但没有结束，反之更加猛烈、如火如荼地进行。
1948年8月12日，蒋介石特派对付学生的斫轮老手、青年部长陈雪屏携带“清匪除奸”密令飞往北平，召集包括梅贻琦在内的有关机构和高校负责人开会商讨对策。会上，陈雪屏宣读最高当局下达的密令，要求军警迅速出动，搜查逮捕潜伏捣乱的“共党分子”，并要求各院校协助，保证完成任务。
事后，北大校长胡适、清华校长梅贻琦、师大校长袁敦礼等与陈雪屏、北平市长刘瑶章等再度密商，胡、梅、袁等校长认为当局派军警强行入校搜查逮捕学生，于法于理皆不可行，还是按正常的司法程序办理较妥。但陈雪屏与吴、刘、杨以及警备司令陈继承等表示不能做主，坚持按最高当局指令入校捕人。胡适、梅贻琦等见对方态度强硬且事发紧急，乃直接向教育部长朱家骅并转电蒋介石称此举将会致学校陷入长期纷乱，政府也会威信扫地。
蒋介石再三考虑后，接纳了胡适和梅贻琦的建议，命最高当局暂不入校拘捕，由法庭传讯。
8月19日，北平军警针对地下共党学运骨干的大逮捕开始了，普通高校中有100余名嫌疑学生被逮捕，投入北平城内草岚子监狱。
8月20日晚，梅贻琦向清华教务会议报告当局逮捕学生事态，就在他汇报之时，以梅贻琦本人署名的清华大学《致北平高等特种刑事法庭公函》，早已根据他的指令由秘书处于下午送往特刑庭，公函称：贵庭签发拘票拘提本校学生张冠堂等6人，准此经查“张冠堂一名，本校并无此人，吴锡光一名已于上学期退学离校，杨得园、杨荣厚、宁世铨等叁名均于上月毕业离校，至郭德远一名，因暑假期内未在校，相应函复查照”。
洞若观火的北平高等特种刑事法庭，对清华大学校方这种敷衍了事，或称欺骗隐瞒自是清楚，但因职责所在，传不到一名“嫌犯”，实在无法向当局交差，所以再度向清华校方发出第二批多达27人的拘传票。
清华校方除仍旧敷衍外，小心谨慎的梅贻琦怕有闪失，于当晚教务会议中，提出不到庭者速设法悄然离校潜伏或藏匿的应对之策。
就在北平军警四处搜查追捕共党与学运骨干，各高校警笛鸣响，刺刀摇晃，直至弹片横飞之际，1948年9月12日，中共将领林彪指挥的东北野战军在辽宁省西部和沈阳、长春地区，对国民党军卫立煌部发起总攻势，史称辽沈战役。此役东北野战军以伤亡6.9万人的代价，歼灭、俘获国民党军47万余人，缴获了大批美制武器装备。经此一役，国民党军元气大伤，踏上了衰亡败退之路。此后，解放军攻势凌厉，兵锋所至，所向披靡，国民政府首都南京岌岌可危。
面对危局，清华校长梅贻琦于内外胁迫中，上下奔波，左右调和，心力交瘁，既痛心于复员后兴起的全国**，又感多年抱持的大学教育理想再次破灭，所以与平津学术机构主管暨爱国学人，频频联名发表对国事的呼吁，希望国人明辨是非善恶，珍重国家民族前途，配合世界局势，避免无谓的叫嚣与扰乱社会治安、动摇战后人心望治的群体活动，比如反饥饿、反内战、罢课游行、反美等等。
尽管梅贻琦等迭次发表声明，疏导学潮，解救师生衣食难题，朝夕焦思奔走，然而终因大局逆转，无补于事，国民党大厦将倾，蒋介石困兽犹斗，决心退守台湾。