国民党政府大厦将倾，蒋介石困兽犹斗，在决心背水一战的同时，采纳了历史地理学家出身的著名策士张其昀的建议，决定着手经营台湾，作为日后退身和反攻大陆的“转丸”之地。
1948年11月29日，东北野战军会同华北军区主力共100万人，在北平、天津、张家口地区联合发起平津战役，与国民党军傅作义部60万人展开决战，平津形势岌岌可危。
出于对清华前途命运的考虑，梅贻琦与教授会、评议会要员迭次筹商，有人建议再迁校于江南或昆明，因为条件不允许，只能作罢。但是为了以防万一，还是在北平城内设置了一个保管小组，将学校重要账册文件移存保管。
12月10日，解放军炮击北平市，中南海落有炮弹，社会与各大学动**加剧，梅贻琦与南京当局联系，商就应付方策。
12日，北平城被解放军包围，南苑机场失守，国民党军气脉已竭，力不能支。蒋介石急派飞机空投手谕致平津守军各军长，以鼓舞士气。手谕末尾以悲壮无奈的口气道：“固守待援，不成功，便成仁。”
13日，北平西郊炮声隆隆，解放军发射的弹片从清华园上空“嗖嗖”掠过，校内教职员生及眷属大为惊恐，纷纷逃跑躲避，清华陷入混乱。鉴于此情，校方只好宣布停课，师生员工自寻避难场所与出路。
在国民政府风雨飘摇、大厦将倾的危急时刻，朱家骅、傅斯年、杭立武、蒋经国、陈雪屏等在蒋介石授意下，于南京紧急磋商谋划“平津学术教育界知名人士抢救计划”细节办法，并很快拟定了“抢救人员”名单。名单包括四类：
（一）各院校馆所行政负责人；
（二）因政治关系必离者；
（三）中央研究院院士；
（四）在学术上有贡献并自愿南来者。
计划既定，立即实施。南京方面急电北大秘书长郑天挺，令其迅速组织胡适、梅贻琦等平津重量级知识分子火速南下，共商图存大计。密电到达，胡适以筹备北大50周年校庆为由不肯起身，而接到电文的清华校长梅贻琦也磨蹭观望。
在胡适犹豫的时候，蒋介石两次亲自打电报催促他飞南京，并派专机迎接。胡适得此消息，知北平不可再留，决定乘机南飞。
然而这时南苑机场已经被解放军控制，南京派来的飞机无法降落。傅作义只好在城内东单一块空地上抢修跑道，可供小型飞机起降，这条跑道成为南飞人员唯一的通道与出口。
13日，清华大学在战火中宣布停课，国共两军在附近地区展开搏杀，清华师生四散，有的入城避难，有的散往各地，多数仍在清华园“静观待变”。周边居民于炮火中纷纷入清华园避难，空气更趋紧张，各色人等都陷于对战争的恐惧与慌乱之中。
校长梅贻琦却不得不因学校经费枯竭，冒着炮火乘车进城筹措，临走前他对同事说提些款项明天一早赶回，想不到当晚电话得知解放军已占领北平西郊各地，清华园已落其包围圈中，师生出入已受限制，西山通西直门之大路亦遭封闭。
15日，大批解放军开始围城，梅贻琦已无法出城，遂以电话通知，请校务会议代理校务，冯友兰为主席，暂主持校内事务，并设法维护校产及师生安全。
延至19日下午，梅贻琦接到南京“抢救学人计划委员会”将于明天派飞机在北平东单降落，并请他组织学人登机南飞的电报。事涉紧急，许多重要事务已来不及处理，梅贻琦只能匆匆留下一封书信，将城内的清华师生托付给北大的汤用彤、周炳琳、郑天挺等人。
21日，梅贻琦率领第二批政府“抢救”学人登机启行，据当日送行者描述，梅贻琦只带着一架手提打字机，别无长物，神情凄怆，默然登机。
在服务清华30多年岁月中，梅贻琦曾不止一次言及自己“生斯长斯，吾爱吾庐”。在1948年这个改朝换代、天翻地覆的历史转折时刻，作为一校之长的梅贻琦，为何置部分同事甚至中共秘密劝说于不顾，抛下清华多数师生执意南飞？向以沉默寡言、处事稳重严谨的梅贻琦本人没有留下回忆文字，只有身边的亲朋好友、同事弟子有片断的回忆可供梳理、考证、探讨。
据清华1938级校友张起钧回忆，说：“三十七年冬，共军围北平城，我侥幸得与梅贻琦先生同乘政府接运教授的飞机离北平，在这一段变乱危难的当中，我看到了梅先生崇高伟大的人格，垂为典训的风范。真所谓是：‘时穷节乃见，一一垂丹青。’”
按张起钧的说法，梅贻琦离平大体经过是：由于战事紧张，北平城门关闭，梅贻琦被困城中不能回清华。12月19日，梅贻琦得知东单操场的临时飞机场修好，南京政府飞机来接运教授。当天晚上便和北平师范大学校长袁敦礼等学界领袖及少数进城的教授，商讨第二天南飞事宜。鉴于胡适飞走时的混乱情形，大家主张有秩序地组织起来，由梅贻琦为主导，跑腿打杂的事则由年龄最小的张起钧担任。同时规定裁一部分邮简，由梅贻琦、袁敦礼签字，郑天挺和张起钧盖章，算作临时飞机票，凭票登机。计划好后，二十日清晨大家齐集北京饭店候机，由于南京有雾不能起飞，大家又在北京饭店住了一夜，二十一日中午起飞，傍晚到达南京。
其中，最令张起钧感动的是梅贻琦临难不苟的精神，他说：在梅先生离平的前几天，我偶然去看胡适之先生，恰好知道胡先生即将搭乘政府来接的专机离北平。于是告辞回家，默祝胡先生的顺利成行。傍晚获知：由于共军的炮火控制了南苑飞机场，胡先生一行并未能成行，这是十二月十四日的事，那时清华的敦福堂教授逃进城来，住在我家，我们忽然想起梅先生也正在城里候机离平，何不通一消息，使梅先生与胡先生一起飞出围城？于是敦先生便马上打电话给梅先生。凡是那时身在围城中的人，当可知道大家是如何焦急的渴望离开这围城。尤其长春围城的惨状，大家谈虎色变。假如北平的战事继续下去，则其情形将不堪设想。何况还有政治立场的问题。因此在敦先生预料：梅先生闻讯后一定大喜若狂，立即行动，哪知梅先生在听到此事，并弄清这架飞机并不是接他之后，他竟无动于衷，一如平日缓和低沉的声调，说是他不预备去。虽经敦先生一再告以时局的危急，错过这架飞机，可能不会有机会，但他始终若无其事的谢绝了这建议。后来政府接梅先生和各位教授的飞机来了，他才把一切事安排妥贴后，从容不迫的提着一架打字机，拿着两本书走上飞机。
最后，张起钧说道：在这一幕前因后果中，我亲临其境，我深深地受到了感动，也深深地体会到梅先生的高风亮节。但可惜我不能把我这意之所会，传诸于言。这并非纯由我的笔笨，而是当时还有许多相关的事件与情势，只有在这些事件的情势的陪衬中，才能了解其意义。若是摒弃背景，脱空而言，不仅挂一漏万，有失真相，并且还会由于文字的隔障，反滋歧义。不过有一点我可以说的是：“许多人在平日装腔作势，好似高不可及，一旦遇到危急关头，便丑态百出，以求苟免，因为他内心本没有真正高贵自尊的地方。而梅先生则是已把高贵自尊建基于本身，因此才能夷险一节，不为外境左右。甚至在生死存亡的关头，都一直保持着尊贵不群的风格，使人顽廉懦立，肃然起敬。——这才真是中国读书人传统的最高修养；这才不愧是一个‘人物’。”
正是梅贻琦无愧于一个“人物”，才在昆明跑警报时从容凛然地指挥掩护师生躲避炸弹，而不像昆明联大时代某教授一样面无血色，“连滚带爬”地丑态毕现；更不可能以堂堂的国立清华大学校长之尊，屈居于同是国立大学一校之长的胡适之下，求其走后门开舱救济，何况这其中还关乎清华命脉存亡续绝的庚款基金，尽管梅贻琦绝没有仿效当年曹操挟天子以令诸侯，挟清华庚款基金以自重之心，但南京方面的官僚政客甚至最高当局，也不至于糊涂到把如此一个掌控国之重金的重量级“人物”抛置脑后。
因而，在傅斯年主其事、以北大为主要联络点的“抢救学人”行动中，北大校长胡适等顺理成章地抢先一步出走，南京方面再派机“抢救”梅贻琦等人，就成为一种必然。而梅贻琦的出走恰是于匆忙中，经过自己精心考虑之后做出的决定，而不是像某些局外人如袁随善等所言“什么都来不及就被架上飞机”。
此点正如清华知名教授叶公超所说：“梅先生是个外圆内方的人，不得罪人，避免和人摩擦；但是他不愿意作的事，骂他打他他还是不作的。”短短几语，已触到了梅贻琦的典型性格和灵魂。