梅贻琦离开大陆，于1949年12月飞抵纽约，开始与中华教育文化基金会在美成员会商清华基金保管及运用等事宜。
中华教育文化基金会简称“华美协会”，是一所非营利民间文化机构，旨在通过各项教育与宣传活动，介绍中国文化与文明，增进中美两国人民相互了解和友谊。在梅贻琦没有进入该社担任常务董事前，一直由孟治博士担任华美协进社社长。
梅贻琦在离开平津南飞之前，曾对教务长吴泽霖说过这样的一句话：“我一定走，我的走是为了保护清华的基金。”
梅贻琦为什么敢在炮声震天，解放军即将进城时，对吴泽霖说这个话，他的底气从何而来？除了中基会与华美协进社一系列铁打的规章制度，与外力难以撼动的董事会制度，还有人事上的便利。这个便利，就是梅贻琦与孟治的非常情谊。
据孟治博士自述，梅贻琦自美留学归国服务于天津青年会时，孟治还是南开中学三年级的学生，当时他的志愿是投考北洋工学院，并没有想过出国进修。但是当时梅贻琦在南开中学的演讲，打动了孟治，从而使他改变主意，在毕业时投考清华插班生二年级并得中。那时的梅贻琦已到清华教书，两人因缘际会，又成了师生，在相处的三年时光中，建立起深厚的情谊。
正是由于孟治的身份及与梅贻琦的公私情谊，才使梅贻琦由中国大陆辗转纽约后，顺利进入华美协进社，并有插手清华庚款存放、使用甚至“转移”的机会，继之全面掌控这笔巨款的存放与用途。
假如此时的协进社掌门人不是孟治，而是另外一个与梅贻琦没有交情，甚至在政治上对立的人物，梅贻琦想踏入这个门槛，势必会困难重重，变数多多，甚至难入其门，清华在美庚款基金这块“肥肉”，像国共双方争夺、抢救的“北方学人”一样，鹿死谁手则难以预料了。
许是天命所归，历史展示给世人的是，梅贻琦此次赴美，有惊无险，顺利跨进华美协进社的门槛，找把椅子坐了上去。在孟治博士配合下，梅贻琦很快出任华美协进社常务董事，进而担任中基会的荣誉秘书。自此，梅贻琦如同一根锋利的楔子，很快打入中华教育文化基金会董事会心脏，开始自由地与美方董事、会计分别接头，了解庚款基金存放与拨付手续。
在得知诸位董事分居各地，如同散沙，许久都没有凑到一起开会，从而导致业务无法进行时，梅贻琦决定以一己之力，协助中基会恢复与诸位董事的联络，推动董事会对基金的保管和运作。
1950年春末，梅贻琦认为时机已到，就在纽约市六十五街华美协进社楼上，专门租了一间屋子，作为“清华大学在美办事处”，还雇用了一位助理，处理清华大学在美事务。梅贻琦为自己定出的薪水是每月300元，以维持日常开销。不过这份薪水，相当于美国教授最低薪，所以生活非常拮据。
在当时已任教于美国爱荷华大学的梅贻宝看来，梅贻琦这点薪水，几乎无法维持生活。他说：“五哥先前住的还是一栋寻常的公寓，后来退掉了，搬进一个很不像样的住处，大概是势须撙节而然。我的大侄女祖彬，几年来住美国洛杉矶。她维持一个子女四人的家庭外，还挣扎着给大学研究生们打论文。这样赚来的辛苦钱，不时五块十块的寄给她母亲贴补家用。我在美国有些办法，我们夫妻都有了固定职位，生活比较安定，衣食可说无缺，但是无法同五哥谈他的经济状况。我偶尔给他寄张支票，有些兑取了，有些始终未兑。我想这不是他遗忘，他似乎自有分寸，自有道理。”
1951年起，梅贻琦以“清华大学在美文化事业顾问委员会”名义，提取部分清华基金利息，补助在美研究学术的华籍学人，月薪300元，物理学家李书华即为接受补助的学人之一，而梅贻琦个人不享受这项基金补助，每月薪水与受补助学人的300元相同，表示与中国学人同甘苦、共患难且相互砥砺之意。同时，梅贻琦亲自订购美国出版的学术期刊，赠送台湾专科以上学校和北京的清华大学，并筹划恢复《清华学报》。
按梅贻琦的贴身秘书赵赓飏的说法，梅贻琦急切恢复《清华学报》的目的有四个：一是为了使在美与在台湾许多人的学术研究成果，有地方可以发表。因为当时的外国学术期刊虽然也可以发表华人学术成果，但因为门户之见，华人学人的机会非常少；二是为了使清华在国际学术界难得创出的信誉，得以延续命脉，并维持清华的精神、业绩不坠；三是与其花费许多金钱去订购国外学术期刊赠送国内高校，不如利用自己出版的学报去交换世界有名的刊物图书，既经济又长远；四则是因为由大陆赴台的教授学人寻找相应职位极其困难，整个台岛只有台大、省立师范、农学、工学院三院与台北工专，且都人满为患，无力延揽更多学人。如有学报出版，许多学人行箧中的存稿和新撰成的论文，也可以比较便利地得以刊行，既彰显了学术成果，也能得到稿酬聊以度日。
这一利公为人的构想，以梅贻琦的资望和在美广泛补助中国学人的关系，征稿与编辑都非常顺利，《清华学报》很快在台湾出版并发行全球学术界与相关高校，使东西方学术教育界人士重新触摸到从战火中走来的中国学人自强不息的精神与流淌不绝的学术血脉。
其间，梅贻琦一往情深地记挂着北京清华园内的师生，密切关注这批留守者的命运，借原清华大学经济系教授萧家魁回大陆的机会，梅贻琦托他带回一封致清华大学新任领导人的亲笔信，表示可以用清华基金资助母校图书仪器。但是因当时政治环境关系，这封信没能及时交给学校，最终不了了之。
据说，北平在解放初期，清华大学曾收到过从美国寄来的“来历不明”的期刊，很可能就是梅贻琦订购赠送，只是当时在乱离之世，人心惶惶，没人深究而任其流散了。
鉴于当时纷乱的国内国际环境以及梅贻琦的举动，台湾方面频频派人到纽约华美协进社，以各种名义商谈将清华基金调拨台湾，归政府作为教育的外汇来源，或请梅贻琦携带基金利息到台湾，为学术机构购买设备仪器等，但都被梅贻琦拒绝了。
当时与中国有庚款赔付退还关系的英、法、意、比等欧洲国家，先后承认中共政权，只有美国尚与台湾当局维持“邦交”。
台湾当局见梅贻琦搂紧基金不放，甚为焦虑，又不便强行施压胁迫，只好派各路大员委婉劝说。据原清华大学教授、时任台湾当局“外交部长”的叶公超回忆：“梅贻琦在美国的时候，我每次到纽约都去看他，都劝他回台湾来，而且要把清华的钱用在台湾。他每次都说：“我一定来，不过我对清华的钱，总要想出更好的用法来我才回去。”有一次，他拿出许多计划来，他说：“我不愿意把清华的钱去盖大房子，去作表面上的工作。”他一直在想如何拿有限的钱为国家作长期的研究工作。那时候国内就有些人对梅先生不甚满意，认为他是一个守财奴，只肯把钱用在国外，不肯用在台湾。我最初也这样想，后来我才知道他并非如此，而是比我想的周到。他是第一个想到现在的长期发展科学，至少胡适之先生是这样告诉我的。”
除叶公超之类的名流大腕不断劝说，另有一些国民党政客和不明真相的社会闲散人员也搅和进来，怀揣各种目的对梅贻琦予以纠缠甚至发难。据赵赓飏说：“四十年冬天，政府已经决定令清华在台复校，而有的官员倡言清华基金是庚子赔款的余额，最好尽量花光，等于‘雪洗国耻’。梅校长对此虽然不表示意见，却从心里不赞成。尤其限于委托保管案的事实，也不可能办到。”
赵赓飏所说的保管案，除了明确政府不予干涉外，这笔庞大基金的支用手续，必须由“教育部长”与“清华大学校长”一致同意，并提出相当计划提交董事会，由董事会召开全体董事会议决定是否通过并拨发利息。鉴于既成规则的严格限制，许多人对这批基金只能吹胡子瞪眼，发一通荒谬怪论而无可奈何。
1954年3月，梅贻琦以“国民大会”代表的名义，与胡适等学界名流先后由美赴台， 他们由台北出发，沿途访问学校、工厂、企业及医疗、研究机构，顺便游览名胜古迹，对风土人事详细咨询。
各地清华及西南联大校友风闻老校长来台的消息，纷纷表欢迎，梅贻琦与久违的故旧门生经历了生死离别的战火硝烟，在流离的孤岛再度相逢，欢宴相聚，自是唏嘘感慨不已，大有恍若隔世之感。正可谓，欲说还休，欲说还休，别有一番滋味在心头！
此次回台，梅贻琦与当局洽定数项事宜，其中与“教育部”商定，“清华”与台大合作，筹办新兴科学研究机构，训练高级人才，其设备与师资经费由“清华”负担。同时支助“教育部”每年招考留美公费生十名，每名留学二年，经费全部由“清华”自基金利息中支付。
1955年，台海局势暂趋稳定，梅贻琦认为实现梦想的时机到了，于是这年11月接受台湾当局敦请，“奉召返台”，创办“清华”原子科学研究院，继而使“沦陷”于大陆的清华大学在台“复校”。
自此，已是66岁高龄的梅贻琦，以“清华大学”校长的身份，在这座前日本殖民地的孤岛上，生根发芽，梅开二度，再次结出了一串世人瞩目的硕果。