曹操以军政相济之用，名重势大，居高临下，讨张绣，击袁术，征吕布，战袁绍，伐乌桓，没几年，军功显赫。军功大，兵力多，权力日隆，为他进一步考虑政治制度的改革和集权问题提供了条件。
史载，建安十三年(208)六月，曹操罢三公，复置丞相、御史大夫，而且自己当了丞相。其目的就是把还有点名义权力的三公通通罢置，而树立了一个独揽大权的最高行政、军事长官。
三公官，历代指谓不同。《尚书·周官》称太师、太傅、太保为三公；汉初，以丞相、御史大夫、太尉为三公；哀帝元寿二年(前1),以大司马、大司徒、大司空为三公；东汉以后则以太尉、司徒、司空为三公。三公制和丞相制实是两种不同的制度。就汉代来说，西汉成帝以前虽有三公的称谓，但无实际职权，所以基本上是丞相制，丞相助理万机，权力很大；成帝时，改御史大夫为司空，与大司马、丞相是为三公，其实都是宰相。丞相的职权被一分为三。三公制削弱了丞相的独断权力，实是对丞相制的否定。东汉初年延用西汉官制，但“政不任下，虽置三公，事归台阁”, “三公之职，备名而已”。当然，三公的地位，如前所述，仍甚尊贵，对于政治大局仍有极大影响。因此，三公的存在，对于曹操的集权来说，无疑依然是极大的障碍。所以，他为了集权而彻底否定三公制，恢复丞相制，实在是情理中事。丞相制的恢复，实际就是对丞相独断权力的恢复，是中央或某一人集权的需要，是对三公制的否定。
其实，这一步骤早在建安元年他自为司空、录尚书事之前就已经开始了。他八月迎汉献帝都许，九月就借故把太尉杨彪和司空张喜罢掉了。建安十三年春又把仅存的一位三公司徒赵温以“辟臣子弟，选举不实”免掉。
至于复置御史大夫，不必看得过于认真，它既非昔日三公之属(大司空),亦非汉初的丞相之副。过去的御史大夫有实权，并领有相当多的属官，而复置的御史大夫，几乎是“光杆司令”一个。
曹操还对中央的其他官制做了诸多的调整和改革，如在丞相府设中领军、武卫营，置征事，省西曹等，目的均在加强丞相的控军和握政的实际权力。特别值得重视的是创设了副丞相之职。丞相是秦朝设立的官职，有左右之分，但无副相之说。汉承秦制，置丞相，并置御史大夫，位次于丞相。曹操既罢三公，也不再给复置的御史大夫这样的职掌。